More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7616 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7616  nickel transporter permease NikC  100 
 
 		 291 aa  570  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0802  nickel transporter permease NikC  79.78 
 
 		 290 aa  414  1e-114  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0752  nickel transporter permease NikC  79.4 
 
 		 290 aa  411  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3843  nickel transporter permease NikC  65.22 
 
 		 277 aa  350  1e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2275  nickel transporter permease NikC  71.48 
 
 		 299 aa  350  2e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0126063  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03327  nickel transporter subunit  64.86 
 
 		 277 aa  349  3e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0237  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  64.86 
 
 		 277 aa  349  3e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3962  nickel transporter permease NikC  64.86 
 
 		 277 aa  349  3e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4818  nickel transporter permease NikC  64.86 
 
 		 277 aa  349  3e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03280  hypothetical protein  64.86 
 
 		 277 aa  349  3e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0238  nickel transporter permease NikC  64.86 
 
 		 277 aa  349  3e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3762  nickel transporter permease NikC  64.86 
 
 		 277 aa  349  3e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3677  nickel transporter permease NikC  64.86 
 
 		 277 aa  347  1e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1836  nickel transporter permease NikC  64.49 
 
 		 277 aa  339  4e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00660391 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3007  nickel transporter permease NikC  65.83 
 
 		 281 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0763396  normal  0.524853 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6074  nickel transporter permease NikC  56.58 
 
 		 283 aa  298  7e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.98 
 
 		 373 aa  289  5.0000000000000004e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1030  nickel transporter permease NikC  55.1 
 
 		 270 aa  288  8e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.503674  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3344  nickel transporter permease NikC  65.29 
 
 		 281 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1323  nickel transporter permease NikC  54.14 
 
 		 277 aa  286  4e-76  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00536272  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0349  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  49.41 
 
 		 283 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.13 
 
 		 309 aa  253  4.0000000000000004e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  46.72 
 
 		 284 aa  246  2e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 		 287 aa  246  4e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 		 296 aa  228  8e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.06 
 
 		 295 aa  228  8e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.21 
 
 		 309 aa  223  4e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.28 
 
 		 301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 		 309 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1282  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.15 
 
 		 300 aa  218  7e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0643  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.09 
 
 		 292 aa  218  1e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.19 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.19 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.05 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.36 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.21 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.21 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.21 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 		 303 aa  212  4.9999999999999996e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.57 
 
 		 288 aa  212  4.9999999999999996e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 		 289 aa  212  5.999999999999999e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.94 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  42.34 
 
 		 303 aa  212  7e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  42.34 
 
 		 303 aa  212  7e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 		 303 aa  212  7e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  43.22 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  43.22 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  43.22 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 		 303 aa  211  7.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  42.34 
 
 		 303 aa  211  7.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.22 
 
 		 302 aa  211  9e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.22 
 
 		 302 aa  211  9e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.22 
 
 		 302 aa  211  9e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  42.34 
 
 		 303 aa  211  9e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.22 
 
 		 302 aa  211  9e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  43.92 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  42.34 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  42.34 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.14 
 
 		 330 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.540099 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  42.34 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.38 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.26 
 
 		 284 aa  210  2e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0470  nickel ABC transporter, permease protein  44.4 
 
 		 290 aa  211  2e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7518  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.38 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04500  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  42.86 
 
 		 278 aa  210  3e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.688401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  42.91 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.61 
 
 		 297 aa  209  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0275  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.09 
 
 		 283 aa  209  5e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.609618  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.62 
 
 		 300 aa  209  5e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.31 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  42.31 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  42.31 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  42.31 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.31 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  42.31 
 
 		 303 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  42.31 
 
 		 303 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  42.31 
 
 		 303 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  42.31 
 
 		 303 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  42.31 
 
 		 303 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.1 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  42.71 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.74 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  44.81 
 
 		 282 aa  207  2e-52  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.86 
 
 		 303 aa  206  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 		 297 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.6 
 
 		 285 aa  205  7e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  43.96 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  42.15 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.72 
 
 		 291 aa  204  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1919  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.56 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>