More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3601 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
298 aa  586  1e-166  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.21 
 
 
305 aa  368  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.07 
 
 
299 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2574  peptide ABC transporter, permease protein  59 
 
 
302 aa  350  2e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.339829  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.95 
 
 
310 aa  347  1e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.361284  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.95 
 
 
308 aa  343  2e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.37 
 
 
317 aa  342  5e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158741  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2265  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.67 
 
 
302 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0825509  normal  0.518355 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.86 
 
 
302 aa  318  7e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.171582  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.23 
 
 
309 aa  312  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.51 
 
 
311 aa  310  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.37 
 
 
287 aa  240  2e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  44.48 
 
 
301 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.18 
 
 
285 aa  226  3e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.82 
 
 
300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  44.82 
 
 
300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.88 
 
 
308 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  41.67 
 
 
299 aa  224  2e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.67 
 
 
299 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  41.67 
 
 
299 aa  224  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  41.67 
 
 
299 aa  224  2e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.67 
 
 
299 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.99 
 
 
308 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.99 
 
 
308 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.33 
 
 
322 aa  218  7.999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.88 
 
 
305 aa  217  1e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
310 aa  217  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  42.7 
 
 
304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.24 
 
 
325 aa  216  4e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
308 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.14 
 
 
300 aa  215  9e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  45.72 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 
280 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4240  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.1 
 
 
303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247353  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  40 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
300 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  43.1 
 
 
303 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.07 
 
 
308 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.1 
 
 
284 aa  211  1e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  41.51 
 
 
279 aa  211  2e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  46.1 
 
 
302 aa  211  2e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.35 
 
 
296 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
312 aa  210  3e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 
280 aa  209  4e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.08 
 
 
305 aa  209  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
302 aa  209  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.96 
 
 
311 aa  209  6e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.753458  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  43.65 
 
 
282 aa  208  9e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 
301 aa  208  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.2 
 
 
290 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
299 aa  207  2e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.37 
 
 
301 aa  207  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
293 aa  206  3e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  44.7 
 
 
304 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.36 
 
 
304 aa  206  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.28 
 
 
284 aa  206  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.61 
 
 
273 aa  206  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
304 aa  205  7e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.25 
 
 
311 aa  204  1e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.49 
 
 
273 aa  204  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0266174  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0237  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.82 
 
 
290 aa  204  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.997501  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.17 
 
 
300 aa  204  1e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3905  dipeptide transporter  43.24 
 
 
299 aa  203  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 
299 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.23 
 
 
285 aa  204  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 
285 aa  204  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0046  dipeptide transporter  43.77 
 
 
300 aa  203  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.6 
 
 
299 aa  203  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.41 
 
 
313 aa  202  4e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
307 aa  202  5e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
288 aa  202  6e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0298943  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.7 
 
 
304 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.887785  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.7 
 
 
304 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.043674 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.7 
 
 
304 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0666762  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
310 aa  202  7e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.37 
 
 
300 aa  202  7e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.13 
 
 
283 aa  202  8e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
310 aa  202  8e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.03 
 
 
304 aa  201  9e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.26 
 
 
283 aa  201  9e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.28217  normal  0.161189 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
307 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
318 aa  201  9.999999999999999e-51  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
301 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  40.29 
 
 
867 aa  201  9.999999999999999e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4965  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
309 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.031791  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.01 
 
 
304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.22 
 
 
302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4096  dipeptide transporter  43.43 
 
 
300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1584  dipeptide ABC transporter, permease protein  44.98 
 
 
293 aa  200  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.731145  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  37.77 
 
 
283 aa  200  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
304 aa  199  3e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  40 
 
 
284 aa  200  3e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.71 
 
 
300 aa  200  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
300 aa  200  3e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.37 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.77 
 
 
283 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>