89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3130 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3130  transposase and inactivated derivatives  100 
 
 		 178 aa  363  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0127624  normal  0.415202 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3405  hypothetical protein  76 
 
 		 179 aa  274  4e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0242544  normal  0.205029 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4373  hypothetical protein  58.86 
 
 		 178 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295832  normal  0.0449373 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1952  hypothetical protein  56.82 
 
 		 178 aa  202  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4081  hypothetical protein  54.55 
 
 		 177 aa  198  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0580442  normal  0.342905 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1855  hypothetical protein  50.29 
 
 		 175 aa  191  4e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1689  hypothetical protein  49.43 
 
 		 184 aa  182  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.625848  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1685  transposase, putative  51.98 
 
 		 184 aa  182  3e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.207714 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0731  hypothetical protein  50 
 
 		 176 aa  180  8.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0768  hypothetical protein  56.29 
 
 		 175 aa  179  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0333217  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4825  transposase and inactivated derivative  49.14 
 
 		 163 aa  177  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1962  hypothetical protein  49.38 
 
 		 164 aa  177  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33360  hypothetical protein  49.43 
 
 		 176 aa  176  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1473  transposase, putative  47.75 
 
 		 179 aa  174  4e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3135  hypothetical protein  52.54 
 
 		 176 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.464073  normal  0.01424 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3392  hypothetical protein  47.95 
 
 		 165 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00227  hypothetical protein  47.95 
 
 		 165 aa  171  5e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4226  hypothetical protein  49.4 
 
 		 177 aa  171  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.853067  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00223  hypothetical protein  47.95 
 
 		 165 aa  171  5e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3379  conserved hypothetical protein  47.95 
 
 		 165 aa  168  4e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2421  hypothetical protein  51.92 
 
 		 161 aa  166  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0240  hypothetical protein  46.78 
 
 		 165 aa  164  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1384  hypothetical protein  46.02 
 
 		 180 aa  163  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.705846 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0352  hypothetical protein  48.35 
 
 		 187 aa  161  6e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.642542  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2531  transposase  50.59 
 
 		 187 aa  154  5.0000000000000005e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.719011  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0796  hypothetical protein  46.95 
 
 		 159 aa  152  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2530  hypothetical protein  42.86 
 
 		 179 aa  149  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1317  protein of unknown function DUF1568  48.82 
 
 		 179 aa  147  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.737296  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0721b  hypothetical protein  48.85 
 
 		 133 aa  144  7.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0243  hypothetical protein  39.18 
 
 		 178 aa  143  1e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.273479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2835  hypothetical protein  43.75 
 
 		 191 aa  142  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1888  hypothetical protein  45.14 
 
 		 171 aa  137  6e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.17258  hitchhiker  0.00842787 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2478  hypothetical protein  44.83 
 
 		 161 aa  131  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0361  hypothetical protein  42.11 
 
 		 191 aa  129  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2890  hypothetical protein  40.24 
 
 		 191 aa  126  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2532  hypothetical protein  35.54 
 
 		 157 aa  86.7  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709096 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2244  transposase  37.18 
 
 		 161 aa  73.6  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.196666  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1552  hypothetical protein  30.41 
 
 		 205 aa  57  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0339239 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2777  hypothetical protein  29.93 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.430133  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3465  hypothetical protein  33.33 
 
 		 150 aa  54.3  0.0000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1364  hypothetical protein  34.74 
 
 		 150 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0968684  normal  0.0104776 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4599  hypothetical protein  26.24 
 
 		 160 aa  52.8  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3477  hypothetical protein  31.25 
 
 		 188 aa  52.4  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.379705  normal  0.40189 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4707  hypothetical protein  26.81 
 
 		 152 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2844  hypothetical protein  26.03 
 
 		 168 aa  52.4  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1888b  hypothetical protein  47.83 
 
 		 101 aa  51.2  0.000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0301  hypothetical protein  47.83 
 
