More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2555 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2555  phosphomethylpyrimidine kinase  100 
 
 
280 aa  570  1e-161  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2627  phosphomethylpyrimidine kinase  68.94 
 
 
279 aa  385  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3900  phosphomethylpyrimidine kinase  60.59 
 
 
291 aa  343  2.9999999999999997e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2662  phosphomethylpyrimidine kinase  60.53 
 
 
281 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.993196 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2419  Phosphomethylpyrimidine kinase  54.62 
 
 
269 aa  268  1e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.795296  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3814  putative hydroxymethylpyrimidine kinase  47.97 
 
 
286 aa  246  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00579021  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0865  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  49.45 
 
 
286 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00118659  normal  0.187037 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0913  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  48.13 
 
 
282 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3116  putative phosphomethylpyrimidine kinase  48.13 
 
 
282 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2000  phosphomethylpyrimidine kinase ThiD, putative  48.13 
 
 
282 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3174  hydroxymethylpyrimidine kinase  48.13 
 
 
282 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.262803  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2743  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  48.13 
 
 
282 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.531156  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3152  putative phosphomethylpyrimidine kinase  48.13 
 
 
282 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0984165  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1459  phosphomethylpyrimidine kinase ThiD, putative  48.13 
 
 
282 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1862  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  48.13 
 
 
282 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.349475  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0379  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  48.86 
 
 
288 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.204738  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0861  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  48.86 
 
 
288 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0832  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  48.86 
 
 
288 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00416098  hitchhiker  0.0000421628 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2527  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  48.86 
 
 
323 aa  232  6e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0489617 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3959  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase-like  48.86 
 
 
288 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.112165 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0751  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  48.11 
 
 
288 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.490476  normal  0.122622 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0734  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  48.11 
 
 
288 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.024549  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2331  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  49.25 
 
 
286 aa  228  8e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.940899  normal  0.0456553 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12410  phosphomethylpyrimidine kinase  47.47 
 
 
265 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3772  phosphomethylpyrimidine kinase  45.53 
 
 
265 aa  219  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0714273 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1133  phosphomethylpyrimidine kinase  45.91 
 
 
271 aa  215  5e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1513  Phosphomethylpyrimidine kinase  47.04 
 
 
285 aa  215  7e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0466134  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09280  phosphomethylpyrimidine kinase  46.3 
 
 
271 aa  212  5.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.52325  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0629  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  43.89 
 
 
290 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.246036  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3686  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  44.95 
 
 
294 aa  211  9e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.532202  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0638  phosphomethylpyrimidine kinase  44.94 
 
 
274 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4340  phosphomethylpyrimidine kinase  45.35 
 
 
265 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.994514  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4782  phosphomethylpyrimidine kinase  46.12 
 
 
265 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291324  normal  0.0384059 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4798  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  44.75 
 
 
265 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.452059  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4658  phosphomethylpyrimidine kinase  46.12 
 
 
265 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46443  normal  0.665926 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4836  phosphomethylpyrimidine kinase  45.35 
 
 
265 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4945  phosphomethylpyrimidine kinase  45.35 
 
 
265 aa  202  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.505455  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0393  phosphomethylpyrimidine kinase  44.62 
 
 
262 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.845054  normal  0.232819 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3192  hydroxymethylpyrimidine kinase  44.12 
 
 
319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.394999  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2903  Phosphomethylpyrimidine kinase  47.13 
 
 
277 aa  179  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0084405  hitchhiker  0.000491864 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3305  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  47.13 
 
 
277 aa  179  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0104296  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1134  putative phosphomethylpyrimidine kinase  40.67 
 
 
335 aa  169  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.260377 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0014  phosphomethylpyrimidine kinase  36.92 
 
 
260 aa  169  7e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3973  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  39.7 
 
 
310 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00627703 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1570  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  41.57 
 
 
318 aa  165  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.320851 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0829  putative phosphomethylpyrimidine kinase  36.7 
 
 
283 aa  165  6.9999999999999995e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0899  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  41.95 
 
 
318 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.711167 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3023  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  39.92 
 
 
320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.362688  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3356  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  39.25 
 
 
324 aa  162  8.000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.417961  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0688  phosphomethylpyrimidine kinase  39.06 
 
 
253 aa  159  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2903  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  37.88 
 
 
314 aa  157  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.348209  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3580  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  37.88 
 
 
314 aa  157  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0582883 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0179  putative phosphomethylpyrimidine kinase  36.09 
 
 
264 aa  155  5.0000000000000005e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00139306  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3302  phosphomethylpyrimidine kinase  37.17 
 
