More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3356 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3356  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  100 
 
 
324 aa  657    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.417961  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1134  putative phosphomethylpyrimidine kinase  85.49 
 
 
335 aa  542  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.260377 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3023  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  62.88 
 
 
320 aa  403  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.362688  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3580  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  67.15 
 
 
314 aa  389  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0582883 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2903  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  67.15 
 
 
314 aa  387  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.348209  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4628  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  71.64 
 
 
321 aa  382  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.554613  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1570  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  63.61 
 
 
318 aa  377  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.320851 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0899  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  66.42 
 
 
318 aa  363  2e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.711167 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3192  hydroxymethylpyrimidine kinase  57.78 
 
 
319 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.394999  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3973  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  52.36 
 
 
310 aa  294  2e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00627703 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2662  phosphomethylpyrimidine kinase  41.9 
 
 
281 aa  189  4e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.993196 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2627  phosphomethylpyrimidine kinase  39.49 
 
 
279 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3900  phosphomethylpyrimidine kinase  35.93 
 
 
291 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2555  phosphomethylpyrimidine kinase  39.25 
 
 
280 aa  160  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3814  putative hydroxymethylpyrimidine kinase  37.04 
 
 
286 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00579021  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0865  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  37.78 
 
 
286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00118659  normal  0.187037 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1862  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  37.23 
 
 
282 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.349475  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2000  phosphomethylpyrimidine kinase ThiD, putative  37.23 
 
 
282 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3174  hydroxymethylpyrimidine kinase  37.23 
 
 
282 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.262803  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0913  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  37.23 
 
 
282 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1459  phosphomethylpyrimidine kinase ThiD, putative  37.23 
 
 
282 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2743  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  37.23 
 
 
282 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.531156  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3116  putative phosphomethylpyrimidine kinase  37.23 
 
 
282 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3152  putative phosphomethylpyrimidine kinase  37.23 
 
 
282 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0984165  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0751  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  36.86 
 
 
288 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.490476  normal  0.122622 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0734  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  36.86 
 
 
288 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.024549  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0832  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  36.76 
 
 
288 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00416098  hitchhiker  0.0000421628 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0379  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  37.23 
 
 
288 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.204738  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0861  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  37.23 
 
 
288 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2527  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  37 
 
 
323 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0489617 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3959  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase-like  36.5 
 
 
288 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.112165 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2331  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  36.93 
 
 
286 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.940899  normal  0.0456553 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2419  Phosphomethylpyrimidine kinase  36.19 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.795296  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3686  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  34.8 
 
 
294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.532202  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0829  putative phosphomethylpyrimidine kinase  30.28 
 
 
283 aa  109  8.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3772  phosphomethylpyrimidine kinase  31.54 
 
 
265 aa  102  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0714273 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12410  phosphomethylpyrimidine kinase  31.27 
 
 
265 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0629  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  29.62 
 
 
290 aa  101  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.246036  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4782  phosphomethylpyrimidine kinase  30.45 
 
 
265 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291324  normal  0.0384059 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4658  phosphomethylpyrimidine kinase  30.45 
 
 
265 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46443  normal  0.665926 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0638  phosphomethylpyrimidine kinase  30.08 
 
 
274 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1133  phosphomethylpyrimidine kinase  30.12 
 
 
271 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1513  Phosphomethylpyrimidine kinase  44.44 
 
 
285 aa  98.6  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0466134  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4836  phosphomethylpyrimidine kinase  30.08 
 
 
265 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4340  phosphomethylpyrimidine kinase  28.57 
 
 
265 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.994514  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4798  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  29.7 
 
 
265 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.452059  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09280  phosphomethylpyrimidine kinase  30.62 
 
 
271 aa  95.1  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.52325  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0393  phosphomethylpyrimidine kinase  28.31 
 
 
262 aa  94  3e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.845054  normal  0.232819 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4945  phosphomethylpyrimidine kinase  29.32 
 
 
265 aa  94  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.505455  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1176  phosphomethylpyrimidine kinase  30 
 
 
267 aa  91.7  2e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.82174  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3305  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  27.84 
 
 
277 aa  84.3  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0104296  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2903  Phosphomethylpyrimidine kinase  27.84 
 
 
277 aa  84.3  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0084405  hitchhiker  0.000491864 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34590  phosphomethylpyrimidine kinase  28.62 
 
 
268 aa  81.6  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0179  putative phosphomethylpyrimidine kinase  26.84 
 
 
264 aa  80.1  0.00000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00139306  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0167  phosphomethylpyrimidine kinase  28.94 
 
 
264 aa  79.7  0.00000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00133155  hitchhiker  0.000172032 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0688  phosphomethylpyrimidine kinase  29.92 
 
