More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0829 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0829  putative phosphomethylpyrimidine kinase  100 
 
 
283 aa  586  1e-166  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2419  Phosphomethylpyrimidine kinase  39.62 
 
 
269 aa  192  5e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.795296  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2662  phosphomethylpyrimidine kinase  37.64 
 
 
281 aa  178  9e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.993196 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3900  phosphomethylpyrimidine kinase  37.23 
 
 
291 aa  171  9e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2627  phosphomethylpyrimidine kinase  36.26 
 
 
279 aa  163  3e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1513  Phosphomethylpyrimidine kinase  38.01 
 
 
285 aa  162  7e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0466134  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2555  phosphomethylpyrimidine kinase  36.7 
 
 
280 aa  155  9e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4945  phosphomethylpyrimidine kinase  30.98 
 
 
265 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.505455  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4782  phosphomethylpyrimidine kinase  31.56 
 
 
265 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291324  normal  0.0384059 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4798  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  31.76 
 
 
265 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.452059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4340  phosphomethylpyrimidine kinase  31.76 
 
 
265 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.994514  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4658  phosphomethylpyrimidine kinase  31.18 
 
 
265 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46443  normal  0.665926 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0638  phosphomethylpyrimidine kinase  31.03 
 
 
274 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3814  putative hydroxymethylpyrimidine kinase  31.5 
 
 
286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00579021  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4836  phosphomethylpyrimidine kinase  31.03 
 
 
265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12410  phosphomethylpyrimidine kinase  30.65 
 
 
265 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09280  phosphomethylpyrimidine kinase  30.53 
 
 
271 aa  127  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.52325  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3772  phosphomethylpyrimidine kinase  30.8 
 
 
265 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0714273 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0629  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  33.46 
 
 
290 aa  125  6e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.246036  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1133  phosphomethylpyrimidine kinase  29.5 
 
 
271 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3192  hydroxymethylpyrimidine kinase  31.25 
 
 
319 aa  122  9e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.394999  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3959  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase-like  31.64 
 
 
288 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.112165 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3580  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  31.94 
 
 
314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0582883 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2903  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  31.94 
 
 
314 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.348209  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2743  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  31.75 
 
 
282 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.531156  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3152  putative phosphomethylpyrimidine kinase  31.75 
 
 
282 aa  119  7e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0984165  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2000  phosphomethylpyrimidine kinase ThiD, putative  31.75 
 
 
282 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3174  hydroxymethylpyrimidine kinase  31.75 
 
 
282 aa  119  7e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.262803  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3116  putative phosphomethylpyrimidine kinase  31.75 
 
 
282 aa  119  7e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1459  phosphomethylpyrimidine kinase ThiD, putative  31.75 
 
 
282 aa  119  7e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1862  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  31.75 
 
 
282 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.349475  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0913  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  31.75 
 
 
282 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0751  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  30.4 
 
 
288 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.490476  normal  0.122622 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2527  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  30.77 
 
 
323 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0489617 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0734  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  30.4 
 
 
288 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.024549  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0832  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  30.91 
 
 
288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00416098  hitchhiker  0.0000421628 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0379  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  30.91 
 
 
288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.204738  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0861  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  30.91 
 
 
288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0865  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  31.34 
 
 
286 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00118659  normal  0.187037 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3686  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  31.14 
 
 
294 aa  115  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.532202  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3023  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  30.88 
 
 
320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.362688  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1570  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  31.43 
 
 
318 aa  113  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.320851 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0899  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  32.32 
 
 
318 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.711167 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3305  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  33.71 
 
 
277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0104296  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2331  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  30.37 
 
 
286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.940899  normal  0.0456553 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2903  Phosphomethylpyrimidine kinase  33.71 
 
 
277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0084405  hitchhiker  0.000491864 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3973  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  27.21 
 
 
310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00627703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4628  Phosphomethylpyrimidine kinase type-1  31.7 
 
 
321 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.554613  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1134  putative phosphomethylpyrimidine kinase  30.71 
 
 
335 aa  98.2  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.260377 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3356  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  30.97 
 
 
324 aa  97.8  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.417961  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0014  phosphomethylpyrimidine kinase  30.12 
 
 
260 aa  97.8  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0393  phosphomethylpyrimidine kinase  31.27 
 
 
262 aa  92.4  7e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.845054  normal  0.232819 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2046  phosphomethylpyrimidine kinase  29.96 
 
 
266 aa  89.7  5e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03000  hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase  26.82 
 
 
265 aa  87.4  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0366  phosphomethylpyrimidine kinase  27.31 
 
