More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_13210 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_13210  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  100 
 
 
290 aa  552  1e-156  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.139405  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.54 
 
 
312 aa  248  9e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  42.26 
 
 
299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.26 
 
 
299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  42.26 
 
 
299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  42.26 
 
 
299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.26 
 
 
299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 
310 aa  230  3e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.8 
 
 
293 aa  221  9.999999999999999e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  43.36 
 
 
301 aa  219  3e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.57 
 
 
303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.23 
 
 
299 aa  217  2e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.89 
 
 
309 aa  215  8e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.25 
 
 
302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  40.75 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.51 
 
 
284 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
300 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.38 
 
 
300 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00495  ABC transporter permease component  40.51 
 
 
318 aa  209  5e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
274 aa  209  6e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0564  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  39.07 
 
 
314 aa  208  7e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
287 aa  208  7e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001972  peptide ABC transporter permease component  39.56 
 
 
318 aa  208  8e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.87 
 
 
326 aa  207  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
334 aa  207  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.51 
 
 
299 aa  207  2e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.21 
 
 
309 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.21 
 
 
309 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.49 
 
 
302 aa  206  4e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2566  peptide ABC transporter, permease protein  42.7 
 
 
312 aa  206  4e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
295 aa  206  5e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.61 
 
 
280 aa  206  5e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  40.48 
 
 
279 aa  205  8e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
302 aa  204  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
280 aa  204  1e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
304 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.32 
 
 
494 aa  202  4e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 
303 aa  202  5e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 
315 aa  202  6e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.06 
 
 
496 aa  201  9.999999999999999e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1252  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  40.57 
 
 
650 aa  201  9.999999999999999e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0892214 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2868  peptide ABC transporter permease  46.31 
 
 
304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0655134  normal  0.760664 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0643  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.31 
 
 
292 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  43.98 
 
 
479 aa  200  3e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.91 
 
 
288 aa  200  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1093  peptide ABC transporter, permease protein, putative  45.38 
 
 
296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.14 
 
 
324 aa  199  3.9999999999999996e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0712008  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.32 
 
 
497 aa  199  5e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.61 
 
 
300 aa  199  5e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1309  ABC transporter, permease protein  43.37 
 
 
313 aa  198  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2559  putative dipeptide transport system permease protein  43.37 
 
 
313 aa  198  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1390  ABC transporter, permease protein  43.37 
 
 
313 aa  198  7e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.028004  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
319 aa  198  7.999999999999999e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 
485 aa  198  7.999999999999999e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.8 
 
 
285 aa  198  7.999999999999999e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.3 
 
 
284 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.32 
 
 
495 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.76 
 
 
304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  40.87 
 
 
282 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1048  ABC transporter, permease protein  42.97 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1276  ABC transporter, permease protein  42.97 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485839  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0520  ABC transporter, permease protein  42.97 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.747108  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.88 
 
 
285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.48 
 
 
289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0249  ABC transporter, permease protein  42.97 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
299 aa  196  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
298 aa  196  3e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
287 aa  196  3e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.77 
 
 
302 aa  196  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  38.15 
 
 
284 aa  196  3e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1883  peptide ABC transporter transmembrane protein  45.31 
 
 
311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.122955  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.67 
 
 
322 aa  196  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.33 
 
 
289 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133944  normal  0.758242 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 
301 aa  196  5.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1282  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.82 
 
 
300 aa  195  6e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284613  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
359 aa  195  7e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  38.22 
 
 
301 aa  195  9e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.61 
 
 
305 aa  195  9e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
296 aa  195  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.23 
 
 
308 aa  194  1e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0236512  normal  0.473156 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.59 
 
 
308 aa  195  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3119  IM pore protein  43.08 
 
 
312 aa  194  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.141306  normal  0.0623657 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
284 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2855  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  40.43 
 
 
322 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
298 aa  194  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  38.25 
 
 
300 aa  193  2e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  42.42 
 
 
304 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.09 
 
 
473 aa  194  2e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  38.35 
 
 
298 aa  193  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1799  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.98 
 
 
285 aa  194  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.160899  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 
311 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.732722 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0097  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  40.55 
 
 
313 aa  193  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.58 
 
 
277 aa  193  3e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.77 
 
 
308 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>