More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4658 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_4658  phosphomethylpyrimidine kinase  100 
 
 
265 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46443  normal  0.665926 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4782  phosphomethylpyrimidine kinase  99.62 
 
 
265 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291324  normal  0.0384059 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4836  phosphomethylpyrimidine kinase  97.36 
 
 
265 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0638  phosphomethylpyrimidine kinase  94.72 
 
 
274 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4945  phosphomethylpyrimidine kinase  89.43 
 
 
265 aa  463  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.505455  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4798  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  85.66 
 
 
265 aa  454  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.452059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4340  phosphomethylpyrimidine kinase  85.66 
 
 
265 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.994514  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3772  phosphomethylpyrimidine kinase  82.13 
 
 
265 aa  443  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0714273 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12410  phosphomethylpyrimidine kinase  84.85 
 
 
265 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1133  phosphomethylpyrimidine kinase  84.09 
 
 
271 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09280  phosphomethylpyrimidine kinase  79.62 
 
 
271 aa  404  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.52325  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2419  Phosphomethylpyrimidine kinase  52.11 
 
 
269 aa  229  5e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.795296  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3900  phosphomethylpyrimidine kinase  47.66 
 
 
291 aa  221  8e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2627  phosphomethylpyrimidine kinase  46.12 
 
 
279 aa  218  7.999999999999999e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2662  phosphomethylpyrimidine kinase  45.77 
 
 
281 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.993196 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0629  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  49.06 
 
 
290 aa  208  8e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.246036  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1513  Phosphomethylpyrimidine kinase  47.69 
 
 
285 aa  206  3e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0466134  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2555  phosphomethylpyrimidine kinase  46.12 
 
 
280 aa  202  5e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0393  phosphomethylpyrimidine kinase  47.64 
 
 
262 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.845054  normal  0.232819 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3305  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  50.78 
 
 
277 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0104296  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2903  Phosphomethylpyrimidine kinase  50.78 
 
 
277 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0084405  hitchhiker  0.000491864 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0179  putative phosphomethylpyrimidine kinase  41.67 
 
 
264 aa  172  5.999999999999999e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00139306  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0167  phosphomethylpyrimidine kinase  42.05 
 
 
264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00133155  hitchhiker  0.000172032 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0192  phosphomethylpyrimidine kinase  34.5 
 
 
269 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0125  phosphomethylpyrimidine kinase  43.25 
 
 
285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3302  phosphomethylpyrimidine kinase  41.92 
 
 
276 aa  158  9e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.452951  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0486  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase  35.04 
 
 
277 aa  154  2e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4470  phosphomethylpyrimidine kinase  40.55 
 
 
268 aa  151  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.668119  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1397  phosphomethylpyrimidine kinase  37.2 
 
 
265 aa  150  2e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000385147  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4934  phosphomethylpyrimidine kinase  40.16 
 
 
268 aa  149  5e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0014  phosphomethylpyrimidine kinase  38.34 
 
 
260 aa  149  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0688  phosphomethylpyrimidine kinase  40.24 
 
 
253 aa  149  6e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2061  phosphomethylpyrimidine kinase  40.56 
 
 
260 aa  149  6e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0150754  normal  0.0985623 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0928  phosphomethylpyrimidine kinase  39.5 
 
 
271 aa  148  8e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0346056  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0441  phosphomethylpyrimidine kinase  34.85 
 
 
252 aa  146  3e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0914  phosphomethylpyrimidine kinase  34.27 
 
 
269 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1338  phosphomethylpyrimidine kinase  35.6 
 
 
264 aa  145  6e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00019728  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4984  phosphomethylpyrimidine kinase  39.11 
 
 
268 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.702252  normal  0.243702 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1102  phosphomethylpyrimidine kinase  39.44 
 
 
271 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0215379  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4453  phosphomethylpyrimidine kinase  39.29 
 
 
270 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  0.352817 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1140  phosphomethylpyrimidine kinase  35.86 
 
 
257 aa  143  3e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.837771 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1176  phosphomethylpyrimidine kinase  37.1 
 
 
267 aa  143  3e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.82174  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1310  phosphomethylpyrimidine kinase  39.13 
 
 
268 aa  143  3e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2250  phosphomethylpyrimidine kinase  39.76 
 
 
268 aa  143  4e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.660572  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5600  hydroxy-methylpyrimidine kinase /hydroxy-phosphomethylpyrimidine kinase  37.8 
 
 
266 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429432  normal  0.105983 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1619  phosphomethylpyrimidine kinase  38.06 
 
 
269 aa  142  6e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.123369  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1688  phosphomethylpyrimidine kinase  37.65 
 
 
269 aa  142  8e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.268945  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1545  phosphomethylpyrimidine kinase  35.32 
 
 
264 aa  142  8e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.104036  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0552  phosphomethylpyrimidine kinase  41.53 
 
