More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3973 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3973  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  100 
 
 
310 aa  621  1e-177  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00627703 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3192  hydroxymethylpyrimidine kinase  70.38 
 
 
319 aa  388  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.394999  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2903  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  52.63 
 
 
314 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.348209  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3023  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  53.21 
 
 
320 aa  304  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.362688  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1570  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  54.27 
 
 
318 aa  302  6.000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.320851 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3580  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  52.5 
 
 
314 aa  301  9e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0582883 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1134  putative phosphomethylpyrimidine kinase  52.68 
 
 
335 aa  300  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.260377 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0899  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  56.04 
 
 
318 aa  295  8e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.711167 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4628  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  54.26 
 
 
321 aa  290  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.554613  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3356  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  52.36 
 
 
324 aa  290  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.417961  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3814  putative hydroxymethylpyrimidine kinase  39.63 
 
 
286 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00579021  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2627  phosphomethylpyrimidine kinase  36.36 
 
 
279 aa  171  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3900  phosphomethylpyrimidine kinase  36.43 
 
 
291 aa  166  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2555  phosphomethylpyrimidine kinase  39.7 
 
 
280 aa  166  4e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0865  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  39.63 
 
 
286 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00118659  normal  0.187037 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3116  putative phosphomethylpyrimidine kinase  40.74 
 
 
282 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2000  phosphomethylpyrimidine kinase ThiD, putative  40.74 
 
 
282 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3174  hydroxymethylpyrimidine kinase  40.74 
 
 
282 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.262803  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0913  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  40.74 
 
 
282 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1459  phosphomethylpyrimidine kinase ThiD, putative  40.74 
 
 
282 aa  159  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2743  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  40.74 
 
 
282 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.531156  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3152  putative phosphomethylpyrimidine kinase  40.74 
 
 
282 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0984165  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1862  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  40.74 
 
 
282 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.349475  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0379  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  39.78 
 
 
288 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.204738  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0861  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  39.78 
 
 
288 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0832  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  39.78 
 
 
288 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00416098  hitchhiker  0.0000421628 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0751  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  39.78 
 
 
288 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.490476  normal  0.122622 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0734  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  39.78 
 
 
288 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.024549  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2331  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  40.37 
 
 
286 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.940899  normal  0.0456553 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3959  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase-like  39.05 
 
 
288 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.112165 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2662  phosphomethylpyrimidine kinase  33.58 
 
 
281 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.993196 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2419  Phosphomethylpyrimidine kinase  36.84 
 
 
269 aa  153  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.795296  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2527  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  39.7 
 
 
323 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0489617 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3686  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  36.01 
 
 
294 aa  138  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.532202  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0829  putative phosphomethylpyrimidine kinase  27.84 
 
 
283 aa  119  7.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12410  phosphomethylpyrimidine kinase  30.91 
 
 
265 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1133  phosphomethylpyrimidine kinase  29.89 
 
 
271 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1513  Phosphomethylpyrimidine kinase  30.29 
 
 
285 aa  109  5e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0466134  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09280  phosphomethylpyrimidine kinase  30.25 
 
 
271 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.52325  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4340  phosphomethylpyrimidine kinase  30.62 
 
 
265 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.994514  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4658  phosphomethylpyrimidine kinase  30.62 
 
 
265 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46443  normal  0.665926 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4782  phosphomethylpyrimidine kinase  30.62 
 
 
265 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291324  normal  0.0384059 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0638  phosphomethylpyrimidine kinase  29.84 
 
 
274 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4798  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  30.35 
 
 
265 aa  102  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.452059  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4836  phosphomethylpyrimidine kinase  30.23 
 
 
265 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0629  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  30.12 
 
 
290 aa  99.8  5e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.246036  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3772  phosphomethylpyrimidine kinase  28.95 
 
 
265 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0714273 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4945  phosphomethylpyrimidine kinase  29.46 
 
 
265 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.505455  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3305  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  28.28 
 
 
277 aa  94  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0104296  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2903  Phosphomethylpyrimidine kinase  28.28 
 
 
277 aa  94  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0084405  hitchhiker  0.000491864 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0014  phosphomethylpyrimidine kinase  28.36 
 
 
260 aa  91.7  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0192  phosphomethylpyrimidine kinase  23.66 
 
 
269 aa  88.6  1e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0393  phosphomethylpyrimidine kinase  29.12 
 
 
262 aa  88.6  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.845054  normal  0.232819 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1176  phosphomethylpyrimidine kinase  29.7 
 
 
267 aa  87.4  3e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.82174  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1153  phosphomethylpyrimidine kinase  25.81 
 
