93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1952 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1952  hypothetical protein  100 
 
 		 178 aa  358  3e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1473  transposase, putative  62.07 
 
 		 179 aa  226  1e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1685  transposase, putative  62.92 
 
 		 184 aa  223  1e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.207714 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33360  hypothetical protein  60.23 
 
 		 176 aa  222  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1855  hypothetical protein  56.9 
 
 		 175 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4081  hypothetical protein  59.66 
 
 		 177 aa  218  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0580442  normal  0.342905 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0768  hypothetical protein  60 
 
 		 175 aa  212  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0333217  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1689  hypothetical protein  54.02 
 
 		 184 aa  205  3e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.625848  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3130  transposase and inactivated derivatives  56.82 
 
 		 178 aa  202  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0127624  normal  0.415202 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4226  hypothetical protein  57.23 
 
 		 177 aa  201  5e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.853067  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3405  hypothetical protein  54.49 
 
 		 179 aa  198  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0242544  normal  0.205029 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4373  hypothetical protein  55.93 
 
 		 178 aa  197  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295832  normal  0.0449373 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1962  hypothetical protein  53.99 
 
 		 164 aa  193  9e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2421  hypothetical protein  54.19 
 
 		 161 aa  191  6e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1384  hypothetical protein  48.52 
 
 		 180 aa  184  4e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.705846 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1317  protein of unknown function DUF1568  56.63 
 
 		 179 aa  181  7e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.737296  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00223  hypothetical protein  50.9 
 
 		 165 aa  178  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00227  hypothetical protein  50.9 
 
 		 165 aa  178  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3392  hypothetical protein  50.3 
 
 		 165 aa  176  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3379  conserved hypothetical protein  50.3 
 
 		 165 aa  176  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4825  transposase and inactivated derivative  50 
 
 		 163 aa  173  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3135  hypothetical protein  48.02 
 
 		 176 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.464073  normal  0.01424 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2530  hypothetical protein  45.86 
 
 		 179 aa  170  9e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0240  hypothetical protein  48.5 
 
 		 165 aa  170  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0352  hypothetical protein  51.93 
 
 		 187 aa  170  1e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.642542  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0243  hypothetical protein  46.78 
 
 		 178 aa  168  4e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.273479  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2478  hypothetical protein  51.37 
 
 		 161 aa  167  8e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0731  hypothetical protein  48.88 
 
 		 176 aa  165  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2531  transposase  51.38 
 
 		 187 aa  164  5.9999999999999996e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.719011  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0796  hypothetical protein  49.09 
 
 		 159 aa  163  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0721b  hypothetical protein  53.54 
 
 		 133 aa  160  1e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2835  hypothetical protein  46.47 
 
 		 191 aa  156  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1888  hypothetical protein  42.29 
 
 		 171 aa  145  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.17258  hitchhiker  0.00842787 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0361  hypothetical protein  42.01 
 
 		 191 aa  144  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2890  hypothetical protein  43.86 
 
 		 191 aa  142  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2532  hypothetical protein  37.58 
 
 		 157 aa  95.1  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709096 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2244  transposase  33.57 
 
 		 161 aa  68.6  0.00000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.196666  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0301  hypothetical protein  53.33 
 
 		 91 aa  54.7  0.0000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1888b  hypothetical protein  53.33 
 
 		 101 aa  54.7  0.0000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0885  protein of unknown function DUF1568  30.07 
 
 		 169 aa  54.3  0.0000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1552  hypothetical protein  31.62 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0339239 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3976  protein of unknown function DUF1568  30.51 
 
 		 151 aa  54.3  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.183049  normal  0.223747 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3154  hypothetical protein  46.03 
 
 		 58 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0787684 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3477  hypothetical protein  27.89 
 
 		 188 aa  52  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.379705  normal  0.40189 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4599  hypothetical protein  27.66 
 
 		 160 aa  51.2  0.000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2607  protein of unknown function DUF1568  30.4 
 
