More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7518 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7518  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  100 
 
 
295 aa  579  1e-164  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.98 
 
 
296 aa  233  3e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.58 
 
 
289 aa  224  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  45.56 
 
 
288 aa  221  9e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0802  nickel transporter permease NikC  44.67 
 
 
290 aa  221  9.999999999999999e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0752  nickel transporter permease NikC  44.67 
 
 
290 aa  219  3.9999999999999997e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  40.81 
 
 
303 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
300 aa  218  8.999999999999998e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  41.18 
 
 
303 aa  217  2e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  41.18 
 
 
303 aa  217  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  41.18 
 
 
303 aa  217  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  41.18 
 
 
303 aa  217  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.81 
 
 
303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.81 
 
 
303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  40.81 
 
 
303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.81 
 
 
303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  40.29 
 
 
302 aa  215  8e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  40.29 
 
 
302 aa  215  8e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  40.29 
 
 
302 aa  215  8e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.29 
 
 
302 aa  214  9e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.29 
 
 
302 aa  214  9e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.29 
 
 
302 aa  214  9e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.29 
 
 
302 aa  214  9e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
287 aa  214  9.999999999999999e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 
294 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 
299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4965  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 
309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.031791  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.77 
 
 
301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 
297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 
297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  42.06 
 
 
303 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  42.06 
 
 
303 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  42.06 
 
 
303 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  40.29 
 
 
300 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  42.06 
 
 
303 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  42.06 
 
 
303 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.56 
 
 
303 aa  212  7e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  42.29 
 
 
297 aa  211  9e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7616  nickel transporter permease NikC  39.38 
 
 
291 aa  210  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.58 
 
 
299 aa  211  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.29 
 
 
297 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  40.77 
 
 
293 aa  209  3e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.29 
 
 
297 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
301 aa  210  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.29 
 
 
297 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
310 aa  209  4e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
297 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.33 
 
 
300 aa  209  4e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
301 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.57 
 
 
301 aa  209  5e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.21 
 
 
301 aa  209  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
301 aa  208  8e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.81 
 
 
294 aa  208  9e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
309 aa  207  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.24 
 
 
301 aa  208  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.08 
 
 
309 aa  207  2e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
312 aa  206  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4577  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  39.3 
 
 
308 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046213 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
299 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
299 aa  206  5e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  40.64 
 
 
299 aa  205  6e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.4 
 
 
296 aa  205  6e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
300 aa  205  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
300 aa  205  7e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.68 
 
 
318 aa  205  8e-52  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
299 aa  205  8e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
299 aa  205  9e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
307 aa  205  9e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 
291 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 
293 aa  204  1e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
299 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
300 aa  204  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.31 
 
 
277 aa  203  2e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  41.27 
 
 
276 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.47 
 
 
274 aa  203  3e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
304 aa  203  3e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
309 aa  202  6e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0951  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
275 aa  202  6e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.24114  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.55 
 
 
280 aa  201  8e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
311 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.23044 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.39 
 
 
284 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.86 
 
 
307 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.21 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 
300 aa  199  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
308 aa  199  3e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  36.12 
 
 
301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.87 
 
 
303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
287 aa  199  5e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.75 
 
 
294 aa  199  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0349  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  40.67 
 
 
283 aa  199  6e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
280 aa  199  6e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
308 aa  198  7e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.15 
 
 
285 aa  198  9e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
306 aa  198  9e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.46 
 
 
310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
280 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4454  opine ABC transporter, permease protein, putative  40.7 
 
 
290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000504442 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.58 
 
 
290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>