More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6142 on replicon NC_012852
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012852  Rleg_6142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
274 aa  520  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.266947  normal  0.0172479 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.05 
 
 
277 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116936  normal  0.325454 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0784  peptide ABC transporter, permease protein  65.81 
 
 
276 aa  321  7e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.816252  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63 
 
 
276 aa  305  4.0000000000000004e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316971  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  49.24 
 
 
335 aa  257  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.69 
 
 
276 aa  247  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.11 
 
 
332 aa  243  3e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 
291 aa  242  5e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
281 aa  242  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  46.84 
 
 
279 aa  240  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.26 
 
 
283 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
344 aa  228  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.96 
 
 
279 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  48.57 
 
 
327 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
280 aa  226  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.88 
 
 
279 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.9 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.295614  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  44.74 
 
 
274 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4329  putative ABC transporter, permease protein  46.82 
 
 
276 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 
276 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5136  putative peptide ABC transporter permease protein, oppC-like protein  45.35 
 
 
288 aa  216  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.94 
 
 
276 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.94 
 
 
276 aa  215  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.64 
 
 
297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405824  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1649  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.32 
 
 
279 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857985  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.64 
 
 
279 aa  212  5.999999999999999e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
281 aa  211  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.1 
 
 
280 aa  209  5e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.489038  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.87 
 
 
279 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.01 
 
 
279 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0234339  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1563  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  45.25 
 
 
323 aa  205  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.67 
 
 
279 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.511198  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 
276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
220 aa  199  5e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 
302 aa  198  9e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0142  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  46.21 
 
 
323 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875081  normal  0.260436 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
285 aa  195  5.000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.47 
 
 
292 aa  195  6e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.93 
 
 
284 aa  194  1e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  43.87 
 
 
288 aa  193  3e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.04 
 
 
306 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.03 
 
 
285 aa  192  5e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
285 aa  190  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.06 
 
 
284 aa  189  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.13316  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.13 
 
 
280 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
280 aa  188  7e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 
301 aa  188  7e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  44.67 
 
 
282 aa  186  3e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.8 
 
 
284 aa  186  5e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1977  ABC transporter permease  45.33 
 
 
256 aa  185  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
274 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
278 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.92 
 
 
280 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.35 
 
 
300 aa  179  4e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
302 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 
312 aa  179  5.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
310 aa  176  3e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.84 
 
 
300 aa  175  6e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.94 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.09 
 
 
495 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
319 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.18 
 
 
479 aa  171  9e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
296 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.89 
 
 
300 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.87 
 
 
309 aa  171  2e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
300 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
295 aa  169  3e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  38.24 
 
 
296 aa  169  6e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.23 
 
 
284 aa  169  6e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
497 aa  168  7e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 
496 aa  168  8e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
305 aa  168  9e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 
293 aa  167  1e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
276 aa  167  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.17 
 
 
494 aa  168  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  40.15 
 
 
300 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  34.91 
 
 
284 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4495  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.97 
 
 
307 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
283 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0643  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.82 
 
 
292 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  36.16 
 
 
279 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
289 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
485 aa  166  4e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
304 aa  166  4e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
300 aa  166  5e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.6 
 
 
343 aa  166  5e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
298 aa  166  5e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
283 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.11 
 
 
283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  36.23 
 
 
299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  36.23 
 
 
299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  36.23 
 
 
299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.87 
 
 
294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  36.23 
 
 
299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  36.23 
 
 
299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>