More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3478 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2260  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  99.18 
 
 		 364 aa  733    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.599809  hitchhiker  0.00889462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1733  ABC transporter related  92.54 
 
 		 364 aa  679    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.657107 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1893  ABC transporter related  96.98 
 
 		 364 aa  720    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.663056 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3478  ABC transporter related  100 
 
 		 364 aa  739    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.665617  normal  0.0613026 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3635  ABC transporter-like  77.07 
 
 		 364 aa  584  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3740  ABC transporter, ATP-binding protein  78.18 
 
 		 364 aa  579  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0316158  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1737  ABC transporter  78.18 
 
 		 364 aa  579  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2042  ABC transporter related  77.9 
 
 		 373 aa  566  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.820426  normal  0.690755 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0380  ABC transporter related  68.91 
 
 		 362 aa  519  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.426662  normal  0.270823 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3174  ABC transporter for sugar (glycerol) ATP-binding protein  68.8 
 
 		 366 aa  497  1e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2094  ABC transporter related  63.2 
 
 		 362 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1440  ABC transporter related  52.23 
 
 		 367 aa  376  1e-103  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0312892  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3328  ABC transporter related  54.82 
 
 		 372 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.422123  normal  0.558302 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2981  ABC transporter related  54.95 
 
 		 372 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.710086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4216  ABC transporter related  52.51 
 
 		 359 aa  363  2e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.628741 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1974  ABC transporter related  53.71 
 
 		 362 aa  361  9e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4894  ABC transporter related  51.96 
 
 		 359 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.332035  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3046  putative sugar-phosphate ATP-binding ABC transporter protein  53.99 
 
 		 372 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.512316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4068  ABC transporter related  51.68 
 
 		 359 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1362  ABC transporter related  51.97 
 
 		 359 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3396  ABC transporter related  52.08 
 
 		 357 aa  352  5.9999999999999994e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.452942  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1592  ABC transporter related  50.7 
 
 		 360 aa  347  3e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2222  putative ATP-binding protein of sugar ABC transporter  51.8 
 
 		 361 aa  344  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.655318  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0384  ABC transporter related  51.69 
 
 		 357 aa  343  4e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0604  ABC transporter-related protein  49.17 
 
 		 359 aa  336  2.9999999999999997e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2322  ABC transporter related  51.24 
 
 		 359 aa  334  1e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.413523  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6729  ABC transporter related  49.86 
 
 		 368 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0375  ABC transporter related  50.28 
 
 		 364 aa  330  3e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.134706  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4392  ABC transporter related  52.74 
 
 		 359 aa  330  3e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11317 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2904  ABC transporter related  48.85 
 
 		 356 aa  330  3e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.528485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0478  ABC transporter related  49.33 
 
 		 360 aa  327  3e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0124436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5367  ABC transporter related  49.73 
 
 		 370 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.675809 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1025  ABC transporter related  50.28 
 
 		 387 aa  326  5e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3676  ABC transporter related  49.44 
 
 		 357 aa  325  6e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0222357  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6469  ABC transporter related  49.71 
 
 		 359 aa  325  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.190233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2669  ABC sugar (glycerol) transporter, ATPase subunit  50.14 
 
 		 362 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3977  ABC transporter related  48.56 
 
 		 360 aa  321  9.999999999999999e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5982  ABC transporter related  49.58 
 
 		 359 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.925238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1207  ABC transporter related  49.86 
 
 		 362 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.709441 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1326  ABC transporter related  49.86 
 
 		 362 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4104  ABC transporter related  47.46 
 
 		 362 aa  315  9.999999999999999e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.315387 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2234  ABC transporter-related protein  48.22 
 
 		 374 aa  312  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10976  normal  0.112405 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2209  ABC transporter related  48.75 
 
 		 373 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2417  ABC transporter related  46.63 
 
 		 358 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0208356  normal  0.753894 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0095  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar)  48.75 
 
 		 367 aa  306  3e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5936  ABC transporter related protein  47.23 
 
 		 380 aa  303  3.0000000000000004e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.116552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3128  sugar ABC transporter  48.78 
 
 		 353 aa  303  4.0000000000000003e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2100  ABC transporter related  40.4 
 
