101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4081 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4081  hypothetical protein  100 
 
 		 177 aa  367  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0580442  normal  0.342905 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1952  hypothetical protein  59.66 
 
 		 178 aa  218  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4226  hypothetical protein  53.71 
 
 		 177 aa  214  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.853067  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1473  transposase, putative  53.93 
 
 		 179 aa  209  2e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33360  hypothetical protein  55.68 
 
 		 176 aa  206  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1689  hypothetical protein  50.58 
 
 		 184 aa  200  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.625848  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1685  transposase, putative  56.14 
 
 		 184 aa  200  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.207714 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3130  transposase and inactivated derivatives  54.55 
 
 		 178 aa  198  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0127624  normal  0.415202 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0768  hypothetical protein  56.02 
 
 		 175 aa  196  1.0000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0333217  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1855  hypothetical protein  48.85 
 
 		 175 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3405  hypothetical protein  55.31 
 
 		 179 aa  191  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0242544  normal  0.205029 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4825  transposase and inactivated derivative  53.29 
 
 		 163 aa  189  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1962  hypothetical protein  52.47 
 
 		 164 aa  189  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0731  hypothetical protein  53.18 
 
 		 176 aa  189  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3392  hypothetical protein  52.38 
 
 		 165 aa  187  5e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00223  hypothetical protein  52.38 
 
 		 165 aa  186  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00227  hypothetical protein  52.38 
 
 		 165 aa  186  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0240  hypothetical protein  52.38 
 
 		 165 aa  186  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3379  conserved hypothetical protein  52.38 
 
 		 165 aa  185  4e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2421  hypothetical protein  51.27 
 
 		 161 aa  184  6e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3135  hypothetical protein  50.57 
 
 		 176 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.464073  normal  0.01424 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4373  hypothetical protein  47.73 
 
 		 178 aa  177  7e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295832  normal  0.0449373 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0243  hypothetical protein  43.27 
 
 		 178 aa  170  1e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.273479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2530  hypothetical protein  46.67 
 
 		 179 aa  169  3e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0796  hypothetical protein  49.7 
 
 		 159 aa  168  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1317  protein of unknown function DUF1568  51.5 
 
 		 179 aa  166  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.737296  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1384  hypothetical protein  44.58 
 
 		 180 aa  160  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.705846 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2478  hypothetical protein  47.59 
 
 		 161 aa  158  4e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2531  transposase  51.48 
 
 		 187 aa  157  7e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.719011  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0352  hypothetical protein  50.3 
 
 		 187 aa  154  5.0000000000000005e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.642542  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2835  hypothetical protein  45.56 
 
 		 191 aa  154  6e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0721b  hypothetical protein  47.66 
 
 		 133 aa  141  4e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2890  hypothetical protein  41.01 
 
 		 191 aa  140  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0361  hypothetical protein  43.79 
 
 		 191 aa  139  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1888  hypothetical protein  43.37 
 
 		 171 aa  137  7.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.17258  hitchhiker  0.00842787 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2532  hypothetical protein  33.73 
 
 		 157 aa  82.4  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709096 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1552  hypothetical protein  25.9 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0339239 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5382  hypothetical protein  34.17 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.564815  normal  0.588654 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1888b  hypothetical protein  45.65 
 
 		 101 aa  54.3  0.0000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0301  hypothetical protein  45.65 
 
 		 91 aa  54.3  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3465  hypothetical protein  26.76 
 
 		 150 aa  53.9  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1975  hypothetical protein  26.76 
 
 		 163 aa  52.4  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121263 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3286  protein of unknown function DUF1568  31.63 
 
 		 214 aa  52  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00118326  unclonable  0.0000000135739 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1802  protein of unknown function DUF1568  26.28 
 
 		 240 aa  51.6  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2244  transposase  31.34 
 
 		 161 aa  50.1  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.196666  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4599  hypothetical protein  26.43 
 
 		 160 aa  50.4  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0995  hypothetical protein  32.95 
 
 		 163 aa  50.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1024  hypothetical protein  32.95 
 
 		 163 aa  50.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0275616 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2777  hypothetical protein  33.33 
 
 		 149 aa  50.1  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.430133  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3477  hypothetical protein  26.32 
 