 
272 aa  82.8  0.000000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0935315  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0639  phosphomethylpyrimidine kinase  26.94 
 
 
290 aa  82.4  0.000000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.784703  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0828  phosphomethylpyrimidine kinase  30 
 
 
264 aa  81.6  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.192548  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0364  phosphomethylpyrimidine kinase  31.97 
 
 
437 aa  81.3  0.00000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.422328  normal  0.381325 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1992  phosphomethylpyrimidine kinase  28.67 
 
 
270 aa  79.3  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1281  phosphomethylpyrimidine kinase  28.35 
 
 
273 aa  78.6  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0223947  normal  0.790704 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0914  phosphomethylpyrimidine kinase  22.04 
 
 
269 aa  77.4  0.0000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1709  phosphomethylpyrimidine kinase  28.29 
 
 
271 aa  77  0.0000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1265  phosphomethylpyrimidine kinase  28 
 
 
267 aa  76.6  0.0000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1813  phosphomethylpyrimidine kinase  30.18 
 
 
275 aa  76.6  0.0000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.319911  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0071  phosphomethylpyrimidine kinase  23.55 
 
 
267 aa  75.5  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2061  phosphomethylpyrimidine kinase  28.52 
 
 
260 aa  74.3  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0150754  normal  0.0985623 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4475  phosphomethylpyrimidine kinase  30.43 
 
 
259 aa  74.3  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.341855  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1100  phosphomethylpyrimidine kinase  27.14 
 
 
270 aa  73.9  0.000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3133  phosphomethylpyrimidine kinase  26.32 
 
 
277 aa  73.6  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1204  phosphomethylpyrimidine kinase  29.18 
 
 
269 aa  73.6  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.980352 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1225  phosphomethylpyrimidine kinase  27.14 
 
 
270 aa  73.2  0.000000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0641  phosphomethylpyrimidine kinase  27.14 
 
 
270 aa  73.2  0.000000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.328033  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2333  phosphomethylpyrimidine kinase  30.86 
 
 
266 aa  72.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2382  phosphomethylpyrimidine kinase  31.54 
 
 
266 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.779831 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3401  phosphomethylpyrimidine kinase  30.22 
 
 
270 aa  72.8  0.000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0486  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase  28.36 
 
 
277 aa  72.8  0.000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1688  phosphomethylpyrimidine kinase  26.04 
 
 
269 aa  72.4  0.000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.268945  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0552  phosphomethylpyrimidine kinase  29.12 
 
 
269 aa  72.4  0.000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00628299 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0840  phosphomethylpyrimidine kinase  27.68 
 
 
265 aa  72.4  0.00000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1183  phosphomethylpyrimidine kinase  28.36 
 
 
518 aa  72  0.00000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00808749  hitchhiker  0.00513051 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2378  phosphomethylpyrimidine kinase  31.12 
 
 
266 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.305846  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2289  phosphomethylpyrimidine kinase  31.12 
 
 
266 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.426705  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1619  phosphomethylpyrimidine kinase  26.04 
 
 
269 aa  71.2  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.123369  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1102  phosphomethylpyrimidine kinase  27.27 
 
 
271 aa  71.6  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0215379  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2490  phosphomethylpyrimidine kinase  31.12 
 
 
266 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1004  phosphomethylpyrimidine kinase  26.3 
 
 
275 aa  71.2  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0699  phosphomethylpyrimidine kinase  28.23 
 
 
269 aa  70.5  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.503674  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4828  phosphomethylpyrimidine kinase  27.05 
 
 
273 aa  70.9  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1321  phosphomethylpyrimidine kinase  32.44 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1203  phosphomethylpyrimidine kinase  32.44 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.564031  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0134  phosphomethylpyrimidine kinase  28.11 
 
 
271 aa  70.5  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3091  phosphomethylpyrimidine kinase  29.92 
 
 
266 aa  70.1  0.00000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0488797  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1453  phosphomethylpyrimidine kinase  29.1 
 
 
289 aa  70.1  0.00000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0659513  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3082  phosphomethylpyrimidine kinase  30.2 
 
 
266 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.190737 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000863  phosphomethylpyrimidine kinase  28.51 
 
 
286 aa  69.7  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2294  phosphomethylpyrimidine kinase  31.09 
 
 
269 aa  69.7  0.00000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34590  phosphomethylpyrimidine kinase  27.7 
 
 
268 aa  69.3  0.00000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0688  phosphomethylpyrimidine kinase  27.52 
 
 
253 aa  69.3  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0486  phosphomethylpyrimidine kinase  27.69 
 
 
284 aa  68.9  0.00000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1135  phosphomethylpyrimidine kinase  29.8 
 
 
266 aa  68.6  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.878652  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>