 		 376 aa  257  2e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.134118 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2660  ABC transporter related  35.67 
 
 		 346 aa  207  2e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0625705  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3307  ABC transporter related  35.67 
 
 		 346 aa  207  3e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0225  ABC transporter related  36.86 
 
 		 349 aa  204  1e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.676299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3000  ABC transporter related  34.71 
 
 		 356 aa  203  4e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0445  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  32.69 
 
 		 362 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.369014  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2134  ABC transporter related protein  34.74 
 
 		 368 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1537  ABC transporter related  35.83 
 
 		 355 aa  200  3e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0442847  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1495  ABC transporter related  36.22 
 
 		 367 aa  199  6e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.407646  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1543  ABC transporter related  36.22 
 
 		 367 aa  199  6e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4987  ABC transporter related  33.33 
 
 		 371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4764  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  33.43 
 
 		 356 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.257443 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1586  ABC transporter related  34.89 
 
 		 355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1348  ABC transporter related  38.28 
 
 		 367 aa  197  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.232796  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0163  ABC transporter related  33.98 
 
 		 369 aa  197  3e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0266  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  33.15 
 
 		 356 aa  197  3e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0202281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3647  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  33.15 
 
 		 356 aa  197  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03299  glycerol-3-phosphate transporter subunit  32.87 
 
 		 356 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.90322  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03252  hypothetical protein  32.87 
 
 		 356 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.913245  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6661  ABC transporter related  33.61 
 
 		 386 aa  196  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.956463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3928  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  33.43 
 
 		 356 aa  196  7e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0661  glycerol-3-phosphate ABC transporter, ATP-binding protein  35.56 
 
 		 368 aa  196  7e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4123  ABC transporter related  33.81 
 
 		 367 aa  196  7e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3729  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  33.14 
 
 		 356 aa  195  9e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3853  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  33.43 
 
 		 356 aa  194  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.609605 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3512  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  31.86 
 
 		 362 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0362101  normal  0.0791586 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2096  ABC transporter ATP-binding protein  35.26 
 
 		 373 aa  195  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.425612 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1897  multiple sugar-binding transport ATP-binding protein  32.11 
 
 		 367 aa  194  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.105891  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0128  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  33.33 
 
 		 357 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1632  multiple sugar-binding transport, ATP-binding protein  32.11 
 
 		 367 aa  194  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3873  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  32.87 
 
 		 356 aa  194  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5254  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar)  34.72 
 
 		 370 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0170  ABC transporter related protein  33.72 
 
 		 360 aa  194  2e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0655  ABC transporter related  34.88 
 
 		 350 aa  193  3e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.22105 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1547  ABC transporter related  38.71 
 
 		 353 aa  194  3e-48  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0265  ABC transporter related protein  32.58 
 
 		 356 aa  193  4e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1207  ABC transporter related  43.93 
 
 		 342 aa  193  4e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4505  ABC transporter  33.53 
 
 		 368 aa  193  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.615344 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0120  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  33.05 
 
 		 357 aa  193  5e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3943  ABC transporter related  41.7 
 
 		 403 aa  192  6e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.39994  normal  0.0172807 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2833  ABC transporter related  39.72 
 
 		 415 aa  192  6e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0886  maltose/maltodextrin ABC transporter, ATP-binding protein  33.06 
 
 		 381 aa  192  7e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0347101  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0237  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  33.14 
 
 		 357 aa  192  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.35763 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0885  ABC transporter related  34.63 
 
 		 357 aa  192  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.388134 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1702  ABC transporter related  35.87 
 
 		 359 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2717  ABC transporter-related protein  31.02 
 
 		 366 aa  191  1e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00458164  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4122  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  30.47 
 
 		 366 aa  191  1e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0138965  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3925  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  33.43 
 
 		 356 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1165  ABC transporter related  35.22 
 
 		 363 aa  192  1e-47  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.191612  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1117  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  30.75 
 
 		 366 aa  191  2e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000190219  normal  0.407597 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1716  ABC transporter related  31.92 
 
 		 365 aa  191  2e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4042  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  32.29 
 
 		 358 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2630  ABC transporter related  33.97 
 
 		 372 aa  191  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>