More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3141 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
313 aa  614  1e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0359838  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.57 
 
 
322 aa  501  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.838286 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.58 
 
 
324 aa  463  1e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0712008  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.41 
 
 
319 aa  381  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.74 
 
 
312 aa  364  1e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2855  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  60.13 
 
 
322 aa  363  3e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7192  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  66.02 
 
 
308 aa  348  6e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.906692  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.25 
 
 
326 aa  348  7e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.78 
 
 
307 aa  340  2e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.33 
 
 
319 aa  338  7e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.24 
 
 
303 aa  336  3.9999999999999995e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.91 
 
 
315 aa  330  2e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.21 
 
 
323 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.837371  normal  0.176841 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.76 
 
 
316 aa  317  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.026366  hitchhiker  0.000411761 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3119  IM pore protein  57.86 
 
 
312 aa  316  4e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.141306  normal  0.0623657 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.92 
 
 
303 aa  315  9e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.92 
 
 
303 aa  315  9e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.487153  normal  0.0364966 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0564  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  50 
 
 
314 aa  313  1.9999999999999998e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.33 
 
 
306 aa  310  2e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.9 
 
 
303 aa  305  9.000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0825825  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52 
 
 
306 aa  303  2.0000000000000002e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  51.99 
 
 
306 aa  300  2e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001972  peptide ABC transporter permease component  48.11 
 
 
318 aa  298  6e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00495  ABC transporter permease component  49.15 
 
 
318 aa  297  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.2 
 
 
308 aa  295  9e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0236512  normal  0.473156 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.46 
 
 
310 aa  289  4e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.600861  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
312 aa  288  7e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2566  peptide ABC transporter, permease protein  50.33 
 
 
312 aa  288  1e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.67 
 
 
312 aa  285  5.999999999999999e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.05119  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0097  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  49.04 
 
 
313 aa  283  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.66 
 
 
305 aa  276  2e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125924  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.55 
 
 
304 aa  255  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.69 
 
 
302 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.88 
 
 
309 aa  246  4e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.182989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.18 
 
 
309 aa  243  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.58 
 
 
302 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.08 
 
 
299 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.55 
 
 
334 aa  235  6e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.04 
 
 
303 aa  233  5e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.04 
 
 
306 aa  230  2e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  42.17 
 
 
299 aa  228  9e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.17 
 
 
299 aa  228  9e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  42.17 
 
 
299 aa  228  9e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.17 
 
 
299 aa  228  9e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  43.84 
 
 
299 aa  228  1e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.67 
 
 
304 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.72 
 
 
312 aa  228  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1883  peptide ABC transporter transmembrane protein  45.14 
 
 
311 aa  227  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.122955  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2868  peptide ABC transporter permease  45.66 
 
 
304 aa  226  4e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0655134  normal  0.760664 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.87 
 
 
306 aa  222  6e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095673 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
302 aa  222  7e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2811  peptide ABC transporter, permease protein  46.55 
 
 
306 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2539  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.21 
 
 
306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00140604  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
291 aa  216  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 
309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.7 
 
 
310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
303 aa  208  7e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  38.22 
 
 
300 aa  207  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.22 
 
 
300 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.22 
 
 
300 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  39.03 
 
 
301 aa  204  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3895  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
305 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000602265  normal  0.0139946 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
299 aa  203  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  37.5 
 
 
288 aa  202  4e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
298 aa  202  5e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.67 
 
 
295 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.729214 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.76 
 
 
284 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
300 aa  199  6e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.67 
 
 
285 aa  198  7.999999999999999e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.45 
 
 
316 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
287 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.88 
 
 
302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.99 
 
 
296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  38.16 
 
 
279 aa  196  3e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.85 
 
 
305 aa  196  5.000000000000001e-49  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.06 
 
 
325 aa  195  7e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 
307 aa  195  9e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.6 
 
 
284 aa  193  3e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
280 aa  192  4e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1252  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  41.81 
 
 
650 aa  193  4e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0892214 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.8 
 
 
294 aa  193  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
299 aa  192  7e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
304 aa  192  7e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
280 aa  192  8e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
280 aa  191  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.11 
 
 
288 aa  191  1e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.66 
 
 
302 aa  189  5.999999999999999e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
339 aa  188  8e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
274 aa  188  8e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  41.89 
 
 
282 aa  188  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
313 aa  188  1e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
285 aa  188  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
309 aa  187  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1822  oligopeptide transport integral membrane protein  39.67 
 
 
341 aa  186  3e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.661927  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
298 aa  186  3e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.77 
 
 
285 aa  186  5e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.12 
 
 
300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.22 
 
 
311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
289 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>