More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0095 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0095  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar)  100 
 
 
367 aa  740    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3977  ABC transporter related  71.19 
 
 
360 aa  522  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2904  ABC transporter related  71.47 
 
 
356 aa  519  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.528485  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6469  ABC transporter related  69.49 
 
 
359 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.190233  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5982  ABC transporter related  69.21 
 
 
359 aa  508  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.925238  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1592  ABC transporter related  66.2 
 
 
360 aa  481  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4392  ABC transporter related  61.65 
 
 
359 aa  416  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.11317 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2669  ABC sugar (glycerol) transporter, ATPase subunit  59.55 
 
 
362 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4104  ABC transporter related  56.5 
 
 
362 aa  405  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.315387 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1207  ABC transporter related  60.23 
 
 
362 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.709441 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1326  ABC transporter related  59.94 
 
 
362 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1974  ABC transporter related  59.49 
 
 
362 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2222  putative ATP-binding protein of sugar ABC transporter  57.67 
 
 
361 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.655318  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4216  ABC transporter related  57.18 
 
 
359 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.628741 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4894  ABC transporter related  56.78 
 
 
359 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.332035  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4068  ABC transporter related  55.93 
 
 
359 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1362  ABC transporter related  56.34 
 
 
359 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21924  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2417  ABC transporter related  49.72 
 
 
358 aa  342  5e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0208356  normal  0.753894 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0380  ABC transporter related  49.01 
 
 
362 aa  338  9e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.426662  normal  0.270823 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2094  ABC transporter related  49.72 
 
 
362 aa  335  5.999999999999999e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3328  ABC transporter related  49.44 
 
 
372 aa  323  3e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.422123  normal  0.558302 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2981  ABC transporter related  49.44 
 
 
372 aa  323  4e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.710086 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3128  sugar ABC transporter  46.48 
 
 
353 aa  317  2e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5367  ABC transporter related  48.75 
 
 
370 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.675809 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2234  ABC transporter-related protein  46.57 
 
 
374 aa  310  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10976  normal  0.112405 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2260  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  49.03 
 
 
364 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.599809  hitchhiker  0.00889462 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1025  ABC transporter related  50.42 
 
 
387 aa  308  1.0000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1733  ABC transporter related  47.73 
 
 
364 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.657107 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3478  ABC transporter related  48.75 
 
 
364 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.665617  normal  0.0613026 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1440  ABC transporter related  45.04 
 
 
367 aa  306  4.0000000000000004e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0312892  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0384  ABC transporter related  48.43 
 
 
357 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3396  ABC transporter related  46.88 
 
 
357 aa  305  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.452942  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2322  ABC transporter related  49.02 
 
 
359 aa  304  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.413523  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1893  ABC transporter related  48.61 
 
 
364 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.663056 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3046  putative sugar-phosphate ATP-binding ABC transporter protein  46.49 
 
 
372 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.512316 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6729  ABC transporter related  47.77 
 
 
368 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2209  ABC transporter related  46.76 
 
 
373 aa  301  8.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0375  ABC transporter related  49.57 
 
 
364 aa  300  2e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.134706  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0604  ABC transporter-related protein  47.14 
 
 
359 aa  298  1e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3740  ABC transporter, ATP-binding protein  47.58 
 
 
364 aa  297  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0316158  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3635  ABC transporter-like  45.33 
 
 
364 aa  295  6e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2042  ABC transporter related  45.89 
 
 
373 aa  295  8e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.820426  normal  0.690755 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1737  ABC transporter  47.58 
 
 
364 aa  295  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5936  ABC transporter related protein  47.21 
 
 
380 aa  294  2e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.116552  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3174  ABC transporter for sugar (glycerol) ATP-binding protein  45.71 
 
 
366 aa  289  5.0000000000000004e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0478  ABC transporter related  46.91 
 
 
360 aa  287  2e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0124436  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3676  ABC transporter related  43.91 
 
 
357 aa  278  1e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0222357  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2100  ABC transporter related  38.29 
 
 
376 aa  246  6e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.134118 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1702  ABC transporter related  37.22 
 
 
359 aa  228  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1888  ABC transporter related  37.22 
 