 
276 aa  155  7e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.452951  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3401  phosphomethylpyrimidine kinase  39.45 
 
 
270 aa  155  7e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1628  phosphomethylpyrimidine kinase  37.26 
 
 
266 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.522982  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2250  phosphomethylpyrimidine kinase  38.34 
 
 
268 aa  154  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.660572  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1082  phosphomethylpyrimidine kinase  37.15 
 
 
271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1583  phosphomethylpyrimidine kinase  40.78 
 
 
264 aa  153  4e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.152097  normal  0.0340338 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1176  phosphomethylpyrimidine kinase  37.4 
 
 
267 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.82174  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0167  phosphomethylpyrimidine kinase  37.59 
 
 
264 aa  152  8e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00133155  hitchhiker  0.000172032 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0366  phosphomethylpyrimidine kinase  38.4 
 
 
266 aa  152  8e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.437548 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10762  thiamin biosynthesis protein (Thi-4), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G10740)  36.09 
 
 
510 aa  151  1e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.116224  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2046  phosphomethylpyrimidine kinase  40.65 
 
 
266 aa  151  1e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4628  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  38.78 
 
 
321 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.554613  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4984  phosphomethylpyrimidine kinase  36.64 
 
 
268 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.702252  normal  0.243702 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1338  phosphomethylpyrimidine kinase  36.9 
 
 
264 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00019728  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3462  phosphomethylpyrimidine kinase  40 
 
 
484 aa  149  5e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1443  phosphomethylpyrimidine kinase  35.85 
 
 
269 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.600581  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1545  phosphomethylpyrimidine kinase  35.38 
 
 
264 aa  149  7e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.104036  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2061  phosphomethylpyrimidine kinase  38.55 
 
 
260 aa  149  7e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0150754  normal  0.0985623 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0125  phosphomethylpyrimidine kinase  38.02 
 
 
285 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0853  phosphomethylpyrimidine kinase  37.21 
 
 
288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.114242  normal  0.0282488 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0997  phosphomethylpyrimidine kinase  37.21 
 
 
288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00609101  normal  0.106083 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2522  phosphomethylpyrimidine kinase  35.85 
 
 
262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4470  phosphomethylpyrimidine kinase  36.64 
 
 
268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.668119  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4934  phosphomethylpyrimidine kinase  36.64 
 
 
268 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1153  phosphomethylpyrimidine kinase  33.21 
 
 
272 aa  145  6e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0935315  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0441  phosphomethylpyrimidine kinase  34.44 
 
 
252 aa  145  8.000000000000001e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3528  phosphomethylpyrimidine kinase  37.91 
 
 
484 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1407  phosphomethylpyrimidine kinase  38.37 
 
 
267 aa  143  3e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3091  phosphomethylpyrimidine kinase  36.4 
 
 
266 aa  143  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0488797  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0918  phosphomethylpyrimidine kinase  30.23 
 
 
269 aa  142  5e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03000  hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase  36.25 
 
 
265 aa  142  7e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0372  phosphomethylpyrimidine kinase  36.19 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.591258  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5600  hydroxy-methylpyrimidine kinase /hydroxy-phosphomethylpyrimidine kinase  35.06 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429432  normal  0.105983 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1619  phosphomethylpyrimidine kinase  36 
 
 
269 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.123369  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0192  phosphomethylpyrimidine kinase  32.53 
 
 
269 aa  140  3e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2130  phosphomethylpyrimidine kinase  29.64 
 
 
276 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00414672  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3133  phosphomethylpyrimidine kinase  35.14 
 
 
277 aa  140  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0639  phosphomethylpyrimidine kinase  31.14 
 
 
290 aa  140  3e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.784703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2168  phosphomethylpyrimidine kinase  29.64 
 
 
276 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0225656  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4453  phosphomethylpyrimidine kinase  35.34 
 
 
270 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  0.352817 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1688  phosphomethylpyrimidine kinase  35.74 
 
 
269 aa  140  3e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.268945  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3851  phosphomethylpyrimidine kinase  38.4 
 
 
497 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1140  phosphomethylpyrimidine kinase  34.96 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.837771 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1310  phosphomethylpyrimidine kinase  36.23 
 
 
268 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2517  phosphomethylpyrimidine kinase  35.2 
 
 
260 aa  139  7e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1397  phosphomethylpyrimidine kinase  35.32 
 
 
265 aa  138  7.999999999999999e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000385147  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1102  phosphomethylpyrimidine kinase  35.6 
 
 
271 aa  138  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0215379  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>