277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5305 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 285 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622115  normal  0.159546 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5214  NAD-dependent epimerase/dehydratase  98.95 
 
 		 285 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.304626 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  96.83 
 
 		 289 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.28982  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  86.27 
 
 		 285 aa  497  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0296892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.72 
 
 		 285 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.53 
 
 		 285 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.181734 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6119  hypothetical protein  70.4 
 
 		 283 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70550  hypothetical protein  69.31 
 
 		 283 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.448663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0206  hypothetical protein  63.7 
 
 		 282 aa  374  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0070  hypothetical protein  64.06 
 
 		 282 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48420  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  65.22 
 
 		 286 aa  369  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.727055  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.94 
 
 		 292 aa  228  8e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.78 
 
 		 288 aa  202  7e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0485  Ketopantoate reductase ApbA/PanE domain protein  40.07 
 
 		 281 aa  198  7e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0902  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.78 
 
 		 301 aa  196  2.0000000000000003e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.7 
 
 		 276 aa  191  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0993  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.46 
 
 		 286 aa  189  5e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00435885 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3719  phosphate ABC transporter permease  37.93 
 
 		 296 aa  185  8e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0702  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.93 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2045  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 		 277 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.3 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.209538  normal  0.040657 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.9 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.33 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.861172  normal  0.107005 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.89 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0547097  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.33 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1782  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.81 
 
 		 280 aa  128  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370358  normal  0.55049 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2775  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.66 
 
 		 310 aa  124  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.565393 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.75 
 
 		 283 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0984  hypothetical protein  30.33 
 
 		 289 aa  109  5e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.915194  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1046  hypothetical protein  30.33 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.75 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1936  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.75 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1005  hypothetical protein  28.37 
 
 		 268 aa  99.4  7e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1336  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.72 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282172  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0339  hypothetical protein  29.79 
 
 		 298 aa  93.6  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1200  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.841243  normal  0.708537 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0053  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 		 279 aa  92.8  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3533  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.14 
 
 		 291 aa  92.8  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.51 
 
 		 287 aa  92  9e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0946501 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 		 291 aa  91.7  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1755  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.62 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 		 287 aa  90.9  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.478902 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2793  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.05 
 
 		 279 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1385  hypothetical protein  30.3 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3597  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 		 291 aa  90.1  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0706  hypothetical protein  22.65 
 
 		 273 aa  89.7  5e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2278  hypothetical protein  28.33 
 
 		 279 aa  89.7  5e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2036  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.8 
 
 		 279 aa  89  8e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0024  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.45 
 
 		 289 aa  88.2  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156484  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0297  hypothetical protein  22.65 
 
 		 272 aa  88.6  1e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.99 
 
 		 273 aa  87.4  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3291  hypothetical protein  31.56 
 
 		 290 aa  86.7  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0069  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.87 
 
 		 284 aa  86.7  4e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.656046  normal  0.384268 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1096  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 		 275 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95945 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3315  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.5 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.454656  normal  0.502777 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.05 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0273  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33 
 
 		 282 aa  82.4  0.000000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.28 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.221687 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.04 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 		 281 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4318  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.82 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.09 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403615 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1818  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 		 288 aa  79.7  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.180368  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.23 
 
 		 281 aa  79.7  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.861168  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  23.86 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.232249  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2893  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  24.11 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000508224 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0032  hypothetical protein  30.16 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1723  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.88 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2647  hypothetical protein  28.7 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00341  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.89 
 
 		 306 aa  75.9  0.0000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0540  hypothetical protein  28.24 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.5 
 
 		 287 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.151733  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.09 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2341  hypothetical protein  33 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.908657 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.55 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2932  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.11 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.487981  normal  0.740729 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3378  hypothetical protein  28.52 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.697299  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.15 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0823  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.58 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158805 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.85 
 
 		 283 aa  72.8  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0507401  normal  0.496454 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0978  hypothetical protein  34.87 
 
 		 283 aa  72  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479439  normal  0.119821 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1356  NAD dependent epimerase/dehydratase  23.81 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0985  hypothetical protein  26.19 
 
 		 287 aa  71.2  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.00443791  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0029  hypothetical protein  20.34 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.98 
 
 		 287 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.671139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1441  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.96 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5421  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.09 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625366  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.75 
 
 		 302 aa  68.9  0.00000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1572  hypothetical protein  29.65 
 
 		 271 aa  68.6  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0222  hypothetical protein  26.67 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.377327 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.96 
 
 		 262 aa  67.4  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00301  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  21.81 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.979033  normal  0.104273 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  23.81 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3683  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.75 
 
 		 291 aa  67  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.170441 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1708  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.847272  hitchhiker  0.0000000181781 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2661  hypothetical protein  31.25 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2651  hypothetical protein  28.28 
 
 		 287 aa  66.6  0.0000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>