273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_2903 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_2903  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  100 
 
 
314 aa  633  1e-180  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.348209  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3580  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  99.68 
 
 
314 aa  630  1e-180  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0582883 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3023  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  64.44 
 
 
320 aa  421  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.362688  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0899  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  68.97 
 
 
318 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.711167 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1570  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  62.62 
 
 
318 aa  393  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.320851 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1134  putative phosphomethylpyrimidine kinase  61.99 
 
 
335 aa  376  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.260377 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3356  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  62.1 
 
 
324 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.417961  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4628  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  66.32 
 
 
321 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.554613  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3192  hydroxymethylpyrimidine kinase  53.45 
 
 
319 aa  296  3e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.394999  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3973  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  52.05 
 
 
310 aa  290  2e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00627703 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3814  putative hydroxymethylpyrimidine kinase  37.72 
 
 
286 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00579021  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2662  phosphomethylpyrimidine kinase  38.15 
 
 
281 aa  168  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.993196 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3900  phosphomethylpyrimidine kinase  36.06 
 
 
291 aa  164  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2627  phosphomethylpyrimidine kinase  36.98 
 
 
279 aa  162  6e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0865  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  38.41 
 
 
286 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00118659  normal  0.187037 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0379  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  38.18 
 
 
288 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.204738  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0861  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  38.18 
 
 
288 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0832  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  38.18 
 
 
288 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00416098  hitchhiker  0.0000421628 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2419  Phosphomethylpyrimidine kinase  38.87 
 
 
269 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.795296  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2743  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  37.23 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.531156  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2000  phosphomethylpyrimidine kinase ThiD, putative  37.23 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3174  hydroxymethylpyrimidine kinase  37.23 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.262803  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1459  phosphomethylpyrimidine kinase ThiD, putative  37.23 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1862  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  37.23 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.349475  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3116  putative phosphomethylpyrimidine kinase  37.23 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0734  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  37.45 
 
 
288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.024549  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0751  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  37.45 
 
 
288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.490476  normal  0.122622 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3152  putative phosphomethylpyrimidine kinase  37.23 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0984165  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0913  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  37.23 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2527  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  37.59 
 
 
323 aa  145  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0489617 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2331  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  37.72 
 
 
286 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.940899  normal  0.0456553 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2555  phosphomethylpyrimidine kinase  37.88 
 
 
280 aa  143  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3959  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase-like  37.41 
 
 
288 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.112165 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3686  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  35.79 
 
 
294 aa  124  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.532202  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0829  putative phosphomethylpyrimidine kinase  32.08 
 
 
283 aa  118  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1513  Phosphomethylpyrimidine kinase  30.14 
 
 
285 aa  113  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0466134  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12410  phosphomethylpyrimidine kinase  31.66 
 
 
265 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1133  phosphomethylpyrimidine kinase  31.66 
 
 
271 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4945  phosphomethylpyrimidine kinase  31.42 
 
 
265 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.505455  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3772  phosphomethylpyrimidine kinase  31.58 
 
 
265 aa  101  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0714273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0638  phosphomethylpyrimidine kinase  31.42 
 
 
274 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2903  Phosphomethylpyrimidine kinase  30.55 
 
 
277 aa  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0084405  hitchhiker  0.000491864 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3305  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  30.55 
 
 
277 aa  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0104296  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09280  phosphomethylpyrimidine kinase  30.23 
 
 
271 aa  100  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.52325  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4798  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  30.23 
 
 
265 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.452059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4340  phosphomethylpyrimidine kinase  29.84 
 
 
265 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.994514  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4782  phosphomethylpyrimidine kinase  30.65 
 
 
265 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291324  normal  0.0384059 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4658  phosphomethylpyrimidine kinase  30.65 
 
 
265 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46443  normal  0.665926 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4836  phosphomethylpyrimidine kinase  30.27 
 
 
265 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0014  phosphomethylpyrimidine kinase  27.38 
 
 
260 aa  83.2  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0393  phosphomethylpyrimidine kinase  27.2 
 
 
262 aa  82  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.845054  normal  0.232819 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3302  phosphomethylpyrimidine kinase  29.5 
 
 
276 aa  81.3  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.452951  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0629  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  28.16 
 
 
290 aa  80.5  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.246036  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0688  phosphomethylpyrimidine kinase  29.25 
 
 
253 aa  78.6  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0828  phosphomethylpyrimidine kinase  27.31 
 
 
264 aa  77.8  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.192548  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0179  putative phosphomethylpyrimidine kinase  25.72 
 
 
264 aa  77.4  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00139306  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0167  phosphomethylpyrimidine kinase  25.45 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00133155  hitchhiker  0.000172032 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1176  phosphomethylpyrimidine kinase  27.2 
 
