More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2868 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2868  peptide ABC transporter permease  100 
 
 
304 aa  590  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0655134  normal  0.760664 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  78.22 
 
 
304 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.25 
 
 
309 aa  418  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.17 
 
 
306 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095673 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.79 
 
 
309 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.48 
 
 
309 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.76 
 
 
334 aa  360  1e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.6 
 
 
304 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1883  peptide ABC transporter transmembrane protein  64.46 
 
 
311 aa  355  3.9999999999999996e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.122955  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.67 
 
 
302 aa  343  2e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.74 
 
 
302 aa  337  9.999999999999999e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2539  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  62.28 
 
 
306 aa  334  1e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00140604  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2811  peptide ABC transporter, permease protein  60.9 
 
 
306 aa  330  1e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167949  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.46 
 
 
303 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
306 aa  324  1e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.29 
 
 
302 aa  314  9e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.77 
 
 
316 aa  305  5.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.34 
 
 
299 aa  300  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.51 
 
 
305 aa  298  6e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000602265  normal  0.0139946 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001972  peptide ABC transporter permease component  43.95 
 
 
318 aa  279  4e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00495  ABC transporter permease component  45.36 
 
 
318 aa  277  1e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0564  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  44.05 
 
 
314 aa  276  2e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2566  peptide ABC transporter, permease protein  45.45 
 
 
312 aa  275  8e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.1 
 
 
326 aa  273  4.0000000000000004e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.51 
 
 
308 aa  270  2e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0236512  normal  0.473156 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.93 
 
 
323 aa  267  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.837371  normal  0.176841 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  44.33 
 
 
306 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.73 
 
 
306 aa  266  5e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0097  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  44.66 
 
 
313 aa  265  8e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.3 
 
 
291 aa  264  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.05 
 
 
305 aa  262  6e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125924  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2855  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  48.44 
 
 
322 aa  261  6.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.05 
 
 
306 aa  261  1e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.24 
 
 
303 aa  261  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3119  IM pore protein  50.58 
 
 
312 aa  261  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.141306  normal  0.0623657 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.67 
 
 
307 aa  259  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.52 
 
 
312 aa  259  6e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.41 
 
 
310 aa  258  7e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600861  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.15 
 
 
315 aa  258  9e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.08 
 
 
312 aa  255  7e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.74 
 
 
303 aa  254  9e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0825825  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.67 
 
 
312 aa  253  3e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
316 aa  251  9.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.026366  hitchhiker  0.000411761 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.82 
 
 
295 aa  251  1e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.729214 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.26 
 
 
319 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
312 aa  248  7e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.05119  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.43 
 
 
303 aa  242  6e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.43 
 
 
303 aa  242  6e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.487153  normal  0.0364966 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.47 
 
 
319 aa  236  3e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.19 
 
 
322 aa  233  3e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.838286 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  43.19 
 
 
300 aa  228  7e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.7 
 
 
324 aa  228  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0712008  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.05 
 
 
300 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.05 
 
 
300 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  42.51 
 
 
304 aa  225  6e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  42.52 
 
 
301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.86 
 
 
313 aa  218  7.999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0359838  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7192  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  43.68 
 
 
308 aa  215  5.9999999999999996e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.906692  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
280 aa  215  8e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
280 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.51 
 
 
302 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.2 
 
 
308 aa  211  9e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.37 
 
 
300 aa  211  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.39 
 
 
296 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.26 
 
 
302 aa  208  7e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 
304 aa  208  9e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.61 
 
 
325 aa  208  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3905  dipeptide transporter  41.72 
 
 
299 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
310 aa  206  3e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
305 aa  206  3e-52  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
295 aa  206  3e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4096  dipeptide transporter  41 
 
 
300 aa  205  8e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.84 
 
 
283 aa  203  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.5 
 
 
305 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
284 aa  202  7e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13210  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  46.31 
 
 
290 aa  202  8e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.139405  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
296 aa  201  9e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0046  dipeptide transporter  40.59 
 
 
300 aa  201  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.84 
 
 
284 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
308 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0186  dipeptide transporter  43.33 
 
 
300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.20174  normal  0.704815 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  41.32 
 
 
303 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.64 
 
 
299 aa  199  3e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  39.64 
 
 
299 aa  199  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  39.64 
 
 
299 aa  200  3e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  39.64 
 
 
299 aa  199  3e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  39.64 
 
 
299 aa  199  3e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  40.97 
 
 
303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
287 aa  198  7.999999999999999e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.37 
 
 
319 aa  198  7.999999999999999e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  39.72 
 
 
867 aa  197  1.0000000000000001e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.79 
 
 
302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.65 
 
 
307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  39.06 
 
 
288 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.55 
 
 
322 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3826  dipeptide transporter  41.86 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
281 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170759  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.330271  normal  0.031338 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>