More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0128 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0120  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  98.32 
 
 
357 aa  724    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0128  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
357 aa  735    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4042  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  82.91 
 
 
358 aa  630  1e-180  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3858  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  82.35 
 
 
358 aa  627  1e-179  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0237  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  78.99 
 
 
357 aa  584  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.35763 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3652  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  78.99 
 
 
357 aa  582  1.0000000000000001e-165  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3959  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  79.27 
 
 
357 aa  583  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0994665  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0259  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  79.27 
 
 
357 aa  583  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3729  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  73.31 
 
 
356 aa  548  1e-155  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4764  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  73.31 
 
 
356 aa  546  1e-154  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.257443 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3928  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  72.75 
 
 
356 aa  544  1e-154  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03299  glycerol-3-phosphate transporter subunit  72.47 
 
 
356 aa  542  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.90322  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03252  hypothetical protein  72.47 
 
 
356 aa  542  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.913245  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0266  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  72.75 
 
 
356 aa  543  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0202281  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3647  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  72.75 
 
 
356 aa  543  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0265  ABC transporter related protein  72.19 
 
 
356 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3866  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  73.31 
 
 
356 aa  539  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3756  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  73.31 
 
 
356 aa  538  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3873  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  72.47 
 
 
356 aa  540  9.999999999999999e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3823  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  73.31 
 
 
356 aa  539  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3925  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  73.31 
 
 
356 aa  540  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3745  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  72.75 
 
 
356 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.387597  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3853  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  72.75 
 
 
356 aa  537  1e-151  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.609605 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0445  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  65.56 
 
 
362 aa  474  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.369014  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3512  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  66.2 
 
 
362 aa  473  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0362101  normal  0.0791586 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2712  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  64.19 
 
 
363 aa  456  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12421  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0301  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  63.93 
 
 
361 aa  457  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3495  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  63.43 
 
 
361 aa  451  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3018  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  63.84 
 
 
360 aa  449  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.908239  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2709  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  63.61 
 
 
361 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.432562  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0326  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  63.09 
 
 
361 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.808152 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0317  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  62.81 
 
 
361 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0398  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  63.61 
 
 
361 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0377  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  63.16 
 
 
361 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3722  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  63.79 
 
 
360 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3752  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  63.79 
 
 
360 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2741  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  63.51 
 
 
360 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3212  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  63.51 
 
 
360 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.504672  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1763  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  63.51 
 
 
360 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3694  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  63.51 
 
 
360 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2791  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  63.51 
 
 
360 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2049  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  56.95 
 
 
369 aa  404  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2052  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  58.38 
 
 
367 aa  404  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117618  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0607  ABC transporter related  55.4 
 
 
355 aa  403  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000630486 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4019  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  57.42 
 
 
349 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3282  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  57.98 
 
 
349 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.434692  normal  0.636051 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1267  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  56.47 
 
 
365 aa  385  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3287  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  56.86 
 
 
349 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.241244  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1095  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  56.33 
 
 
365 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.107412  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1188  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  56.33 
 
 
365 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.27267  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1284  ABC transporter related  56.71 
 
 
345 aa  382  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06399  hypothetical protein  55.28 
 
 
385 aa  379  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3000  ABC transporter related  55.25 
 
 
356 aa  380  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1262  ABC transporter related  54.49 
 
 
357 aa  376  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0621  ABC transporter related  51.23 
 
 
370 aa  376  1e-103  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0838339  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2119  ABC transporter related  53.76 
 
 
355 aa  375  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.445034 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0662  ABC transporter related  53.35 
 
 
366 aa  374  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0854  ABC transporter related  55.96 
 
 
340 aa  372  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.627153 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0852  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  54.4 
 
 
351 aa  371  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.520251  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2340  ABC transporter  49.19 
 
 
369 aa  373  1e-102  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4187  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  56.27 
 
 
353 aa  373  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.205875  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1897  multiple sugar-binding transport ATP-binding protein  49.59 
 
 
367 aa  369  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.105891  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0283  ABC transporter related  51.82 
 
 
353 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.157903  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1632  multiple sugar-binding transport, ATP-binding protein  49.59 
 
 
367 aa  369  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2437  ABC transporter:TOBE  52.79 
 
 
368 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.274742  hitchhiker  0.00997212 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2099  sn-glycerol-3-phosphate import ATP-binding protein UgpC  49.86 
 
 
367 aa  370  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0157125  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2549  ABC transporter related  51.78 
 
 
366 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.071435  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4055  ABC transporter related  51.68 
 
 
354 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2907  ABC transporter related  52.05 
 
 
366 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.147416  normal  0.101064 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2654  putative maltose/maltodextrin ABC transporter, ATP-binding protein  49.46 
 
 
369 aa  371  1e-101  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5504  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  53.22 
 
 
381 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2096  ABC transporter ATP-binding protein  51.51 
 
 
373 aa  370  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.425612 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01295  putative sugar transport protein  50.28 
 
 
360 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.215586  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01306  hypothetical protein  50.28 
 
 
360 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.157147  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2307  ABC transporter related  50.28 
 
 
360 aa  365  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.384254  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0365  ABC transporter related protein  53.95 
 
 
374 aa  367  1e-100  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.343115  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0955  ABC transporter related  51.52 
 
 
365 aa  366  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.370442  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0408  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  51.06 
 
 
366 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0422  ABC sugar transporter, ATPase subunit  52.2 
 
 
360 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1529  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  50.56 
 
 
360 aa  366  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0788  ABC transporter related  55.12 
 
 
335 aa  366  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3523  ABC transporter related  52.38 
 
 
363 aa  367  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3653  ABC transporter-related protein  55.49 
 
 
338 aa  366  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0855337  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0859  ABC transporter related  55.12 
 
 
335 aa  365  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.928128 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1240  ABC transporter related  53.74 
 
 
360 aa  365  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4327  ABC transporter related  52.66 
 
 
355 aa  365  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0513882 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1963  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  50.56 
 
 
360 aa  367  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.70286 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1804  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  50.56 
 
 
360 aa  367  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.438286  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2139  ABC transporter related  49.86 
 
 
384 aa  364  1e-99  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.724946  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0359  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sn-Glycerol-3-phosphate)  53.85 
 
 
368 aa  364  1e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7210  ABC transporter related  52.47 
 
 
360 aa  364  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1424  ABC transporter related protein  49.86 
 
 
370 aa  364  1e-99  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4521  ABC transporter related  51.84 
 
 
352 aa  364  1e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3677  ABC sugar transporter, ATPase subunit  52.91 
 
 
359 aa  363  2e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3647  ABC transporter related  51.68 
 
 
355 aa  364  2e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.265226 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1117  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  49.59 
 
 
366 aa  363  2e-99  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000190219  normal  0.407597 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1803  ABC transporter related  51.1 
 
 
370 aa  363  2e-99  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000191731  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0163  ABC transporter related  49.86 
 
 
369 aa  363  3e-99  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3961  ABC transporter related  51.68 
 
 
354 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.565548  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4137  ABC transporter related  53.46 
 
 
335 aa  363  3e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>