252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4395 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 285 aa  567  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.181734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5214  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.53 
 
 		 285 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.304626 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.53 
 
 		 285 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622115  normal  0.159546 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.18 
 
 		 289 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.28982  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48420  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  71.01 
 
 		 286 aa  390  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.727055  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70550  hypothetical protein  70.14 
 
 		 283 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.448663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6119  hypothetical protein  70.14 
 
 		 283 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.03 
 
 		 285 aa  387  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0296892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.31 
 
 		 285 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0206  hypothetical protein  63.9 
 
 		 282 aa  360  1e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0070  hypothetical protein  62.82 
 
 		 282 aa  353  1e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.29 
 
 		 292 aa  241  1e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0485  Ketopantoate reductase ApbA/PanE domain protein  43.01 
 
 		 281 aa  202  7e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0902  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.14 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0702  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.49 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.64 
 
 		 276 aa  187  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0993  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.75 
 
 		 286 aa  186  4e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00435885 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2045  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.41 
 
 		 277 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.41 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3719  phosphate ABC transporter permease  37.06 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.01 
 
 		 283 aa  158  9e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.209538  normal  0.040657 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.45 
 
 		 300 aa  142  9e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.37 
 
 		 309 aa  137  1e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.53 
 
 		 280 aa  136  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1782  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.65 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370358  normal  0.55049 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.05 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.861172  normal  0.107005 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.67 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0547097  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.76 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1936  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.76 
 
 		 283 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.72 
 
 		 283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1200  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.24 
 
 		 294 aa  112  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2775  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.85 
 
 		 310 aa  102  7e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.565393 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.841243  normal  0.708537 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0984  hypothetical protein  29.39 
 
 		 289 aa  100  4e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.915194  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1046  hypothetical protein  28.72 
 
 		 289 aa  98.2  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0339  hypothetical protein  30.82 
 
 		 298 aa  98.2  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1336  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.85 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282172  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3597  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.9 
 
 		 291 aa  96.7  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.53 
 
 		 296 aa  95.9  6e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403615 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.7 
 
 		 291 aa  95.9  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1385  hypothetical protein  31.86 
 
 		 279 aa  95.9  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0053  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.86 
 
 		 279 aa  95.5  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0069  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.07 
 
 		 284 aa  94.7  1e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.656046  normal  0.384268 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0297  hypothetical protein  23.78 
 
 		 272 aa  91.3  1e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2036  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.47 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1755  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.22 
 
 		 279 aa  90.5  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3315  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.18 
 
 		 291 aa  90.1  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.454656  normal  0.502777 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2793  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.3 
 
 		 279 aa  89.4  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0706  hypothetical protein  27.5 
 
 		 273 aa  86.7  4e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0946501 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2278  hypothetical protein  28.17 
 
 		 279 aa  83.6  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1005  hypothetical protein  27.11 
 
 		 268 aa  82  0.00000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1818  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.18 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.180368  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2651  hypothetical protein  32.38 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0222  hypothetical protein  36.68 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.377327 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0273  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.84 
 
 		 282 aa  80.9  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2932  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.487981  normal  0.740729 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.478902 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3291  hypothetical protein  35.35 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1096  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.27 
 
 		 275 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95945 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00301  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  23.23 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.979033  normal  0.104273 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3533  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.67 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0978  hypothetical protein  36.22 
 
 		 283 aa  77  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479439  normal  0.119821 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00341  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.43 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0933785  normal  0.079613 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2341  hypothetical protein  33.84 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.908657 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.6 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0955775  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.23 
 
 		 283 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0507401  normal  0.496454 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.9 
 
 		 292 aa  75.5  0.0000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2893  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.77 
 
 		 274 aa  75.5  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000508224 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.67 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4318  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.76 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0036  hypothetical protein  32.84 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 		 273 aa  73.9  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5421  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.02 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625366  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.51 
 
 		 262 aa  73.2  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.74 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.221687 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2661  hypothetical protein  30.95 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2384  hypothetical protein  30.95 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0313191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1356  NAD dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2489  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.04 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41088  predicted protein  31.89 
 
 		 344 aa  71.2  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.309401  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2753  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.75 
 
 		 260 aa  71.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.699934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1723  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.16 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0032  hypothetical protein  27.64 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0029  hypothetical protein  22.78 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.16 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.671139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0024  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.26 
 
 		 289 aa  70.1  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156484  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3683  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.96 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.170441 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.85 
 
 		 327 aa  68.2  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0566866 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2193  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.18 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169967  normal  0.952388 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.52 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  23.53 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.232249  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 		 292 aa  66.6  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0540  hypothetical protein  27.15 
 
 		 313 aa  66.2  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3269  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.7 
 
 		 282 aa  66.2  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 		 318 aa  65.9  0.0000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  24.47 
 
 		 298 aa  65.5  0.0000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0823  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.81 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158805 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>