More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3156 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
309 aa  611  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  90.97 
 
 
304 aa  504  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2868  peptide ABC transporter permease  78.25 
 
 
304 aa  449  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0655134  normal  0.760664 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.72 
 
 
306 aa  423  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095673 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.15 
 
 
309 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.5 
 
 
309 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.87 
 
 
334 aa  365  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.7 
 
 
302 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1883  peptide ABC transporter transmembrane protein  61.32 
 
 
311 aa  349  3e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.122955  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.19 
 
 
304 aa  349  3e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.38 
 
 
302 aa  339  4e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2811  peptide ABC transporter, permease protein  60.82 
 
 
306 aa  333  3e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2539  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  61.17 
 
 
306 aa  331  1e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00140604  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.06 
 
 
306 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.63 
 
 
303 aa  325  5e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.57 
 
 
316 aa  316  3e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.22 
 
 
299 aa  309  4e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.88 
 
 
302 aa  305  5.0000000000000004e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.07 
 
 
305 aa  299  3e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000602265  normal  0.0139946 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001972  peptide ABC transporter permease component  44.3 
 
 
318 aa  280  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0564  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  46.34 
 
 
314 aa  280  2e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.75 
 
 
326 aa  275  5e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00495  ABC transporter permease component  44.67 
 
 
318 aa  275  6e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2566  peptide ABC transporter, permease protein  44.81 
 
 
312 aa  272  5.000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.08 
 
 
308 aa  271  9e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0236512  normal  0.473156 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2855  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  46.58 
 
 
322 aa  269  4e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.71 
 
 
307 aa  269  5.9999999999999995e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.22 
 
 
303 aa  268  7e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3119  IM pore protein  52.12 
 
 
312 aa  268  1e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.141306  normal  0.0623657 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.79 
 
 
323 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.837371  normal  0.176841 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  45.02 
 
 
306 aa  266  5e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.85 
 
 
303 aa  262  4.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0825825  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0097  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  44.85 
 
 
313 aa  261  1e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
312 aa  261  1e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.7 
 
 
315 aa  261  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.37 
 
 
316 aa  259  4e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.026366  hitchhiker  0.000411761 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.22 
 
 
310 aa  259  4e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600861  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.58 
 
 
291 aa  258  8e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
305 aa  257  1e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125924  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.14 
 
 
306 aa  256  2e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.15 
 
 
306 aa  256  4e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.92 
 
 
319 aa  255  6e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.48 
 
 
312 aa  252  5.000000000000001e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.05119  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.23 
 
 
312 aa  251  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.82 
 
 
295 aa  251  1e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.729214 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.03 
 
 
303 aa  249  4e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.8 
 
 
312 aa  249  4e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.03 
 
 
303 aa  249  4e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.487153  normal  0.0364966 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
322 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.838286 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.72 
 
 
324 aa  240  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0712008  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 
319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 
313 aa  226  3e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0359838  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  42.37 
 
 
301 aa  225  7e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  44.76 
 
 
300 aa  222  7e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.76 
 
 
300 aa  222  7e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  43.34 
 
 
300 aa  221  8e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7192  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  43.51 
 
 
308 aa  216  4e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.906692  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
310 aa  215  9e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  39.72 
 
 
304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.48 
 
 
308 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
307 aa  211  1e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
299 aa  211  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.34 
 
 
325 aa  210  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
304 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.41 
 
 
305 aa  211  2e-53  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.81 
 
 
299 aa  209  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.56 
 
 
305 aa  209  4e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.85 
 
 
284 aa  208  8e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
296 aa  205  6e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.23 
 
 
300 aa  204  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.41 
 
 
302 aa  204  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
280 aa  204  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
295 aa  203  2e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.81 
 
 
302 aa  204  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
308 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
280 aa  202  7e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  37.84 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
304 aa  201  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
283 aa  200  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.84 
 
 
299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  37.84 
 
 
299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.84 
 
 
299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
287 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  37.84 
 
 
299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.51 
 
 
300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
294 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.31 
 
 
284 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.51 
 
 
300 aa  199  5e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.407507  hitchhiker  0.0072251 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
298 aa  199  6e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
302 aa  198  9e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  39.4 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
303 aa  197  3e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
310 aa  196  3e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.16 
 
 
288 aa  196  3e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
279 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.786779  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  38.44 
 
 
288 aa  196  6e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  39.4 
 
 
303 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>