More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3772 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3772  phosphomethylpyrimidine kinase  100 
 
 
265 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0714273 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1133  phosphomethylpyrimidine kinase  82.64 
 
 
271 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12410  phosphomethylpyrimidine kinase  82.26 
 
 
265 aa  430  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0638  phosphomethylpyrimidine kinase  82.89 
 
 
274 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4945  phosphomethylpyrimidine kinase  81.75 
 
 
265 aa  424  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.505455  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4836  phosphomethylpyrimidine kinase  81.75 
 
 
265 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4782  phosphomethylpyrimidine kinase  81.75 
 
 
265 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291324  normal  0.0384059 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4798  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  80.61 
 
 
265 aa  421  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.452059  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4658  phosphomethylpyrimidine kinase  82.13 
 
 
265 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46443  normal  0.665926 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09280  phosphomethylpyrimidine kinase  81.13 
 
 
271 aa  419  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.52325  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4340  phosphomethylpyrimidine kinase  79.85 
 
 
265 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.994514  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2419  Phosphomethylpyrimidine kinase  50.19 
 
 
269 aa  236  3e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.795296  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1513  Phosphomethylpyrimidine kinase  48.86 
 
 
285 aa  221  7e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0466134  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2627  phosphomethylpyrimidine kinase  46.12 
 
 
279 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2662  phosphomethylpyrimidine kinase  45.9 
 
 
281 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.993196 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0629  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  48.68 
 
 
290 aa  215  7e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.246036  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3900  phosphomethylpyrimidine kinase  45.7 
 
 
291 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2555  phosphomethylpyrimidine kinase  45.53 
 
 
280 aa  206  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0179  putative phosphomethylpyrimidine kinase  40.53 
 
 
264 aa  180  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00139306  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0393  phosphomethylpyrimidine kinase  43.08 
 
 
262 aa  171  1e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.845054  normal  0.232819 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0167  phosphomethylpyrimidine kinase  41.06 
 
 
264 aa  170  2e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00133155  hitchhiker  0.000172032 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3305  phosphomethylpyrimidine kinase, putative  47.45 
 
 
277 aa  159  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0104296  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2903  Phosphomethylpyrimidine kinase  47.45 
 
 
277 aa  159  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0084405  hitchhiker  0.000491864 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3302  phosphomethylpyrimidine kinase  40 
 
 
276 aa  154  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.452951  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0486  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase  34.65 
 
 
277 aa  150  2e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0014  phosphomethylpyrimidine kinase  38.34 
 
 
260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0688  phosphomethylpyrimidine kinase  40.64 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4470  phosphomethylpyrimidine kinase  37.4 
 
 
268 aa  142  6e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.668119  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0192  phosphomethylpyrimidine kinase  31.33 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4934  phosphomethylpyrimidine kinase  37.01 
 
 
268 aa  140  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0125  phosphomethylpyrimidine kinase  39.37 
 
 
285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1688  phosphomethylpyrimidine kinase  35.02 
 
 
269 aa  138  8.999999999999999e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.268945  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4984  phosphomethylpyrimidine kinase  36.22 
 
 
268 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.702252  normal  0.243702 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1619  phosphomethylpyrimidine kinase  35.02 
 
 
269 aa  134  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.123369  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3018  phosphomethylpyrimidine kinase  38.4 
 
 
270 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1140  phosphomethylpyrimidine kinase  34.27 
 
 
257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.837771 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2046  phosphomethylpyrimidine kinase  37.14 
 
 
266 aa  132  7.999999999999999e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1628  phosphomethylpyrimidine kinase  33.73 
 
 
266 aa  131  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.522982  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1397  phosphomethylpyrimidine kinase  33.2 
 
 
265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000385147  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0441  phosphomethylpyrimidine kinase  31.73 
 
 
252 aa  129  3e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2168  phosphomethylpyrimidine kinase  29.37 
 
 
276 aa  130  3e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0225656  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2130  phosphomethylpyrimidine kinase  29.37 
 
 
276 aa  130  3e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00414672  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2522  phosphomethylpyrimidine kinase  34.4 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0839  phosphomethylpyrimidine kinase  35.18 
 
 
449 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.218839 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3496  phosphomethylpyrimidine kinase  35.12 
 
 
268 aa  128  8.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.828772  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4453  phosphomethylpyrimidine kinase  36.08 
 
 
270 aa  128  9.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  0.352817 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2979  phosphomethylpyrimidine kinase  33.73 
 
 
267 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0131  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase  35.83 
 
 
269 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.752831  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2592  phosphomethylpyrimidine kinase  36.9 
 
 
254 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1338  phosphomethylpyrimidine kinase  32.4 
 
 
264 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00019728  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0928  phosphomethylpyrimidine kinase  36.12 
 