 		 186 aa  50.8  0.000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.407993  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3465  hypothetical protein  36 
 
 		 150 aa  50.4  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1272  hypothetical protein  31.37 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1136  hypothetical protein  21.38 
 
 		 192 aa  49.3  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1024  hypothetical protein  31.76 
 
 		 163 aa  49.3  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0275616 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2451  hypothetical protein  28.92 
 
 		 201 aa  49.3  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.875999 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0995  hypothetical protein  32.94 
 
 		 163 aa  49.3  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1364  hypothetical protein  28.26 
 
 		 150 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0968684  normal  0.0104776 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4707  hypothetical protein  25 
 
 		 152 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3919  hypothetical protein  29.5 
 
 		 151 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0968412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2844  hypothetical protein  27.96 
 
 		 168 aa  46.6  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0837  hypothetical protein  25.93 
 
 		 206 aa  47  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2777  hypothetical protein  35.42 
 
 		 149 aa  46.2  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.430133  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0613  hypothetical protein  28.57 
 
 		 151 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.018198 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3286  protein of unknown function DUF1568  33.65 
 
 		 214 aa  46.2  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00118326  unclonable  0.0000000135739 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4462  hypothetical protein  22.7 
 
 		 152 aa  45.4  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0508  hypothetical protein  47.83 
 
 		 197 aa  45.4  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5411  protein of unknown function DUF1568  27.27 
 
 		 218 aa  45.4  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000187281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1574  hypothetical protein  32.29 
 
 		 150 aa  45.1  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.620864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3252  hypothetical protein  27.47 
 
 		 174 aa  45.1  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5083  hypothetical protein  26.09 
 
 		 151 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.268045  normal  0.309651 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2426  hypothetical protein  30 
 
 		 249 aa  44.7  0.0008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.763748  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1975  hypothetical protein  25.36 
 
 		 163 aa  44.7  0.0008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121263 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1423  hypothetical protein  28.21 
 
 		 190 aa  44.7  0.0008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0723696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4223  hypothetical protein  32.38 
 
 		 212 aa  44.7  0.0008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.228925 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5236  hypothetical protein  27.54 
 
 		 151 aa  44.3  0.0009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3712  hypothetical protein  29.13 
 
 		 177 aa  43.9  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013542 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1676  hypothetical protein  29.13 
 
 		 157 aa  43.9  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0136  transposase  25 
 
 		 236 aa  44.3  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1784  hypothetical protein  34.65 
 
 		 197 aa  43.5  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2563  hypothetical protein  26.92 
 
 		 176 aa  43.5  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000213064  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0148  transposase  24.62 
 
 		 236 aa  43.5  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0526667  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0315  hypothetical protein  23.53 
 
 		 197 aa  43.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3016  hypothetical protein  25.74 
 
 		 312 aa  43.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1685  hypothetical protein  21.9 
 
 		 149 aa  43.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.365398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0825  hypothetical protein  23.84 
 
 		 204 aa  43.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0793  hypothetical protein  26.55 
 
 		 314 aa  43.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5176  hypothetical protein  29.17 
 
 		 184 aa  42.4  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00299086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2260  hypothetical protein  26.99 
 
 		 207 aa  42.4  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000303912  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1133  hypothetical protein  28.67 
 
 		 153 aa  42.7  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000547954  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0459  protein of unknown function DUF1568  26.32 
 
 		 219 aa  42.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1450  hypothetical protein  23.23 
 
 		 203 aa  42.4  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0337  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.36 
 
 		 1345 aa  42  0.004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.038664  normal  0.920027 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0472  protein of unknown function DUF1568  26.09 
 
 		 185 aa  42.4  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.527235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0284  hypothetical protein  25.47 
 
 		 187 aa  42  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3026  hypothetical protein  45.45 
 
 		 76 aa  41.6  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.247877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1092  hypothetical protein  27.91 
 
 		 223 aa  41.6  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.462205  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0311  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.36 
 
 		 1372 aa  41.2  0.008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.220801 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>