More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4454 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4454  opine ABC transporter, permease protein, putative  100 
 
 
290 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000504442 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80 
 
 
293 aa  441  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.72 
 
 
292 aa  294  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8181  ABC transporter membrane spanning protein  49.25 
 
 
293 aa  258  7e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116217  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.26 
 
 
287 aa  257  2e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.32 
 
 
304 aa  256  3e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.22 
 
 
299 aa  250  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.12 
 
 
299 aa  244  9e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  46.18 
 
 
301 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  46.36 
 
 
300 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  41.81 
 
 
299 aa  240  2e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.81 
 
 
299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  41.81 
 
 
299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  41.81 
 
 
299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.81 
 
 
299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.59 
 
 
280 aa  239  5e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  44.68 
 
 
288 aa  239  5.999999999999999e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.12 
 
 
296 aa  238  8e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  49.43 
 
 
285 aa  237  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  45.67 
 
 
300 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.67 
 
 
300 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  47.25 
 
 
282 aa  236  3e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.21 
 
 
312 aa  235  5.0000000000000005e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.59 
 
 
280 aa  234  9e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.59 
 
 
284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.41 
 
 
284 aa  232  5e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 
305 aa  232  5e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
294 aa  231  9e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  44.8 
 
 
288 aa  229  3e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.37 
 
 
285 aa  229  4e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
301 aa  229  4e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  43.3 
 
 
304 aa  228  7e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
309 aa  228  1e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
301 aa  228  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.79 
 
 
274 aa  228  1e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.65 
 
 
295 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.93 
 
 
301 aa  228  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.57 
 
 
300 aa  228  1e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  45.59 
 
 
276 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
299 aa  227  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.49 
 
 
289 aa  227  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.4 
 
 
302 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.61 
 
 
307 aa  226  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
307 aa  226  3e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
285 aa  226  4e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.96 
 
 
298 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.79 
 
 
299 aa  225  6e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
310 aa  225  7e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.87 
 
 
301 aa  225  7e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.53 
 
 
280 aa  225  9e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.91 
 
 
273 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
304 aa  224  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
293 aa  224  1e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  45.68 
 
 
302 aa  224  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.43 
 
 
303 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
301 aa  224  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.91 
 
 
280 aa  223  3e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.96 
 
 
306 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.18 
 
 
299 aa  223  4e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0927  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.39 
 
 
284 aa  222  4.9999999999999996e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0968091  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.08 
 
 
294 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.26 
 
 
299 aa  222  6e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.96 
 
 
311 aa  222  7e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  41.64 
 
 
279 aa  221  9e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3886  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  41.84 
 
 
301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  40.89 
 
 
301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.26 
 
 
299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  39.93 
 
 
293 aa  219  3e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.73 
 
 
319 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  41.84 
 
 
299 aa  219  5e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1919  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.35 
 
 
310 aa  219  5e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.29 
 
 
308 aa  218  6e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
298 aa  218  7e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.15 
 
 
258 aa  218  7e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 
302 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  41.97 
 
 
867 aa  218  8.999999999999998e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.62 
 
 
273 aa  218  8.999999999999998e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0266174  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.81 
 
 
325 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.79 
 
 
303 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  44.16 
 
 
300 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.7 
 
 
304 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.57 
 
 
301 aa  217  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.32 
 
 
300 aa  217  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.39 
 
 
296 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.04 
 
 
300 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.28 
 
 
308 aa  217  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  44.44 
 
 
303 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  41.76 
 
 
303 aa  217  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
310 aa  217  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.5 
 
 
308 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
310 aa  217  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.84 
 
 
289 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  44.09 
 
 
303 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
307 aa  217  2e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7518  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.7 
 
 
295 aa  216  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  42.12 
 
 
303 aa  216  4e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  42.12 
 
 
303 aa  216  4e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  42.12 
 
 
303 aa  216  4e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>