More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1501 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1501  phosphomethylpyrimidine kinase  100 
 
 
271 aa  553  1e-156  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0817  phosphomethylpyrimidine kinase  62.08 
 
 
275 aa  302  3.0000000000000004e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.237614  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1407  phosphomethylpyrimidine kinase  61.57 
 
 
267 aa  302  3.0000000000000004e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1533  phosphomethylpyrimidine kinase  56.09 
 
 
271 aa  290  1e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.847174  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0957  phosphomethylpyrimidine kinase  57.63 
 
 
269 aa  268  8e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.297451  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1004  phosphomethylpyrimidine kinase  54.65 
 
 
275 aa  253  2.0000000000000002e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1281  phosphomethylpyrimidine kinase  53.18 
 
 
273 aa  240  1e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0223947  normal  0.790704 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4934  phosphomethylpyrimidine kinase  49.24 
 
 
268 aa  236  3e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4470  phosphomethylpyrimidine kinase  49.24 
 
 
268 aa  236  3e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.668119  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4984  phosphomethylpyrimidine kinase  48.11 
 
 
268 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.702252  normal  0.243702 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4453  phosphomethylpyrimidine kinase  48.71 
 
 
270 aa  232  5e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  0.352817 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3496  phosphomethylpyrimidine kinase  50.93 
 
 
268 aa  229  3e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.828772  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2331  phosphomethylpyrimidine kinase  47.35 
 
 
288 aa  226  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2522  phosphomethylpyrimidine kinase  47.35 
 
 
262 aa  225  5.0000000000000005e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0649  phosphomethylpyrimidine kinase  45.83 
 
 
267 aa  225  8e-58  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0890915  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1176  phosphomethylpyrimidine kinase  45.86 
 
 
267 aa  221  9.999999999999999e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.82174  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0071  phosphomethylpyrimidine kinase  44.36 
 
 
267 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0125  phosphomethylpyrimidine kinase  48.48 
 
 
285 aa  218  7e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0918  phosphomethylpyrimidine kinase  44.11 
 
 
269 aa  218  7e-56  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1554  phosphomethylpyrimidine kinase  44.66 
 
 
266 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1544  phosphomethylpyrimidine kinase  44.66 
 
 
266 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2391  phosphomethylpyrimidine kinase  44.66 
 
 
266 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0961  phosphomethylpyrimidine kinase  44.66 
 
 
266 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1135  phosphomethylpyrimidine kinase  44.66 
 
 
266 aa  218  8.999999999999998e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.878652  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2239  phosphomethylpyrimidine kinase  44.66 
 
 
266 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3082  phosphomethylpyrimidine kinase  44.66 
 
 
266 aa  218  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.190737 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02031  phosphomethylpyrimidine kinase  44.27 
 
 
266 aa  216  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01995  hypothetical protein  44.27 
 
 
266 aa  216  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5600  hydroxy-methylpyrimidine kinase /hydroxy-phosphomethylpyrimidine kinase  45.25 
 
 
266 aa  216  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429432  normal  0.105983 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2979  phosphomethylpyrimidine kinase  45.25 
 
 
267 aa  216  4e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0042  phosphomethylpyrimidine kinase  46.03 
 
 
284 aa  216  5e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0834315  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1301  phosphomethylpyrimidine kinase  44.87 
 
 
267 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.185406  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1338  phosphomethylpyrimidine kinase  45.04 
 
 
264 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00019728  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2061  phosphomethylpyrimidine kinase  45.45 
 
 
260 aa  213  1.9999999999999998e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0150754  normal  0.0985623 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2710  phosphomethylpyrimidine kinase  43.82 
 
 
266 aa  213  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.227545  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6681  phosphomethylpyrimidine kinase  45.69 
 
 
269 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.432529 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0928  phosphomethylpyrimidine kinase  48.91 
 
 
271 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0346056  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1545  phosphomethylpyrimidine kinase  45.04 
 
 
264 aa  213  1.9999999999999998e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.104036  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3091  phosphomethylpyrimidine kinase  44.66 
 
 
266 aa  213  2.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0488797  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2378  phosphomethylpyrimidine kinase  45.04 
 
 
266 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.305846  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3018  phosphomethylpyrimidine kinase  49.43 
 
 
270 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2711  phosphomethylpyrimidine kinase  44.03 
 
 
267 aa  212  3.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.725967  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3577  phosphomethylpyrimidine kinase  43.89 
 
 
266 aa  212  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.385467 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2289  phosphomethylpyrimidine kinase  45.04 
 
 
266 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.426705  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2382  phosphomethylpyrimidine kinase  45.04 
 
 
266 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.779831 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2490  phosphomethylpyrimidine kinase  45.04 
 
 
266 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0853  phosphomethylpyrimidine kinase  43.88 
 
 
288 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.114242  normal  0.0282488 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0997  phosphomethylpyrimidine kinase  43.88 
 
 
288 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00609101  normal  0.106083 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1938  phosphomethylpyrimidine kinase  45.38 
 
