More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5039 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_5039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
291 aa  563  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  91.03 
 
 
295 aa  493  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.729214 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.85 
 
 
304 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.26 
 
 
302 aa  268  8.999999999999999e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.91 
 
 
309 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.53 
 
 
309 aa  258  7e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.26 
 
 
302 aa  256  3e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
303 aa  256  4e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.56 
 
 
316 aa  249  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.69 
 
 
306 aa  249  4e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.59 
 
 
334 aa  248  8e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.97 
 
 
302 aa  247  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1883  peptide ABC transporter transmembrane protein  51.76 
 
 
311 aa  247  2e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.122955  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2811  peptide ABC transporter, permease protein  53.54 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2539  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.96 
 
 
306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00140604  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2868  peptide ABC transporter permease  51.17 
 
 
304 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0655134  normal  0.760664 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.23 
 
 
304 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.1 
 
 
299 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.9 
 
 
306 aa  226  5.0000000000000005e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095673 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.39 
 
 
309 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00495  ABC transporter permease component  40.35 
 
 
318 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001972  peptide ABC transporter permease component  40.35 
 
 
318 aa  219  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.61 
 
 
305 aa  219  3e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125924  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.25 
 
 
316 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.026366  hitchhiker  0.000411761 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0564  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  41.7 
 
 
314 aa  219  5e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.95 
 
 
305 aa  218  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000602265  normal  0.0139946 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0236512  normal  0.473156 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.97 
 
 
307 aa  212  7e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.26 
 
 
312 aa  211  9e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2566  peptide ABC transporter, permease protein  43.7 
 
 
312 aa  210  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  37.75 
 
 
306 aa  210  2e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2855  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  43.33 
 
 
322 aa  208  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.33 
 
 
323 aa  208  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.837371  normal  0.176841 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.51 
 
 
303 aa  205  9e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0097  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  41.73 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
319 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
315 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 
326 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
312 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.51 
 
 
313 aa  199  6e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0359838  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0825825  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.11 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0712008  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.05119  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.32 
 
 
312 aa  196  6e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
303 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
303 aa  194  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.487153  normal  0.0364966 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 
322 aa  193  3e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.838286 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.95 
 
 
310 aa  192  7e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600861  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.32 
 
 
319 aa  188  9e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3119  IM pore protein  42.08 
 
 
312 aa  188  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.141306  normal  0.0623657 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  35.34 
 
 
301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
274 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
298 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13210  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.52 
 
 
290 aa  179  7e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.139405  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 
280 aa  178  9e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
299 aa  178  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
299 aa  177  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
280 aa  177  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.64 
 
 
305 aa  177  2e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.31 
 
 
310 aa  176  5e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  42.08 
 
 
473 aa  175  9e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  37.93 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 
322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
300 aa  173  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7192  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  39.38 
 
 
308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.906692  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.14 
 
 
287 aa  172  5.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.76 
 
 
295 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.68 
 
 
325 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.01 
 
 
284 aa  171  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
496 aa  171  1e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.05 
 
 
284 aa  170  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.54 
 
 
294 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
285 aa  170  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
310 aa  169  4e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  35.69 
 
 
299 aa  169  5e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  35.69 
 
 
299 aa  169  5e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  35.69 
 
 
299 aa  169  5e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  35.69 
 
 
299 aa  169  5e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  35.69 
 
 
299 aa  169  5e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
485 aa  169  6e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  36.23 
 
 
300 aa  169  7e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
300 aa  169  7e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
495 aa  168  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
497 aa  167  2e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1080  peptide ABC transporter, permease protein  37.11 
 
 
281 aa  166  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0826305  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.91 
 
 
479 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
285 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
310 aa  166  4e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.361284  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
280 aa  166  5e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  34.63 
 
 
279 aa  166  5e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
494 aa  166  5e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
284 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.53 
 
 
284 aa  163  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.317489  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.86 
 
 
288 aa  163  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>