 
359 aa  225  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.2512 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2660  ABC transporter related  39.22 
 
 
346 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0625705  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3307  ABC transporter related  39.22 
 
 
346 aa  212  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3818  ABC transporter related  38.98 
 
 
370 aa  210  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1878  ABC transporter related  35.33 
 
 
371 aa  210  3e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229415  normal  0.103205 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0128  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  35.23 
 
 
357 aa  209  5e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0759  ABC transporter:TOBE  34.89 
 
 
380 aa  209  5e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00374684  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0170  ABC transporter related protein  37.54 
 
 
360 aa  209  5e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1942  ABC transporter ATP-binding protein  35.23 
 
 
386 aa  209  7e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1116  ABC transporter:TOBE  33.98 
 
 
389 aa  209  8e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110421  normal  0.561117 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1143  ABC transporter related  35.14 
 
 
376 aa  208  1e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.402141  normal  0.405756 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4747  ABC transporter related  33.89 
 
 
356 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.155462 
 
 
-
 
NC_004310  BR0238  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  33.98 
 
 
363 aa  206  4e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2355  ABC transporter related  35.31 
 
 
333 aa  206  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297181  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0886  maltose/maltodextrin ABC transporter, ATP-binding protein  34.69 
 
 
381 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0347101  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0603  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, ATP-binding protein  34.18 
 
 
365 aa  206  6e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1177  ABC transporter related  45.42 
 
 
356 aa  206  6e-52  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.675733  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5593  ABC transporter related  36.59 
 
 
352 aa  205  8e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.794534 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0621  ABC transporter related  32.31 
 
 
370 aa  205  1e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0838339  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3780  ABC transporter related  38.1 
 
 
332 aa  204  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.567955  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3776  ABC transporter related  34.82 
 
 
360 aa  205  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.429106  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0312  ABC transporter related  34.26 
 
 
363 aa  205  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.982046  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2845  ABC transporter related  37.57 
 
 
379 aa  204  2e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.649643  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2630  ABC transporter related  33.15 
 
 
372 aa  204  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0120  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  34.66 
 
 
357 aa  204  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0894  ABC transporter related  34.44 
 
 
370 aa  204  2e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0697  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, ATP-binding protein  35.91 
 
 
365 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2119  ABC transporter related  34.56 
 
 
355 aa  204  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.445034 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1529  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  31.27 
 
 
360 aa  204  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0480  ABC transporter related  35.91 
 
 
365 aa  204  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4736  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, ATP-binding protein  34.18 
 
 
365 aa  204  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.925673  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5254  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar)  36.07 
 
 
370 aa  204  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0622  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, ATP-binding protein  34.18 
 
 
365 aa  204  3e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4268  ABC transporter-related protein  37.29 
 
 
360 aa  204  3e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1852  ABC transporter related protein  34.5 
 
 
395 aa  203  4e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0365  ABC transporter related protein  35.29 
 
 
374 aa  203  4e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.343115  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0364  ABC transporter related  35.38 
 
 
365 aa  203  4e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.915388 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1804  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  31.27 
 
 
360 aa  203  4e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.438286  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23010  putative ATP-binding component of ABC transporter  35.04 
 
 
386 aa  203  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0424351 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7210  ABC transporter related  34.18 
 
 
360 aa  203  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0010  ABC transporter related protein  34.13 
 
 
395 aa  202  6e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1059  ABC transporter related  33.33 
 
 
402 aa  202  6e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.649165  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1165  ABC transporter related  34.07 
 
 
363 aa  202  6e-51  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.191612  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1295  glucose ABC transporter, ATP-binding protein  32.87 
 
 
386 aa  202  7e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1537  ABC transporter related  34.43 
 
 
355 aa  202  7e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0442847  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1424  ABC transporter related protein  34.01 
 
 
370 aa  202  8e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4055  ABC transporter related  33.98 
 
 
354 aa  202  9e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3773  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  32.12 
 
 
366 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0367372  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2637  ABC transporter-like  34.17 
 
 
372 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01306  hypothetical protein  30.99 
 
 
360 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.157147  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1963  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  31.27 
 
 
360 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.70286 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>