 
267 aa  211  9e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0695148  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2333  phosphomethylpyrimidine kinase  44.27 
 
 
266 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1082  phosphomethylpyrimidine kinase  46.56 
 
 
271 aa  210  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0372  phosphomethylpyrimidine kinase  45.35 
 
 
285 aa  210  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.591258  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1203  phosphomethylpyrimidine kinase  44.27 
 
 
266 aa  209  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.564031  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1321  phosphomethylpyrimidine kinase  44.19 
 
 
266 aa  209  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1397  phosphomethylpyrimidine kinase  45.45 
 
 
265 aa  209  5e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000385147  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0706  phosphomethylpyrimidine kinase  44.7 
 
 
268 aa  208  7e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1443  phosphomethylpyrimidine kinase  46.33 
 
 
269 aa  208  7e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.600581  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1191  phosphomethylpyrimidine kinase  42.97 
 
 
267 aa  206  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.16328  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1153  phosphomethylpyrimidine kinase  42.48 
 
 
272 aa  205  8e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0935315  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1305  phosphomethylpyrimidine kinase  43.98 
 
 
323 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.279698  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1310  phosphomethylpyrimidine kinase  47.73 
 
 
268 aa  204  1e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0368  phosphomethylpyrimidine kinase  47.51 
 
 
282 aa  203  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1992  phosphomethylpyrimidine kinase  42.54 
 
 
270 aa  204  2e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03000  hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase  43.45 
 
 
265 aa  203  2e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1583  phosphomethylpyrimidine kinase  45.35 
 
 
264 aa  203  2e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.152097  normal  0.0340338 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5777  phosphomethylpyrimidine kinase  44.36 
 
 
277 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269735  normal  0.0629461 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0486  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase  42.8 
 
 
277 aa  202  6e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1628  phosphomethylpyrimidine kinase  44.02 
 
 
266 aa  202  7e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.522982  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6036  phosphomethylpyrimidine kinase type-2  47.17 
 
 
269 aa  201  9e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.190496  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2041  phosphomethylpyrimidine kinase  47.17 
 
 
269 aa  201  9e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5350  phosphomethylpyrimidine kinase  47.55 
 
 
269 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.120967 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2060  phosphomethylpyrimidine kinase  47.17 
 
 
269 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.373143 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2517  phosphomethylpyrimidine kinase  44.44 
 
 
260 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2470  phosphomethylpyrimidine kinase  46.07 
 
 
280 aa  199  3e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.176006  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0647  phosphomethylpyrimidine kinase  45.98 
 
 
264 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0091  phosphomethylpyrimidine kinase  43.68 
 
 
270 aa  199  3.9999999999999996e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2909  phosphomethylpyrimidine kinase  45.71 
 
 
497 aa  199  5e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.112824 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0969  phosphomethylpyrimidine kinase  42.42 
 
 
263 aa  199  5e-50  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.922433  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1361  phosphomethylpyrimidine kinase  45.45 
 
 
268 aa  198  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0209  phosphomethylpyrimidine kinase  46.47 
 
 
304 aa  198  6e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.606568  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0605  thiamine-phosphate pyrophosphorylase/phosphomethylpyrimidine kinase  46.15 
 
 
490 aa  198  7e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09330  phosphomethylpyrimidine kinase  43.68 
 
 
264 aa  198  7e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.387333 
 
 
-
 
NC_004310  BR0218  phosphomethylpyrimidine kinase  46.47 
 
 
291 aa  197  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.940459  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0285  phosphomethylpyrimidine kinase  44.62 
 
 
295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1124  phosphomethylpyrimidine kinase  42.37 
 
 
270 aa  198  1.0000000000000001e-49  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1561  phosphomethylpyrimidine kinase  44.15 
 
 
335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1236  phosphomethylpyrimidine kinase  46.32 
 
 
269 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.252768 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1658  phosphomethylpyrimidine kinase  46.3 
 
 
268 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0210202 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1942  phosphomethylpyrimidine kinase  46.32 
 
 
269 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.719295  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2073  phosphomethylpyrimidine kinase  46.32 
 
 
269 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0700  phosphomethylpyrimidine kinase  42.69 
 
 
270 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0644  phosphomethylpyrimidine kinase  42.69 
 
 
270 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0644  phosphomethylpyrimidine kinase  42.69 
 
 
270 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0811  phosphomethylpyrimidine kinase  42.69 
 
 
270 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.46467e-47 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0734  phosphomethylpyrimidine kinase  42.69 
 
 
270 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.24669  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0791  phosphomethylpyrimidine kinase  42.69 
 
 
270 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3167  phosphomethylpyrimidine kinase  43.6 
 
 
263 aa  196  5.000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.17923  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0486  phosphomethylpyrimidine kinase  46.04 
 
 
284 aa  196  5.000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1498  phosphomethylpyrimidine kinase  43.51 
 
 
257 aa  195  6e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.315358  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3528  phosphomethylpyrimidine kinase  46.12 
 
 
484 aa  195  6e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>