More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1966 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 281 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.861168  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  95.37 
 
 		 281 aa  552  1e-156  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0823  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  57.6 
 
 		 299 aa  344  8e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158805 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.65 
 
 		 291 aa  343  1e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2647  hypothetical protein  57.89 
 
 		 289 aa  335  7e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.53 
 
 		 287 aa  281  9e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.151733  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.42 
 
 		 291 aa  265  5e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0540  hypothetical protein  49.47 
 
 		 313 aa  258  1e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0024  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  43.77 
 
 		 289 aa  231  9e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156484  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.64 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2562  putative oxidoreductase protein  40.85 
 
 		 291 aa  214  9.999999999999999e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1723  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.52 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0280  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.44 
 
 		 296 aa  206  5e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.288428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.26 
 
 		 302 aa  205  9e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3723  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.81 
 
 		 291 aa  204  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1441  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.05 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0667  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.05 
 
 		 322 aa  200  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.83 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3203  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.89 
 
 		 310 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.345502 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.93 
 
 		 305 aa  185  6e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.21 
 
 		 313 aa  185  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.38 
 
 		 315 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.343169  hitchhiker  0.00472002 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.93 
 
 		 318 aa  178  9e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.93 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2193  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.28 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169967  normal  0.952388 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2721  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.8 
 
 		 325 aa  172  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1128  putative oxidoreductase protein  40.56 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799427  normal  0.114242 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2514  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.25 
 
 		 345 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.24 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.06 
 
 		 345 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.480362  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2489  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.06 
 
 		 345 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0793  hypothetical protein  34.27 
 
 		 361 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5821  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 		 345 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0790099 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.54 
 
 		 332 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303852  hitchhiker  0.0000588283 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2433  putative oxidoreductase protein  35.94 
 
 		 341 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.706626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.22 
 
 		 342 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2860  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.83 
 
 		 331 aa  158  8e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.301254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0876  hypothetical protein  34.16 
 
 		 359 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000605644  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0949  hypothetical protein  34.16 
 
 		 359 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0272  hypothetical protein  34.16 
 
 		 359 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0481971  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0806  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.15 
 
 		 343 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1965  hypothetical protein  34.16 
 
 		 362 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0794806  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.85 
 
 		 359 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1152  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.85 
 
 		 362 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0611519  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.98 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0992  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.54 
 
 		 359 aa  149  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00471724  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.46 
 
 		 345 aa  149  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.239653 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.46 
 
 		 345 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1765  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.22 
 
 		 358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0597  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 		 362 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.151892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0830  hypothetical protein  31.6 
 
 		 341 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.952788 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1356  NAD dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  30.96 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0273  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.45 
 
 		 282 aa  119  4.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2341  hypothetical protein  31.01 
 
 		 289 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.908657 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2793  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.07 
 
 		 279 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0036  hypothetical protein  31.38 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00301  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.23 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.979033  normal  0.104273 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1818  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 		 288 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.180368  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2932  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.57 
 
 		 301 aa  112  5e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.487981  normal  0.740729 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.32 
 
 		 287 aa  112  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0946501 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1385  hypothetical protein  32.42 
 
 		 279 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.07 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0053  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.96 
 
 		 279 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3291  hypothetical protein  34.38 
 
 		 290 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 		 287 aa  109  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.671139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2661  hypothetical protein  32.42 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2384  hypothetical protein  33.03 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0313191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3378  hypothetical protein  30.18 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.697299  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3683  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 		 291 aa  107  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.170441 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00341  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.01 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.02 
 
 		 283 aa  104  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0507401  normal  0.496454 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3597  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.9 
 
 		 291 aa  104  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5421  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.58 
 
 		 293 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625366  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.48 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.478902 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3315  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.34 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.454656  normal  0.502777 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.83 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.8 
 
 		 293 aa  99.8  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.755474  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0029  hypothetical protein  25.35 
 
 		 292 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0297  hypothetical protein  27.11 
 
 		 272 aa  97.4  2e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2224  hypothetical protein  27.35 
 
 		 280 aa  96.7  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  25.84 
 
 		 292 aa  97.1  3e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.232249  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2196  hypothetical protein  25.09 
 
 		 280 aa  96.3  5e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1005  hypothetical protein  27.14 
 
 		 268 aa  95.1  1e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0706  hypothetical protein  25.62 
 
 		 273 aa  94  2e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0222  hypothetical protein  30.24 
 
 		 288 aa  94  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.377327 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1200  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.76 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.91 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0933785  normal  0.079613 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1336  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.98 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282172  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.56 
 
 		 327 aa  87.8  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0566866 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0032  hypothetical protein  27.97 
 
 		 307 aa  86.7  4e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 		 290 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.221687 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3533  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.77 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0984  hypothetical protein  30.05 
 
 		 289 aa  82.4  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.915194  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.82 
 
 		 285 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0955775  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2489  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.95 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0702  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.28 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0978  hypothetical protein  26.07 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479439  normal  0.119821 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.09 
 
 		 283 aa  81.3  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.209538  normal  0.040657 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5214  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 		 285 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.304626 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>