 
269 aa  141  9e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00628299 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1082  phosphomethylpyrimidine kinase  35.86 
 
 
271 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1628  phosphomethylpyrimidine kinase  35.97 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.522982  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10762  thiamin biosynthesis protein (Thi-4), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G10740)  35.71 
 
 
510 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.116224  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2046  phosphomethylpyrimidine kinase  40.57 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3018  phosphomethylpyrimidine kinase  41.35 
 
 
270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0605  phosphomethylpyrimidine kinase  36.82 
 
 
267 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2168  phosphomethylpyrimidine kinase  30.56 
 
 
276 aa  139  3.9999999999999997e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0225656  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2130  phosphomethylpyrimidine kinase  30.56 
 
 
276 aa  139  3.9999999999999997e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00414672  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0100  bifunctional hydroxy-phosphomethylpyrimidine kinase/hydroxy-methylpyrimidine kinase  37.63 
 
 
301 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.504997  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09330  phosphomethylpyrimidine kinase  37.3 
 
 
264 aa  139  4.999999999999999e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.387333 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1709  phosphomethylpyrimidine kinase  38.49 
 
 
271 aa  139  7e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2522  phosphomethylpyrimidine kinase  37.35 
 
 
262 aa  138  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0372  phosphomethylpyrimidine kinase  37.25 
 
 
285 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.591258  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3496  phosphomethylpyrimidine kinase  38.82 
 
 
268 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.828772  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1443  phosphomethylpyrimidine kinase  36.86 
 
 
269 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.600581  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1992  phosphomethylpyrimidine kinase  34.13 
 
 
270 aa  135  5e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0091  phosphomethylpyrimidine kinase  34.24 
 
 
270 aa  135  6.0000000000000005e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1700  phosphomethylpyrimidine kinase  28.57 
 
 
273 aa  135  7.000000000000001e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.847021  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5051  phosphomethylpyrimidine kinase  40.86 
 
 
274 aa  135  8e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1813  phosphomethylpyrimidine kinase  39.77 
 
 
275 aa  135  9e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.319911  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2517  phosphomethylpyrimidine kinase  35.6 
 
 
260 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0853  phosphomethylpyrimidine kinase  37.79 
 
 
288 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.114242  normal  0.0282488 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0997  phosphomethylpyrimidine kinase  37.79 
 
 
288 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00609101  normal  0.106083 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3401  phosphomethylpyrimidine kinase  39.36 
 
 
270 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2979  phosphomethylpyrimidine kinase  35.04 
 
 
267 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3462  phosphomethylpyrimidine kinase  40.08 
 
 
484 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2592  phosphomethylpyrimidine kinase  38.65 
 
 
254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6681  phosphomethylpyrimidine kinase  42.98 
 
 
269 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.432529 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3328  phosphomethylpyrimidine kinase  35.48 
 
 
303 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0361  phosphomethylpyrimidine kinase  34.14 
 
 
262 aa  132  3.9999999999999996e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000143367  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0647  phosphomethylpyrimidine kinase  41.04 
 
 
267 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.988766  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1301  phosphomethylpyrimidine kinase  34.94 
 
 
267 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.185406  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0486  phosphomethylpyrimidine kinase  37.65 
 
 
284 aa  133  3.9999999999999996e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0071  phosphomethylpyrimidine kinase  32.93 
 
 
267 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4126  phosphomethylpyrimidine kinase  40.43 
 
 
266 aa  132  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000167736 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10848  probable phosphomethylpyrimidine kinase (ThiD)  34.35 
 
 
269 aa  132  5e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0191434  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0131  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase  37.35 
 
 
269 aa  132  5e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.752831  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1153  phosphomethylpyrimidine kinase  36.65 
 
 
272 aa  132  6.999999999999999e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0935315  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0134  phosphomethylpyrimidine kinase  40.43 
 
 
271 aa  132  6.999999999999999e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3528  phosphomethylpyrimidine kinase  39.24 
 
 
484 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2300  phosphomethylpyrimidine kinase  41.04 
 
 
267 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1498  phosphomethylpyrimidine kinase  33.47 
 
 
257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.315358  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3651  phosphomethylpyrimidine kinase  35.84 
 
 
303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0829  putative phosphomethylpyrimidine kinase  31.58 
 
 
283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0542  phosphomethylpyrimidine kinase  27.13 
 
 
432 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0840  phosphomethylpyrimidine kinase  36.25 
 
 
265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0888  phosphomethylpyrimidine kinase  35.71 
 
 
270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000863  phosphomethylpyrimidine kinase  36.86 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1407  phosphomethylpyrimidine kinase  36.82 
 
 
267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0791  phosphomethylpyrimidine kinase  35.44 
 
 
270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1583  phosphomethylpyrimidine kinase  39.68 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.152097  normal  0.0340338 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>