More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0237 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0237  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
290 aa  558  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.997501  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.45 
 
 
287 aa  225  6e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
280 aa  222  4.9999999999999996e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.94 
 
 
300 aa  219  3e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
289 aa  218  7.999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.06 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.87 
 
 
290 aa  216  5e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.68 
 
 
299 aa  216  5e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  44.71 
 
 
299 aa  215  7e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
298 aa  215  7e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  44.71 
 
 
299 aa  215  9e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  44.71 
 
 
299 aa  215  9e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  44.71 
 
 
299 aa  215  9e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  44.71 
 
 
299 aa  215  9e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.96 
 
 
296 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0788732  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.62 
 
 
293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.55 
 
 
305 aa  212  4.9999999999999996e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.76 
 
 
292 aa  212  5.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
304 aa  211  1e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4454  opine ABC transporter, permease protein, putative  44.23 
 
 
290 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000504442 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
312 aa  210  3e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.56 
 
 
311 aa  210  3e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.33 
 
 
299 aa  210  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
297 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
297 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.21 
 
 
298 aa  209  5e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.31 
 
 
301 aa  207  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
299 aa  207  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41 
 
 
296 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
301 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  43.02 
 
 
302 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  43.02 
 
 
302 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  48.21 
 
 
479 aa  207  2e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0951  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.33 
 
 
275 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.24114  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  43.02 
 
 
302 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.12 
 
 
280 aa  206  3e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.02 
 
 
302 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 
301 aa  206  3e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
297 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.02 
 
 
302 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
297 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
297 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.02 
 
 
302 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.02 
 
 
302 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
300 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.91 
 
 
300 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
301 aa  206  4e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  40.41 
 
 
300 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
294 aa  206  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  47.81 
 
 
473 aa  205  7e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  40.89 
 
 
299 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.53 
 
 
303 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  43.36 
 
 
297 aa  204  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
300 aa  204  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
291 aa  204  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.14 
 
 
299 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.34 
 
 
277 aa  204  2e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.18 
 
 
485 aa  204  2e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.7 
 
 
301 aa  203  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.14 
 
 
299 aa  203  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.61 
 
 
494 aa  203  2e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.61 
 
 
308 aa  203  3e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.67 
 
 
300 aa  203  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  41.67 
 
 
301 aa  202  4e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  42.97 
 
 
303 aa  202  4e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
297 aa  202  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5257  putative ABC transporter (permease protein)  42.11 
 
 
296 aa  202  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216925  normal  0.133052 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
296 aa  202  8e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.26 
 
 
294 aa  201  9e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  42.97 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  42.58 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  42.58 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  42.58 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  42.97 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.97 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.24 
 
 
276 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  42.97 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  42.58 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  42.58 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.23 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  42.58 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.58 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
293 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  42.58 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  42.97 
 
 
303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
496 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  45.31 
 
 
301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
318 aa  201  1.9999999999999998e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8181  ABC transporter membrane spanning protein  42.74 
 
 
293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116217  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  43.37 
 
 
300 aa  200  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.71 
 
 
290 aa  200  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.118139  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4025  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.97 
 
 
296 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.99 
 
 
286 aa  200  3e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  40.74 
 
 
279 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.33 
 
 
497 aa  199  3.9999999999999996e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.16 
 
 
285 aa  199  5e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
299 aa  199  6e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 
307 aa  198  9e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>