 
266 aa  86.3  5e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.437548 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0125  phosphomethylpyrimidine kinase  27.38 
 
 
285 aa  85.5  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0192  phosphomethylpyrimidine kinase  26.98 
 
 
269 aa  85.1  0.000000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1407  phosphomethylpyrimidine kinase  31.37 
 
 
267 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0101  phosphomethylpyrimidine kinase  26.32 
 
 
252 aa  84  0.000000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0167  phosphomethylpyrimidine kinase  27.76 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00133155  hitchhiker  0.000172032 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1281  phosphomethylpyrimidine kinase  27.27 
 
 
273 aa  81.6  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0223947  normal  0.790704 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4934  phosphomethylpyrimidine kinase  28.57 
 
 
268 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0179  putative phosphomethylpyrimidine kinase  26.64 
 
 
264 aa  80.5  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00139306  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0957  phosphomethylpyrimidine kinase  28.15 
 
 
269 aa  80.1  0.00000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.297451  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1992  phosphomethylpyrimidine kinase  24.14 
 
 
270 aa  79.7  0.00000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1265  phosphomethylpyrimidine kinase  27.54 
 
 
267 aa  79.7  0.00000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0361  phosphomethylpyrimidine kinase  22.73 
 
 
262 aa  79.7  0.00000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000143367  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2250  phosphomethylpyrimidine kinase  27.34 
 
 
268 aa  79.3  0.00000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.660572  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3496  phosphomethylpyrimidine kinase  26.02 
 
 
268 aa  79.3  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.828772  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2391  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  23.7 
 
 
513 aa  78.2  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0637429  normal  0.579661 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06838  phosphomethylpyrimidine kinase  25.91 
 
 
295 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1443  phosphomethylpyrimidine kinase  26.69 
 
 
269 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.600581  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4470  phosphomethylpyrimidine kinase  27.76 
 
 
268 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.668119  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0542  phosphomethylpyrimidine kinase  23.27 
 
 
432 aa  77.4  0.0000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1176  phosphomethylpyrimidine kinase  26.54 
 
 
267 aa  77.4  0.0000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.82174  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0817  phosphomethylpyrimidine kinase  29.78 
 
 
275 aa  77.4  0.0000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.237614  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2484  phosphomethylpyrimidine kinase  26.03 
 
 
275 aa  76.6  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1628  phosphomethylpyrimidine kinase  27.49 
 
 
266 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.522982  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0134  phosphomethylpyrimidine kinase  26.38 
 
 
271 aa  75.9  0.0000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0918  phosphomethylpyrimidine kinase  24.9 
 
 
269 aa  76.3  0.0000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1700  phosphomethylpyrimidine kinase  21.77 
 
 
273 aa  75.9  0.0000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.847021  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0914  phosphomethylpyrimidine kinase  25.4 
 
 
269 aa  75.9  0.0000000000007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04031  phosphomethylpyrimidine kinase  25.21 
 
 
262 aa  74.7  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.278475  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0166  phosphomethylpyrimidine kinase  25.69 
 
 
253 aa  75.5  0.000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3018  phosphomethylpyrimidine kinase  27.09 
 
 
270 aa  74.3  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2470  phosphomethylpyrimidine kinase  29.39 
 
 
280 aa  74.3  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.176006  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0496  phosphomethylpyrimidine kinase  26.4 
 
 
244 aa  73.9  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0688  phosphomethylpyrimidine kinase  28.63 
 
 
253 aa  73.6  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000863  phosphomethylpyrimidine kinase  26.67 
 
 
286 aa  73.9  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3133  phosphomethylpyrimidine kinase  25.56 
 
 
277 aa  73.2  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4984  phosphomethylpyrimidine kinase  26.69 
 
 
268 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.702252  normal  0.243702 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5110  pyridoxal kinase  27.31 
 
 
274 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5266  pyridoxal kinase  27.31 
 
 
274 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5093  pyridoxal kinase  27.31 
 
 
274 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5663  pyridoxal kinase  27.31 
 
 
274 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5508  pyridoxal kinase  27.31 
 
 
274 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3401  phosphomethylpyrimidine kinase  27.94 
 
 
270 aa  72.4  0.000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1153  phosphomethylpyrimidine kinase  25.76 
 
 
272 aa  72  0.000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0935315  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0840  phosphomethylpyrimidine kinase  26.05 
 
 
265 aa  72.4  0.000000000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2168  phosphomethylpyrimidine kinase  22.1 
 
 
276 aa  71.6  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0225656  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>