138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5176 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5176  hypothetical protein  100 
 
 		 184 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00299086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5083  hypothetical protein  97.67 
 
 		 151 aa  261  3e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.268045  normal  0.309651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5236  hypothetical protein  72.09 
 
 		 151 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3919  hypothetical protein  63.57 
 
 		 151 aa  181  6e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0968412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1364  hypothetical protein  63.57 
 
 		 150 aa  174  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0968684  normal  0.0104776 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0568  hypothetical protein  62.5 
 
 		 151 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0607  hypothetical protein  62.5 
 
 		 151 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4597  hypothetical protein  55.81 
 
 		 151 aa  154  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0971888 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0613  hypothetical protein  55.81 
 
 		 151 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.018198 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0262  hypothetical protein  49.62 
 
 		 152 aa  141  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4421  hypothetical protein  49.61 
 
 		 152 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4707  hypothetical protein  48.12 
 
 		 152 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1133  hypothetical protein  53.08 
 
 		 153 aa  135  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000547954  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5047  hypothetical protein  51.94 
 
 		 151 aa  135  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0419469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2777  hypothetical protein  50 
 
 		 149 aa  124  6e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.430133  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1574  hypothetical protein  49.61 
 
 		 150 aa  124  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.620864  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1489  hypothetical protein  40.97 
 
 		 153 aa  122  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3976  protein of unknown function DUF1568  46.34 
 
 		 151 aa  120  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.183049  normal  0.223747 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0788  hypothetical protein  41.22 
 
 		 150 aa  109  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0943  protein of unknown function DUF1568  42.31 
 
 		 163 aa  107  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.74816  normal  0.454082 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3465  hypothetical protein  42.19 
 
 		 150 aa  101  7e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1685  hypothetical protein  34.62 
 
 		 149 aa  94  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.365398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16060  hypothetical protein  41.86 
 
 		 86 aa  72.4  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00113675  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02923  hypothetical protein  35.38 
 
 		 169 aa  63.5  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1967  hypothetical protein  34.69 
 
 		 282 aa  55.1  0.0000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.969925  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3379  conserved hypothetical protein  33.33 
 
 		 165 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1423  protein of unknown function DUF1568  30.09 
 
 		 180 aa  54.3  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.7985800000000005e-18 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1386  protein of unknown function DUF1568  34.09 
 
 		 325 aa  53.9  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0255  hypothetical protein  32.18 
 
 		 288 aa  53.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0724188  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0844  hypothetical protein  32.2 
 
 		 340 aa  53.5  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0240  hypothetical protein  32.18 
 
 		 165 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4599  hypothetical protein  38.82 
 
 		 160 aa  53.5  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00223  hypothetical protein  32.18 
 
 		 165 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1084  transposase and inactivated derivatives  25 
 
 		 338 aa  52.8  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00227  hypothetical protein  32.18 
 
 		 165 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3392  hypothetical protein  32.18 
 
 		 165 aa  52.8  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1966  hypothetical protein  33.67 
 
 		 305 aa  52.4  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.527692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5411  protein of unknown function DUF1568  27.05 
 
 		 218 aa  52  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000187281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1975  hypothetical protein  38.27 
 
 		 163 aa  52  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121263 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2531  transposase  28.78 
 
 		 187 aa  51.6  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.719011  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1552  hypothetical protein  26.12 
 
 		 205 aa  51.2  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0339239 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1888  hypothetical protein  25.98 
 
 		 171 aa  51.6  0.000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.17258  hitchhiker  0.00842787 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2474  protein of unknown function DUF1568  33.02 
 
 		 224 aa  51.6  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000403207  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0731  hypothetical protein  33.68 
 
 		 176 aa  51.2  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4825  transposase and inactivated derivative  29 
 
 		 163 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1791  transposase and inactivated derivatives  31.91 
 
 		 323 aa  49.7  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0136  transposase  27.13 
 
 		 236 aa  49.7  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2218  hypothetical protein  29.89 
 
 		 327 aa  50.1  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00293328  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0595  hypothetical protein  27.73 
 
 		 258 aa  49.7  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.217159  hitchhiker  2.03187e-17 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0925  protein of unknown function DUF1568  33.33 
 
 		 336 aa  49.7  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0337  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.56 
 
 		 1345 aa  49.7  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.038664  normal  0.920027 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0311  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.77 
 
 		 1372 aa  50.4  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0352  hypothetical protein  28.06 
 