 		 188 aa  49.3  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.379705  normal  0.40189 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0885  protein of unknown function DUF1568  27.78 
 
 		 169 aa  49.3  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1489  hypothetical protein  31.18 
 
 		 153 aa  48.9  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5083  hypothetical protein  27.4 
 
 		 151 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.268045  normal  0.309651 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0311  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28 
 
 		 1372 aa  48.9  0.00004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0337  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.21 
 
 		 1345 aa  48.5  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.038664  normal  0.920027 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5411  protein of unknown function DUF1568  27.19 
 
 		 218 aa  48.5  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000187281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3871  protein of unknown function DUF1568  21.08 
 
 		 236 aa  47.8  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5176  hypothetical protein  31.31 
 
 		 184 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00299086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0554  hypothetical protein  28.57 
 
 		 177 aa  47  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2844  hypothetical protein  23.36 
 
 		 168 aa  47  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3252  hypothetical protein  23.57 
 
 		 174 aa  47  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1136  hypothetical protein  25.3 
 
 		 192 aa  46.6  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4462  hypothetical protein  25.62 
 
 		 152 aa  46.6  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4707  hypothetical protein  31.58 
 
 		 152 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1724  hypothetical protein  26.57 
 
 		 248 aa  45.4  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1725  hypothetical protein  26.57 
 
 		 248 aa  45.8  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1512  hypothetical protein  25.83 
 
 		 222 aa  45.1  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.656335 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0943  protein of unknown function DUF1568  32.65 
 
 		 163 aa  45.1  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.74816  normal  0.454082 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4421  hypothetical protein  29.82 
 
 		 152 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0837  hypothetical protein  25.77 
 
 		 206 aa  44.7  0.0007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3154  hypothetical protein  34.92 
 
 		 58 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0787684 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2426  hypothetical protein  23.64 
 
 		 249 aa  44.7  0.0008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.763748  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1068  hypothetical protein  25.33 
 
 		 179 aa  43.9  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0377724 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1272  hypothetical protein  26.21 
 
 		 196 aa  43.9  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2563  hypothetical protein  26.57 
 
 		 176 aa  43.9  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000213064  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1364  hypothetical protein  24.48 
 
 		 150 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0968684  normal  0.0104776 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1133  hypothetical protein  25.68 
 
 		 153 aa  43.9  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000547954  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1966  hypothetical protein  26.72 
 
 		 231 aa  43.5  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.74185  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3919  hypothetical protein  25.53 
 
 		 151 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0968412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2793  transposase-like p;rotein  25.83 
 
 		 165 aa  43.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4223  hypothetical protein  26.36 
 
 		 212 aa  43.1  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.228925 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1484  hypothetical protein  23.97 
 
 		 231 aa  43.5  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0459  protein of unknown function DUF1568  23.96 
 
 		 219 aa  43.5  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0472  protein of unknown function DUF1568  23.96 
 
 		 185 aa  43.5  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.527235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0508  hypothetical protein  26.27 
 
 		 197 aa  42.4  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3976  protein of unknown function DUF1568  22.68 
 
 		 151 aa  42  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.183049  normal  0.223747 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3277  protein of unknown function DUF1568  30.84 
 
 		 197 aa  42.4  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0487  transposase  24.56 
 
 		 222 aa  42  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1123  hypothetical protein  25.85 
 
 		 198 aa  42  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2932  hypothetical protein  23.77 
 
 		 234 aa  42  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.56667  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1685  hypothetical protein  22.46 
 
 		 149 aa  41.6  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.365398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2468  hypothetical protein  24.31 
 
 		 181 aa  42  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.321631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1450  hypothetical protein  22.81 
 
 		 203 aa  41.6  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5047  hypothetical protein  28.87 
 
 		 151 aa  41.6  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0419469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0284  hypothetical protein  27.18 
 
 		 187 aa  41.6  0.007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2451  hypothetical protein  24.4 
 
 		 201 aa  41.6  0.007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.875999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3712  hypothetical protein  30.22 
 
 		 177 aa  41.2  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013542 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0033  hypothetical protein  25.24 
 
 		 235 aa  41.2  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0489  hypothetical protein  25 
 
 		 310 aa  41.2  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448467 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0493  transposase  26.09 
 
 		 222 aa  40.8  0.01  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>