More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3128 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3128  sugar ABC transporter  100 
 
 		 353 aa  726    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2417  ABC transporter related  73.03 
 
 		 358 aa  530  1e-149  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0208356  normal  0.753894 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3977  ABC transporter related  51.14 
 
 		 360 aa  355  8.999999999999999e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1592  ABC transporter related  49.29 
 
 		 360 aa  348  7e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4104  ABC transporter related  50.86 
 
 		 362 aa  348  8e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.315387 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1326  ABC transporter related  52.03 
 
 		 362 aa  347  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1974  ABC transporter related  50.86 
 
 		 362 aa  346  4e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2669  ABC sugar (glycerol) transporter, ATPase subunit  51.74 
 
 		 362 aa  345  6e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4392  ABC transporter related  51.88 
 
 		 359 aa  343  4e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11317 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6469  ABC transporter related  48.58 
 
 		 359 aa  341  9e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.190233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4068  ABC transporter related  47.73 
 
 		 359 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5982  ABC transporter related  47.73 
 
 		 359 aa  334  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.925238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1207  ABC transporter related  50.87 
 
 		 362 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.709441 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4894  ABC transporter related  46.88 
 
 		 359 aa  332  6e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.332035  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2904  ABC transporter related  47.73 
 
 		 356 aa  330  2e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.528485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4216  ABC transporter related  48.3 
 
 		 359 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.628741 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1362  ABC transporter related  47.44 
 
 		 359 aa  327  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2222  putative ATP-binding protein of sugar ABC transporter  48.45 
 
 		 361 aa  325  6e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.655318  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1440  ABC transporter related  46.74 
 
 		 367 aa  318  1e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0312892  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0095  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar)  46.48 
 
 		 367 aa  317  2e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3740  ABC transporter, ATP-binding protein  46.84 
 
 		 364 aa  305  7e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0316158  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2042  ABC transporter related  45.89 
 
 		 373 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.820426  normal  0.690755 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1737  ABC transporter  46.84 
 
 		 364 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1893  ABC transporter related  48.78 
 
 		 364 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.663056 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3478  ABC transporter related  48.78 
 
 		 364 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.665617  normal  0.0613026 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1733  ABC transporter related  46.72 
 
 		 364 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.657107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2260  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  48.78 
 
 		 364 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.599809  hitchhiker  0.00889462 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3635  ABC transporter-like  45.61 
 
 		 364 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3328  ABC transporter related  45.83 
 
 		 372 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.422123  normal  0.558302 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2981  ABC transporter related  46.81 
 
 		 372 aa  300  2e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.710086 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0380  ABC transporter related  44.73 
 
 		 362 aa  300  2e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.426662  normal  0.270823 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0384  ABC transporter related  45.71 
 
 		 357 aa  295  8e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2322  ABC transporter related  45.48 
 
 		 359 aa  292  8e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.413523  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3046  putative sugar-phosphate ATP-binding ABC transporter protein  44.72 
 
 		 372 aa  288  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.512316 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5367  ABC transporter related  45.28 
 
 		 370 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.675809 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2094  ABC transporter related  42.86 
 
 		 362 aa  285  9e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6729  ABC transporter related  45.28 
 
 		 368 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3174  ABC transporter for sugar (glycerol) ATP-binding protein  45.61 
 
 		 366 aa  281  8.000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3396  ABC transporter related  42.69 
 
 		 357 aa  276  4e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.452942  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0375  ABC transporter related  44.29 
 
 		 364 aa  275  8e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.134706  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0604  ABC transporter-related protein  44.19 
 
 		 359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1025  ABC transporter related  43.35 
 
 		 387 aa  273  3e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2234  ABC transporter-related protein  42.7 
 
 		 374 aa  271  9e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10976  normal  0.112405 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3676  ABC transporter related  42.53 
 
 		 357 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0222357  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2209  ABC transporter related  43.34 
 
 		 373 aa  267  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0478  ABC transporter related  42.66 
 
 		 360 aa  261  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0124436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5936  ABC transporter related protein  44.57 
 
