More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1761 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
309 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.73 
 
 
309 aa  585  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1883  peptide ABC transporter transmembrane protein  88.42 
 
 
311 aa  504  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.122955  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.87 
 
 
334 aa  468  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2811  peptide ABC transporter, permease protein  69.16 
 
 
306 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2539  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  68.51 
 
 
306 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00140604  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.38 
 
 
304 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2868  peptide ABC transporter permease  63.79 
 
 
304 aa  355  5e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0655134  normal  0.760664 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.34 
 
 
302 aa  350  1e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.98 
 
 
306 aa  345  7e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095673 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  61.2 
 
 
304 aa  343  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.09 
 
 
302 aa  343  2e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.15 
 
 
309 aa  323  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.96 
 
 
302 aa  323  2e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.24 
 
 
306 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.48 
 
 
316 aa  319  3e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.42 
 
 
303 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.38 
 
 
299 aa  301  9e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.96 
 
 
305 aa  291  7e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000602265  normal  0.0139946 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.59 
 
 
306 aa  269  5e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.92 
 
 
306 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0564  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  42.63 
 
 
314 aa  263  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001972  peptide ABC transporter permease component  45.71 
 
 
318 aa  263  3e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.62 
 
 
307 aa  261  8e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00495  ABC transporter permease component  44.79 
 
 
318 aa  261  1e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.91 
 
 
291 aa  260  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.69 
 
 
305 aa  258  7e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125924  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2566  peptide ABC transporter, permease protein  46.71 
 
 
312 aa  256  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.75 
 
 
323 aa  256  3e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.837371  normal  0.176841 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  45.36 
 
 
306 aa  255  5e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43 
 
 
308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0236512  normal  0.473156 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.15 
 
 
315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.6 
 
 
295 aa  252  5.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.729214 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.95 
 
 
326 aa  251  9.000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.56 
 
 
312 aa  251  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.38 
 
 
312 aa  250  2e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.05119  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3119  IM pore protein  50.39 
 
 
312 aa  249  5e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.141306  normal  0.0623657 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46 
 
 
316 aa  245  9e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.026366  hitchhiker  0.000411761 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
310 aa  244  9e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600861  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0097  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  44.27 
 
 
313 aa  242  6e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.26 
 
 
319 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.48 
 
 
322 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.838286 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.7 
 
 
303 aa  238  6.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0825825  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.89 
 
 
324 aa  238  8e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0712008  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.72 
 
 
303 aa  238  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
312 aa  237  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.7 
 
 
303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.7 
 
 
303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.487153  normal  0.0364966 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2855  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  45.19 
 
 
322 aa  234  9e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.63 
 
 
319 aa  221  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41 
 
 
312 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.55 
 
 
313 aa  219  5e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0359838  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.88 
 
 
310 aa  216  5e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7192  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  43.02 
 
 
308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.906692  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  41.64 
 
 
300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  40.53 
 
 
301 aa  212  7e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
280 aa  207  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
295 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
280 aa  206  3e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
307 aa  206  3e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  35.08 
 
 
299 aa  206  4e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  35.08 
 
 
299 aa  206  4e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  35.08 
 
 
299 aa  206  4e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  35.08 
 
 
299 aa  206  4e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  35.08 
 
 
299 aa  206  5e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
299 aa  202  6e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
287 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.42 
 
 
284 aa  200  3e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
298 aa  200  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
305 aa  200  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.72 
 
 
290 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
299 aa  199  5e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.72 
 
 
294 aa  199  5e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
299 aa  199  5e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  38.64 
 
 
300 aa  199  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  37 
 
 
298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.03 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.33 
 
 
302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  37 
 
 
298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.42 
 
 
299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37 
 
 
298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37 
 
 
298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
293 aa  196  6e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
298 aa  195  7e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
300 aa  195  7e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.64 
 
 
300 aa  195  7e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
304 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
297 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.47 
 
 
285 aa  194  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13210  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  46.12 
 
 
290 aa  194  2e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.139405  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
291 aa  194  2e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37 
 
 
294 aa  193  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  38.1 
 
 
304 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.39 
 
 
297 aa  193  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>