More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3878 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3878  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  100 
 
 		 305 aa  606  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0713  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.27 
 
 		 330 aa  342  7e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.409479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.27 
 
 		 349 aa  337  1.9999999999999998e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.877602  normal  0.186988 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.05 
 
 		 323 aa  330  2e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.145081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0003  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.47 
 
 		 313 aa  287  1e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.158402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.62 
 
 		 343 aa  282  4.0000000000000003e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.03 
 
 		 344 aa  276  2e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.76 
 
 		 303 aa  275  8e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.76 
 
 		 303 aa  275  8e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.11 
 
 		 342 aa  265  8.999999999999999e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.71 
 
 		 310 aa  258  8e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6953  oligopeptide ABC transporter (permease protein)  51.07 
 
 		 310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.07 
 
 		 307 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.83 
 
 		 304 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.79 
 
 		 307 aa  243  3e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 		 468 aa  216  4e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0164204  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.5 
 
 		 285 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.87 
 
 		 285 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 		 280 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.96 
 
 		 280 aa  211  9e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  43.36 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  43.36 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.44 
 
 		 283 aa  208  8e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  42.07 
 
 		 283 aa  207  2e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  41.7 
 
 		 283 aa  207  2e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  45.05 
 
 		 288 aa  207  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  42.07 
 
 		 283 aa  207  2e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.44 
 
 		 283 aa  207  2e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.7 
 
 		 283 aa  207  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.7 
 
 		 283 aa  207  2e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  42.07 
 
 		 283 aa  206  3e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.76 
 
 		 285 aa  206  3e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.21 
 
 		 284 aa  204  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.7 
 
 		 283 aa  204  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  39.86 
 
 		 282 aa  204  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.46 
 
 		 280 aa  202  6e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 		 299 aa  202  7e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 		 309 aa  202  8e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.16 
 
 		 295 aa  202  8e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00197888  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.34 
 
 		 284 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1948  oligopeptide transport system permease protein C  37.86 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 		 318 aa  200  1.9999999999999998e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 		 296 aa  200  3e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.34 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0611  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.87 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 		 304 aa  199  6e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 		 274 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.97 
 
 		 307 aa  197  3e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 		 297 aa  196  6e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.76 
 
 		 310 aa  195  9e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0874  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.29 
 
 		 325 aa  194  2e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00471699  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 		 287 aa  193  3e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.72 
 
 		 307 aa  193  4e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.22 
 
 		 310 aa  192  5e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.48 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1282  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.43 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.48 
 
 		 306 aa  192  7e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  34.72 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  32.79 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0643  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.13 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.45 
 
 		 312 aa  191  1e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.68 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717145 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  36.75 
 
 		 867 aa  190  2.9999999999999997e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0220  oligopeptide ABC transporter permease  33.68 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0233  oligopeptide ABC transporter permease protein  33.68 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02947  hypothetical protein  37.5 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  40 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000176481  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002961  oligopeptide transport system permease protein OppC  35.81 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.02 
 
 		 497 aa  189  7e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1069  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  38.93 
 
 		 338 aa  188  8e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 		 303 aa  188  8e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 		 278 aa  188  9e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  37.2 
 
 		 296 aa  188  9e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0103943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45 
 
 		 496 aa  187  1e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0268  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.68 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2855  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.15 
 
 		 316 aa  187  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.69 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.26 
 
 		 485 aa  187  2e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0212  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.000142566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.14 
 
 		 495 aa  187  2e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5914  ABC transporter, permease protein  36.69 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0959358  normal  0.0354831 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.16 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1118  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.37 
 
 		 324 aa  187  3e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.588573  decreased coverage  0.00594817 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0638  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  35.08 
 
 		 320 aa  186  5e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.87 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 		 291 aa  185  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.7 
 
 		 494 aa  185  7e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  38.91 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.91 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>