 
253 aa  78.2  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0014  phosphomethylpyrimidine kinase  25.39 
 
 
260 aa  76.6  0.0000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3302  phosphomethylpyrimidine kinase  29.81 
 
 
276 aa  76.3  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.452951  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10762  thiamin biosynthesis protein (Thi-4), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G10740)  26.49 
 
 
510 aa  75.9  0.0000000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.116224  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1709  phosphomethylpyrimidine kinase  28.03 
 
 
271 aa  75.5  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0828  phosphomethylpyrimidine kinase  28.63 
 
 
264 aa  75.5  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.192548  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1545  phosphomethylpyrimidine kinase  24.81 
 
 
264 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.104036  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0192  phosphomethylpyrimidine kinase  22.62 
 
 
269 aa  73.9  0.000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1338  phosphomethylpyrimidine kinase  24.81 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00019728  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3401  phosphomethylpyrimidine kinase  30.08 
 
 
270 aa  73.6  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0554  phosphomethylpyrimidine kinase  27.72 
 
 
282 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.1848  normal  0.185443 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0364  phosphomethylpyrimidine kinase  26.51 
 
 
437 aa  71.2  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.422328  normal  0.381325 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0564  phosphomethylpyrimidine kinase  27.72 
 
 
282 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.537215  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1183  phosphomethylpyrimidine kinase  29.33 
 
 
518 aa  71.6  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00808749  hitchhiker  0.00513051 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0576  phosphomethylpyrimidine kinase  27.72 
 
 
282 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.409483  decreased coverage  0.00355637 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1305  phosphomethylpyrimidine kinase  25.9 
 
 
323 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.279698  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0639  phosphomethylpyrimidine kinase  24.64 
 
 
290 aa  70.9  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.784703  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4453  phosphomethylpyrimidine kinase  27.57 
 
 
270 aa  69.3  0.00000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  0.352817 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0914  phosphomethylpyrimidine kinase  22.75 
 
 
269 aa  69.3  0.00000000009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0071  phosphomethylpyrimidine kinase  24.54 
 
 
267 aa  68.9  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0366  phosphomethylpyrimidine kinase  28.63 
 
 
266 aa  68.6  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.437548 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1153  phosphomethylpyrimidine kinase  24.43 
 
 
272 aa  68.2  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0935315  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2522  phosphomethylpyrimidine kinase  26.42 
 
 
262 aa  68.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8003  phosphomethylpyrimidine kinase  27.2 
 
 
272 aa  68.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.36597 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1265  phosphomethylpyrimidine kinase  27.69 
 
 
267 aa  67.4  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8032  phosphomethylpyrimidine kinase  28.29 
 
 
290 aa  67.4  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3133  phosphomethylpyrimidine kinase  26.89 
 
 
277 aa  67.8  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1225  phosphomethylpyrimidine kinase  25.95 
 
 
270 aa  67  0.0000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3739  phosphomethylpyrimidine kinase  27.08 
 
 
280 aa  67  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2046  phosphomethylpyrimidine kinase  28.8 
 
 
266 aa  65.9  0.0000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0372  phosphomethylpyrimidine kinase  25 
 
 
285 aa  65.9  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.591258  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2484  phosphomethylpyrimidine kinase  24.67 
 
 
275 aa  65.9  0.0000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0361  phosphomethylpyrimidine kinase  23.79 
 
 
262 aa  65.5  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000143367  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0200  phosphomethylpyrimidine kinase  23.65 
 
 
444 aa  64.7  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.619111  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3441  phosphomethylpyrimidine kinase  26.54 
 
 
268 aa  65.1  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.907993  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10848  probable phosphomethylpyrimidine kinase (ThiD)  23.55 
 
 
269 aa  64.7  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0191434  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0641  phosphomethylpyrimidine kinase  25.19 
 
 
270 aa  64.7  0.000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.328033  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1100  phosphomethylpyrimidine kinase  25.19 
 
 
270 aa  64.7  0.000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0361  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  24.34 
 
 
500 aa  64.3  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1004  phosphomethylpyrimidine kinase  26.92 
 
 
275 aa  63.9  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0300  Phosphomethylpyrimidine kinase  22.57 
 
 
259 aa  63.5  0.000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000969067  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0441  phosphomethylpyrimidine kinase  25.51 
 
 
252 aa  63.2  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2710  phosphomethylpyrimidine kinase  26.46 
 
 
266 aa  63.2  0.000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.227545  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2095  phosphomethylpyrimidine kinase  27.97 
 
 
285 aa  62.8  0.000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.376648  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1155  phosphomethylpyrimidine kinase  27.45 
 
 
272 aa  62.8  0.000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.172529  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>