 		 187 aa  49.7  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.642542  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3286  protein of unknown function DUF1568  31.62 
 
 		 214 aa  49.3  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00118326  unclonable  0.0000000135739 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1032  protein of unknown function DUF1568  23.01 
 
 		 326 aa  48.5  0.00005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1552  protein of unknown function DUF1568  25.42 
 
 		 230 aa  48.5  0.00005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.268269 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1966  hypothetical protein  31.07 
 
 		 231 aa  48.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.74185  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0148  transposase  28.33 
 
 		 236 aa  48.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0526667  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1104  methionine-R-sulfoxide reductase  32.53 
 
 		 506 aa  47.8  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000471642  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2643  transposase domain-containing protein  23.73 
 
 		 335 aa  47.4  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2161  hypothetical protein  33.33 
 
 		 295 aa  47.8  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3405  hypothetical protein  31.58 
 
 		 179 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0242544  normal  0.205029 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4081  hypothetical protein  31.31 
 
 		 177 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0580442  normal  0.342905 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2207  protein of unknown function DUF1568  32.1 
 
 		 323 aa  47.4  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.45311e-16 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02732  hypothetical protein  33.33 
 
 		 91 aa  47.4  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.979452  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1423  protein of unknown function DUF1568  29.89 
 
 		 325 aa  47.4  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.892865 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1782  protein of unknown function DUF1568  27.5 
 
 		 325 aa  47.4  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0188832 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0954  hypothetical protein  32.94 
 
 		 326 aa  46.6  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.729066  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2264  transposase and inactivated derivatives  29.55 
 
 		 323 aa  47  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.88974  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3135  hypothetical protein  28.89 
 
 		 176 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.464073  normal  0.01424 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0300  hypothetical protein  25.66 
 
 		 193 aa  47  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.401229  normal  0.348803 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4226  hypothetical protein  29.47 
 
 		 177 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.853067  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1725  hypothetical protein  27.91 
 
 		 248 aa  45.8  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12790  transposase  34.09 
 
 		 241 aa  46.2  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1724  hypothetical protein  27.91 
 
 		 248 aa  45.4  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1717  hypothetical protein  33.04 
 
 		 295 aa  45.8  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.205722  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2192  hypothetical protein  29.41 
 
 		 253 aa  45.8  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.107555  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0845  hypothetical protein  32.26 
 
 		 334 aa  45.8  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4223  hypothetical protein  30.11 
 
 		 212 aa  45.4  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.228925 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1317  protein of unknown function DUF1568  27.21 
 
 		 179 aa  45.4  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.737296  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1484  hypothetical protein  29.89 
 
 		 295 aa  45.4  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1558  protein of unknown function DUF1568  24.58 
 
 		 230 aa  45.4  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.55731 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3871  protein of unknown function DUF1568  29.67 
 
 		 236 aa  45.1  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2265  transposase and inactivated derivatives  28.41 
 
 		 241 aa  45.1  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4538  protein of unknown function DUF1568  23.93 
 
 		 251 aa  45.1  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0855967  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1487  hypothetical protein  29.89 
 
 		 323 aa  45.1  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2793  transposase-like p;rotein  23.02 
 
 		 165 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0324  protein of unknown function DUF1568  28.41 
 
 		 252 aa  44.7  0.0007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.551772  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1092  hypothetical protein  25.49 
 
 		 223 aa  45.1  0.0007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.462205  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0284  hypothetical protein  24.83 
 
 		 187 aa  45.1  0.0007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2131  hypothetical protein  31.03 
 
 		 333 aa  44.7  0.0008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.132605  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0093  hypothetical protein  26.4 
 
 		 234 aa  44.7  0.0008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150021  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1556  protein of unknown function DUF1568  24.58 
 
 		 230 aa  44.7  0.0008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.444415 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1554  protein of unknown function DUF1568  24.58 
 
 		 230 aa  44.7  0.0008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.335003 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1748  hypothetical protein  26.83 
 
 		 312 aa  44.3  0.0009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.994794  normal  0.0128416 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0995  hypothetical protein  29.11 
 
 		 163 aa  43.9  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1024  hypothetical protein  29.11 
 
 		 163 aa  43.9  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0275616 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0477  hypothetical protein  26.97 
 
 		 232 aa  44.3  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4462  hypothetical protein  22.13 
 
 		 152 aa  43.9  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0793  hypothetical protein  23.08 
 
 		 314 aa  44.3  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>