 		 380 aa  251  2e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.116552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2100  ABC transporter related  38.86 
 
 		 376 aa  249  5e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.134118 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1537  ABC transporter related  35.11 
 
 		 355 aa  222  9.999999999999999e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0442847  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3000  ABC transporter related  39.02 
 
 		 356 aa  219  7.999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1586  ABC transporter related  34.55 
 
 		 355 aa  218  1e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1547  ABC transporter related  38.75 
 
 		 353 aa  216  4e-55  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1358  ABC transporter related  37.93 
 
 		 365 aa  214  9.999999999999999e-55  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2583  ABC transporter related  35.33 
 
 		 353 aa  213  2.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0115601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1888  ABC transporter related  34.44 
 
 		 359 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.2512 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1702  ABC transporter related  34.73 
 
 		 359 aa  209  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0844  ABC transporter related protein  33.62 
 
 		 362 aa  209  7e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4178  ABC transporter related  36.83 
 
 		 332 aa  207  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0491577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3943  ABC transporter related  45.15 
 
 		 403 aa  206  4e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.39994  normal  0.0172807 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0630  ABC transporter related  33.33 
 
 		 362 aa  206  5e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0164  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  38.05 
 
 		 379 aa  206  7e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1655  ABC transporter related  37.58 
 
 		 361 aa  204  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3652  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  35.67 
 
 		 357 aa  205  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3858  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  37.22 
 
 		 358 aa  204  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1688  ABC transporter related  34.51 
 
 		 357 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.350685  normal  0.966803 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4042  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  38.42 
 
 		 358 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2460  ABC transporter related  33.71 
 
 		 336 aa  204  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.596122 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4987  ABC transporter related  34.07 
 
 		 371 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1869  ABC transporter related  34.59 
 
 		 357 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.443333 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0259  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  35.39 
 
 		 357 aa  202  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3959  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  35.39 
 
 		 357 aa  202  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0994665  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5438  ABC transporter related  36.9 
 
 		 365 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.542838  normal  0.134942 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0885  ABC transporter related  34.38 
 
 		 357 aa  202  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.388134 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2049  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  34.15 
 
 		 369 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3556  ABC transporter related  34.72 
 
 		 370 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0802709  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5438  ABC transporter related protein  35.33 
 
 		 369 aa  202  9.999999999999999e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0661  glycerol-3-phosphate ABC transporter, ATP-binding protein  35.22 
 
 		 368 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4976  ABC transporter related  34.16 
 
 		 365 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0894214 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0237  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  34.76 
 
 		 357 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.35763 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2267  ABC transporter related  37.46 
 
 		 393 aa  200  3e-50  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2765  ABC transporter related  33.8 
 
 		 373 aa  200  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5741  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  32.49 
 
 		 365 aa  200  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0128  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  33.52 
 
 		 357 aa  199  5e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5585  ABC transporter galacturonide binding/ATPase protein  32.49 
 
 		 364 aa  199  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00523647  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0430  ABC transporter related protein  31.75 
 
 		 359 aa  199  5e-50  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0120  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  33.52 
 
 		 357 aa  199  6e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4764  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  35.01 
 
 		 356 aa  199  9e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.257443 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3853  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  35.57 
 
 		 356 aa  198  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.609605 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1240  ABC transporter related  34.94 
 
 		 360 aa  198  1.0000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3647  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  34.83 
 
 		 356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3928  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  34.83 
 
 		 356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0266  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  34.83 
 
 		 356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0202281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1098  ABC transporter related  35.14 
 
 		 352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1348  ABC transporter related  36.83 
 
 		 367 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.232796  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2311  ABC transporter related  33.43 
 
 		 361 aa  197  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.223454  normal  0.474249 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1111  ABC transporter related  33.05 
 
 		 345 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2861  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.37 
 
 		 366 aa  197  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.527786  normal  0.0270955 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03299  glycerol-3-phosphate transporter subunit  34.55 
 
 		 356 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.90322  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0365  ABC transporter related protein  39.13 
 
 		 374 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.343115  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3753  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  34.68 
 
 		 351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>