More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_19890 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_19890  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  100 
 
 
289 aa  543  1e-153  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00186711  hitchhiker  0.000357505 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.18 
 
 
279 aa  341  9e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.194033 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2084  ABC transporter, permease  60.35 
 
 
293 aa  339  2.9999999999999998e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.395639  normal  0.741475 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.23 
 
 
293 aa  331  7.000000000000001e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.7 
 
 
340 aa  318  7.999999999999999e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.705479 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7446  ABC transporter, permease  57.89 
 
 
299 aa  314  9e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913354  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3198  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.27 
 
 
260 aa  282  4.0000000000000003e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  unclonable  0.0000000283157  unclonable  0.000000000020531 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.6 
 
 
314 aa  207  2e-52  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.289557  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
280 aa  203  2e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.5 
 
 
299 aa  198  9e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0843  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.33 
 
 
818 aa  194  2e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000000000335755  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
306 aa  193  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  40.58 
 
 
288 aa  192  7e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3080  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.76 
 
 
283 aa  191  9e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35224  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7556  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  40.93 
 
 
279 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1492  peptide ABC transporter, permease protein  39.07 
 
 
279 aa  190  2e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
279 aa  190  2e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2587  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
341 aa  191  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.969826  hitchhiker  0.0068543 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.7 
 
 
332 aa  189  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.01 
 
 
283 aa  189  5e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7183  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  41.18 
 
 
335 aa  189  5.999999999999999e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.587678  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1268  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, permease component  41.03 
 
 
279 aa  188  7e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
344 aa  188  8e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
312 aa  188  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
281 aa  188  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1822  oligopeptide transport integral membrane protein  38.56 
 
 
341 aa  187  2e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.661927  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.03 
 
 
280 aa  187  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
294 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
302 aa  186  6e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.27 
 
 
279 aa  185  8e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0130  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.58 
 
 
306 aa  185  9e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2198  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00106936  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.71 
 
 
283 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
273 aa  183  2.0000000000000003e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141415  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.83 
 
 
307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
279 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
281 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0153047  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 
283 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.49 
 
 
283 aa  181  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  39.71 
 
 
283 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.57 
 
 
284 aa  181  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  39.71 
 
 
283 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  38.68 
 
 
283 aa  180  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.68 
 
 
283 aa  180  2e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.97 
 
 
283 aa  181  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  41.45 
 
 
282 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
299 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  39.71 
 
 
283 aa  179  4e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
293 aa  179  4.999999999999999e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.37 
 
 
285 aa  179  7e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
300 aa  178  8e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  37.31 
 
 
279 aa  177  1e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
285 aa  178  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.76 
 
 
292 aa  176  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826823  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42 
 
 
344 aa  176  4e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000360148  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 
311 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.292723 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
276 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.155338 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00495  ABC transporter permease component  34.87 
 
 
318 aa  176  5e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001972  peptide ABC transporter permease component  34.87 
 
 
318 aa  176  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  41.2 
 
 
276 aa  175  7e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.72 
 
 
278 aa  175  8e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
310 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.35 
 
 
285 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
291 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
276 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0498468  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5914  ABC transporter, permease protein  37.95 
 
 
331 aa  173  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0959358  normal  0.0354831 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.79 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.7 
 
 
291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5359  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  38.04 
 
 
289 aa  172  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.632265  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4862  putative ABC transporter, permease protein  41 
 
 
327 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400673  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1039  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.8 
 
 
276 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.336081  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.6 
 
 
302 aa  172  5e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217904  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
299 aa  172  5e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 
279 aa  172  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  39.57 
 
 
282 aa  172  5e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
287 aa  172  5.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
304 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.580513  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
299 aa  172  5.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
304 aa  171  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3258  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.21 
 
 
295 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.9 
 
 
284 aa  171  1e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.21 
 
 
295 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.56 
 
 
305 aa  171  1e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
349 aa  171  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.142881 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.97 
 
 
276 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.176316  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.74 
 
 
294 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.33 
 
 
305 aa  170  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  37.55 
 
 
304 aa  171  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  37.55 
 
 
304 aa  171  2e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1613  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.94 
 
 
319 aa  170  3e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2567  putative dipeptide transport system permease protein  39.11 
 
 
274 aa  169  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255906 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.33 
 
 
289 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0564  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  32.67 
 
 
314 aa  170  3e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>