 		 91 aa  51.2  0.000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4462  hypothetical protein  28.06 
 
 		 152 aa  50.1  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0885  protein of unknown function DUF1568  30.83 
 
 		 169 aa  50.1  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5411  protein of unknown function DUF1568  29.41 
 
 		 218 aa  49.7  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000187281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3976  protein of unknown function DUF1568  26.71 
 
 		 151 aa  49.7  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.183049  normal  0.223747 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0943  protein of unknown function DUF1568  26.57 
 
 		 163 aa  49.3  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.74816  normal  0.454082 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1489  hypothetical protein  35.87 
 
 		 153 aa  48.9  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1272  hypothetical protein  28.19 
 
 		 196 aa  49.3  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3286  protein of unknown function DUF1568  33.66 
 
 		 214 aa  49.3  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00118326  unclonable  0.0000000135739 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3252  hypothetical protein  25.53 
 
 		 174 aa  48.9  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0337  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.32 
 
 		 1345 aa  48.5  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.038664  normal  0.920027 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0459  protein of unknown function DUF1568  32.29 
 
 		 219 aa  48.1  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0311  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.48 
 
 		 1372 aa  48.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0472  protein of unknown function DUF1568  32.29 
 
 		 185 aa  47.8  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.527235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5047  hypothetical protein  32.63 
 
 		 151 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0419469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1784  hypothetical protein  41.79 
 
 		 197 aa  47.4  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1975  hypothetical protein  26.39 
 
 		 163 aa  46.6  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121263 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1136  hypothetical protein  23.9 
 
 		 192 aa  45.8  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1068  hypothetical protein  24.67 
 
 		 179 aa  45.4  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0377724 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3026  hypothetical protein  44.44 
 
 		 76 aa  45.4  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.247877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1024  hypothetical protein  27.64 
 
 		 163 aa  45.1  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0275616 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0995  hypothetical protein  27.64 
 
 		 163 aa  45.1  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0788  hypothetical protein  29.03 
 
 		 150 aa  44.7  0.0007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3919  hypothetical protein  28.97 
 
 		 151 aa  44.7  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0968412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2265  transposase and inactivated derivatives  26.61 
 
 		 241 aa  43.9  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3016  hypothetical protein  26.61 
 
 		 312 aa  43.9  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2264  transposase and inactivated derivatives  26.61 
 
 		 323 aa  43.5  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.88974  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2153  hypothetical protein  34.25 
 
 		 221 aa  43.1  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0207768  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5083  hypothetical protein  25.52 
 
 		 151 aa  42.7  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.268045  normal  0.309651 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3321  hypothetical protein  24.71 
 
 		 197 aa  42.4  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.873195  hitchhiker  0.0000029094 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0613  hypothetical protein  24.83 
 
 		 151 aa  42.4  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.018198 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5176  hypothetical protein  28.42 
 
 		 184 aa  42  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00299086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0347  hypothetical protein  32.67 
 
 		 158 aa  42  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.119312  normal  0.0189577 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0508  hypothetical protein  35.59 
 
 		 197 aa  42.4  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2563  hypothetical protein  26.95 
 
 		 176 aa  41.6  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000213064  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1748  hypothetical protein  28.87 
 
 		 312 aa  42  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.994794  normal  0.0128416 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1685  hypothetical protein  27.96 
 
 		 149 aa  41.6  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.365398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4223  hypothetical protein  28.44 
 
 		 212 aa  41.6  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.228925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0607  hypothetical protein  31.58 
 
 		 151 aa  41.6  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2260  hypothetical protein  22.56 
 
 		 207 aa  41.6  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000303912  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1133  hypothetical protein  27.7 
 
 		 153 aa  41.2  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000547954  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0262  hypothetical protein  21.74 
 
 		 152 aa  41.2  0.009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0825  hypothetical protein  26.23 
 
 		 204 aa  41.2  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>