More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0020 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
302 aa  595  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.03 
 
 
302 aa  553  1e-156  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.18 
 
 
306 aa  412  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.82 
 
 
302 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.09 
 
 
309 aa  368  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.87 
 
 
309 aa  368  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.94 
 
 
304 aa  364  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1883  peptide ABC transporter transmembrane protein  61.54 
 
 
311 aa  348  7e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.122955  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
334 aa  345  6e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.13 
 
 
306 aa  341  7e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095673 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.14 
 
 
304 aa  331  7.000000000000001e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2868  peptide ABC transporter permease  59.74 
 
 
304 aa  328  8e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0655134  normal  0.760664 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2811  peptide ABC transporter, permease protein  61.59 
 
 
306 aa  325  6e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167949  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  66.02 
 
 
316 aa  325  8.000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.32 
 
 
303 aa  322  7e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2539  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  61.59 
 
 
306 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00140604  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.38 
 
 
309 aa  311  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.51 
 
 
299 aa  302  5.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.26 
 
 
291 aa  281  9e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.64 
 
 
305 aa  281  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000602265  normal  0.0139946 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0564  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  44.05 
 
 
314 aa  276  4e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001972  peptide ABC transporter permease component  47.54 
 
 
318 aa  275  7e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00495  ABC transporter permease component  47.54 
 
 
318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.44 
 
 
295 aa  271  8.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.729214 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.75 
 
 
312 aa  267  1e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.86 
 
 
307 aa  267  2e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2566  peptide ABC transporter, permease protein  47.55 
 
 
312 aa  265  1e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.07 
 
 
315 aa  260  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3119  IM pore protein  50.97 
 
 
312 aa  259  3e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.141306  normal  0.0623657 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  45.1 
 
 
306 aa  259  4e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.11 
 
 
322 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.838286 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.71 
 
 
326 aa  259  5.0000000000000005e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2855  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  48.76 
 
 
322 aa  258  7e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.95 
 
 
306 aa  258  7e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.95 
 
 
306 aa  258  8e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0097  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  48.25 
 
 
313 aa  258  9e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.1 
 
 
308 aa  258  1e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0236512  normal  0.473156 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
303 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
316 aa  256  3e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.026366  hitchhiker  0.000411761 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.18 
 
 
310 aa  256  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600861  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.21 
 
 
312 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.05119  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.52 
 
 
312 aa  253  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.19 
 
 
324 aa  253  3e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0712008  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.2 
 
 
323 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.837371  normal  0.176841 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.63 
 
 
303 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0825825  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.79 
 
 
319 aa  250  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.55 
 
 
305 aa  249  4e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125924  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.78 
 
 
303 aa  242  6e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.78 
 
 
303 aa  242  6e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.487153  normal  0.0364966 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.48 
 
 
319 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7192  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  46.51 
 
 
308 aa  239  2.9999999999999997e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.906692  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.42 
 
 
312 aa  236  3e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.74 
 
 
313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0359838  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  39.54 
 
 
301 aa  226  4e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.96 
 
 
287 aa  222  6e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  41.3 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.3 
 
 
299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  41.3 
 
 
299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  41.3 
 
 
299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.3 
 
 
299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.32 
 
 
295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.62 
 
 
310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.77 
 
 
303 aa  209  4e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  41.79 
 
 
300 aa  207  1e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13210  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  45.49 
 
 
290 aa  207  2e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.139405  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
305 aa  207  3e-52  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.88 
 
 
284 aa  203  3e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38 
 
 
296 aa  203  3e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
307 aa  202  5e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
280 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
294 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.94 
 
 
293 aa  199  5e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.09 
 
 
288 aa  197  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.95 
 
 
298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  36.56 
 
 
279 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.89 
 
 
495 aa  196  3e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
310 aa  196  3e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  39.64 
 
 
300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1080  peptide ABC transporter, permease protein  38.89 
 
 
281 aa  196  5.000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0826305  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4577  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  37.76 
 
 
308 aa  196  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046213 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.55 
 
 
285 aa  195  7e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
300 aa  195  7e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.16 
 
 
302 aa  195  9e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
285 aa  195  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  41.31 
 
 
282 aa  194  2e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.24 
 
 
299 aa  193  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.85 
 
 
325 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
297 aa  193  3e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
302 aa  193  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4454  opine ABC transporter, permease protein, putative  40.65 
 
 
290 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000504442 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
305 aa  192  6e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
304 aa  192  7e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
496 aa  192  8e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3886  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  40.36 
 
 
301 aa  191  9e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
274 aa  191  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>