More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5792 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
316 aa  622  1e-177  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.026366  hitchhiker  0.000411761 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2855  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  54.84 
 
 
322 aa  340  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.3 
 
 
307 aa  335  7e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.85 
 
 
319 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.09 
 
 
323 aa  328  8e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.837371  normal  0.176841 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.15 
 
 
306 aa  327  2.0000000000000001e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.85 
 
 
315 aa  326  4.0000000000000003e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.61 
 
 
326 aa  321  9.000000000000001e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53 
 
 
306 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53 
 
 
303 aa  315  5e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3119  IM pore protein  56.19 
 
 
312 aa  310  2e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.141306  normal  0.0623657 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  51.84 
 
 
306 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0564  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  49.52 
 
 
314 aa  309  5e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001972  peptide ABC transporter permease component  48.09 
 
 
318 aa  307  1.0000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.68 
 
 
324 aa  306  3e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0712008  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.67 
 
 
303 aa  305  8.000000000000001e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.67 
 
 
303 aa  305  8.000000000000001e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.487153  normal  0.0364966 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.66 
 
 
308 aa  304  1.0000000000000001e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0236512  normal  0.473156 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00495  ABC transporter permease component  48.32 
 
 
318 aa  300  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.9 
 
 
303 aa  298  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0825825  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2566  peptide ABC transporter, permease protein  50.33 
 
 
312 aa  296  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.33 
 
 
305 aa  294  1e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125924  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.38 
 
 
322 aa  289  3e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.838286 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.01 
 
 
312 aa  289  5.0000000000000004e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.76 
 
 
313 aa  287  2e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0359838  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0097  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  48.89 
 
 
313 aa  286  2.9999999999999996e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.33 
 
 
312 aa  280  2e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.05119  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.31 
 
 
319 aa  278  9e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.9 
 
 
312 aa  273  3e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7192  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  51.15 
 
 
308 aa  270  2.9999999999999997e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.906692  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.66 
 
 
310 aa  269  5e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600861  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.59 
 
 
302 aa  247  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46 
 
 
309 aa  245  9e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.33 
 
 
309 aa  242  5e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.65 
 
 
334 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
304 aa  235  9e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.89 
 
 
302 aa  232  5e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2868  peptide ABC transporter permease  44.16 
 
 
304 aa  229  4e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0655134  normal  0.760664 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.13 
 
 
306 aa  229  4e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1883  peptide ABC transporter transmembrane protein  46.37 
 
 
311 aa  226  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.122955  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.82 
 
 
325 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
299 aa  223  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.98 
 
 
304 aa  222  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.86 
 
 
306 aa  222  7e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095673 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.09 
 
 
302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.21 
 
 
303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.25 
 
 
291 aa  219  5e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  41.96 
 
 
301 aa  219  7e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.55 
 
 
316 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  40.39 
 
 
304 aa  217  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  39.05 
 
 
300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.37 
 
 
309 aa  216  5.9999999999999996e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
300 aa  215  9e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 
300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.66 
 
 
300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
300 aa  212  5.999999999999999e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
302 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
302 aa  209  4e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
308 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
295 aa  206  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.729214 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.27 
 
 
312 aa  206  5e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2811  peptide ABC transporter, permease protein  45.36 
 
 
306 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167949  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
304 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.03 
 
 
302 aa  203  3e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.16 
 
 
308 aa  201  9e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.16 
 
 
308 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.706102  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0046  dipeptide transporter  39.42 
 
 
300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2539  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.48 
 
 
306 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00140604  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
280 aa  198  9e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.83 
 
 
308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.979311  normal  0.485884 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.92 
 
 
296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4563  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.49 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0184  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  39.62 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
280 aa  196  3e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4240  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.16 
 
 
303 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247353  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
305 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.73 
 
 
310 aa  195  8.000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58450  ABC transporter permease  37.86 
 
 
303 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.982429  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3905  dipeptide transporter  40 
 
 
299 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  39.86 
 
 
303 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3840  dipeptide transporter  41.69 
 
 
300 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3948  dipeptide transporter  41.69 
 
 
300 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4008  dipeptide transporter  41.69 
 
 
300 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.912863  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3904  dipeptide transporter  41.69 
 
 
300 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.247194  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.93 
 
 
284 aa  194  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3826  dipeptide transporter  41.69 
 
 
300 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
303 aa  192  5e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5118  ABC transporter permease  37.54 
 
 
303 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1584  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.08 
 
 
293 aa  191  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.731145  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 
305 aa  191  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000602265  normal  0.0139946 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
285 aa  191  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
305 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
305 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.380903 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
305 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.15 
 
 
303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4096  dipeptide transporter  38.1 
 
 
300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.753458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>