 
267 aa  73.9  0.000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.82174  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0639  phosphomethylpyrimidine kinase  24.32 
 
 
290 aa  70.1  0.00000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.784703  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0914  phosphomethylpyrimidine kinase  22.08 
 
 
269 aa  69.3  0.00000000009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0192  phosphomethylpyrimidine kinase  22.08 
 
 
269 aa  68.9  0.0000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3577  phosphomethylpyrimidine kinase  26.36 
 
 
266 aa  66.6  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.385467 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34590  phosphomethylpyrimidine kinase  26.07 
 
 
268 aa  66.6  0.0000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10848  probable phosphomethylpyrimidine kinase (ThiD)  23.95 
 
 
269 aa  65.9  0.0000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0191434  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2979  phosphomethylpyrimidine kinase  27.38 
 
 
267 aa  65.9  0.0000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3649  phosphomethylpyrimidine kinase type-2  26.56 
 
 
267 aa  65.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3401  phosphomethylpyrimidine kinase  27.99 
 
 
270 aa  65.1  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3739  phosphomethylpyrimidine kinase  26.74 
 
 
280 aa  65.1  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0042  phosphomethylpyrimidine kinase  26.97 
 
 
284 aa  64.7  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0834315  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1545  phosphomethylpyrimidine kinase  24.63 
 
 
264 aa  63.5  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.104036  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2711  phosphomethylpyrimidine kinase  27.89 
 
 
267 aa  63.5  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.725967  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0071  phosphomethylpyrimidine kinase  23.11 
 
 
267 aa  63.9  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1397  phosphomethylpyrimidine kinase  27.52 
 
 
265 aa  63.2  0.000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000385147  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1338  phosphomethylpyrimidine kinase  24.82 
 
 
264 aa  63.2  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00019728  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0223  phosphomethylpyrimidine kinase  29.08 
 
 
257 aa  63.2  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.964465  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4984  phosphomethylpyrimidine kinase  26.19 
 
 
268 aa  63.2  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.702252  normal  0.243702 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1225  phosphomethylpyrimidine kinase  24.82 
 
 
270 aa  62.8  0.000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1709  phosphomethylpyrimidine kinase  28.19 
 
 
271 aa  62.4  0.000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1498  phosphomethylpyrimidine kinase  20.75 
 
 
257 aa  62.4  0.000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.315358  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0361  phosphomethylpyrimidine kinase  24.5 
 
 
262 aa  62.4  0.00000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000143367  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0641  phosphomethylpyrimidine kinase  24.46 
 
 
270 aa  62  0.00000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.328033  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1183  phosphomethylpyrimidine kinase  27.5 
 
 
518 aa  61.6  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00808749  hitchhiker  0.00513051 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0441  phosphomethylpyrimidine kinase  23.58 
 
 
252 aa  61.2  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1100  phosphomethylpyrimidine kinase  24.1 
 
 
270 aa  61.2  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1301  phosphomethylpyrimidine kinase  26.95 
 
 
267 aa  60.5  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.185406  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3018  phosphomethylpyrimidine kinase  23.97 
 
 
270 aa  59.7  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1305  phosphomethylpyrimidine kinase  26.15 
 
 
323 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.279698  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3082  phosphomethylpyrimidine kinase  25.66 
 
 
266 aa  59.7  0.00000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.190737 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10762  thiamin biosynthesis protein (Thi-4), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G10740)  24.36 
 
 
510 aa  59.7  0.00000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.116224  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2391  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.19 
 
 
513 aa  59.7  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0637429  normal  0.579661 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2130  phosphomethylpyrimidine kinase  23.51 
 
 
276 aa  58.9  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00414672  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1124  phosphomethylpyrimidine kinase  21.17 
 
 
270 aa  59.3  0.00000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2168  phosphomethylpyrimidine kinase  23.51 
 
 
276 aa  58.9  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0225656  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1554  phosphomethylpyrimidine kinase  25.28 
 
 
266 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0218  phosphomethylpyrimidine kinase  24.14 
 
 
291 aa  58.9  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.940459  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1135  phosphomethylpyrimidine kinase  25.28 
 
 
266 aa  58.5  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.878652  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0554  phosphomethylpyrimidine kinase  25.28 
 
 
282 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.1848  normal  0.185443 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0564  phosphomethylpyrimidine kinase  25.28 
 
 
282 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.537215  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2060  phosphomethylpyrimidine kinase  25.7 
 
 
269 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.373143 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1501  phosphomethylpyrimidine kinase  24.29 
 
 
271 aa  58.9  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>