 
271 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0346056  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1102  phosphomethylpyrimidine kinase  36.51 
 
 
271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0215379  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5600  hydroxy-methylpyrimidine kinase /hydroxy-phosphomethylpyrimidine kinase  34.77 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429432  normal  0.105983 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1709  phosphomethylpyrimidine kinase  36.4 
 
 
271 aa  127  3e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1310  phosphomethylpyrimidine kinase  36.48 
 
 
268 aa  127  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0399  phosphomethylpyrimidine kinase  34.25 
 
 
254 aa  125  5e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1301  phosphomethylpyrimidine kinase  33.73 
 
 
267 aa  126  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.185406  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0100  bifunctional hydroxy-phosphomethylpyrimidine kinase/hydroxy-methylpyrimidine kinase  36.1 
 
 
301 aa  125  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.504997  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0091  phosphomethylpyrimidine kinase  30.98 
 
 
270 aa  125  7e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1082  phosphomethylpyrimidine kinase  35.44 
 
 
271 aa  125  8.000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3401  phosphomethylpyrimidine kinase  38.06 
 
 
270 aa  125  8.000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3328  phosphomethylpyrimidine kinase  34.66 
 
 
303 aa  125  9e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1545  phosphomethylpyrimidine kinase  32.54 
 
 
264 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.104036  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1376  phosphomethylpyrimidine kinase  32.81 
 
 
266 aa  124  1e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10762  thiamin biosynthesis protein (Thi-4), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G10740)  32.46 
 
 
510 aa  124  2e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.116224  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2250  phosphomethylpyrimidine kinase  36.22 
 
 
268 aa  124  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.660572  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0361  phosphomethylpyrimidine kinase  32.8 
 
 
262 aa  124  2e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000143367  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1813  phosphomethylpyrimidine kinase  37.84 
 
 
275 aa  123  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.319911  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3651  phosphomethylpyrimidine kinase  34.3 
 
 
303 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1700  phosphomethylpyrimidine kinase  27.34 
 
 
273 aa  122  4e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.847021  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09330  phosphomethylpyrimidine kinase  33.07 
 
 
264 aa  123  4e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.387333 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0542  phosphomethylpyrimidine kinase  27.02 
 
 
432 aa  122  4e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0829  putative phosphomethylpyrimidine kinase  29.89 
 
 
283 aa  123  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0605  phosphomethylpyrimidine kinase  36.03 
 
 
267 aa  122  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1419  phosphomethylpyrimidine kinase  33.98 
 
 
450 aa  122  5e-27  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.528826 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0381  phosphomethylpyrimidine kinase  29.8 
 
 
259 aa  122  6e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0914  phosphomethylpyrimidine kinase  31.05 
 
 
269 aa  122  6e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000863  phosphomethylpyrimidine kinase  34.48 
 
 
286 aa  122  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0552  phosphomethylpyrimidine kinase  38.56 
 
 
269 aa  122  6e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00628299 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1407  phosphomethylpyrimidine kinase  34.65 
 
 
267 aa  122  6e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0452  phosphomethylpyrimidine kinase  32.16 
 
 
436 aa  122  8e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.70912 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3814  putative hydroxymethylpyrimidine kinase  32.57 
 
 
286 aa  122  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00579021  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2527  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  35.25 
 
 
323 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0489617 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3232  phosphomethylpyrimidine kinase  38.46 
 
 
453 aa  121  9.999999999999999e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0751  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  34.87 
 
 
288 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.490476  normal  0.122622 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0647  phosphomethylpyrimidine kinase  37.01 
 
 
267 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.988766  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0143  phosphomethylpyrimidine kinase  34.03 
 
 
281 aa  121  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1501  phosphomethylpyrimidine kinase  33.89 
 
 
271 aa  121  9.999999999999999e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0379  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  35.25 
 
 
288 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.204738  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0832  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  35.25 
 
 
288 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00416098  hitchhiker  0.0000421628 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0734  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  34.87 
 
 
288 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.024549  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0861  phosphomethylpyrimidine kinase type-1  35.25 
 
 
288 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3959  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase-like  34.87 
 
 
288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.112165 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0364  phosphomethylpyrimidine kinase  38.98 
 
 
437 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.422328  normal  0.381325 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1881  phosphomethylpyrimidine kinase  33.47 
 
 
444 aa  120  3e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.000178657  normal  0.46671 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1992  phosphomethylpyrimidine kinase  30.95 
 
 
270 aa  120  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1459  phosphomethylpyrimidine kinase ThiD, putative  34.72 
 
 
282 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3152  putative phosphomethylpyrimidine kinase  34.72 
 
 
282 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0984165  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0913  putative phosphomethylpyrimidine kinase ThiD  34.72 
 
 
282 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1498  phosphomethylpyrimidine kinase  31.17 
 
 
257 aa  120  3e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.315358  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>