271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5353 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 289 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.28982  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  96.83 
 
 		 285 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622115  normal  0.159546 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5214  NAD-dependent epimerase/dehydratase  95.77 
 
 		 285 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.304626 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  85.26 
 
 		 285 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0296892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.37 
 
 		 285 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.18 
 
 		 285 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.181734 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6119  hypothetical protein  69.68 
 
 		 283 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70550  hypothetical protein  69.31 
 
 		 283 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.448663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0206  hypothetical protein  63.7 
 
 		 282 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0070  hypothetical protein  64.06 
 
 		 282 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48420  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  64.13 
 
 		 286 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.727055  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.43 
 
 		 292 aa  223  3e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0485  Ketopantoate reductase ApbA/PanE domain protein  41.13 
 
 		 281 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0902  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.64 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.57 
 
 		 288 aa  198  7.999999999999999e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0993  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.91 
 
 		 286 aa  191  1e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00435885 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.2 
 
 		 276 aa  191  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0702  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.28 
 
 		 292 aa  186  3e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3719  phosphate ABC transporter permease  36.36 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2045  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.28 
 
 		 277 aa  175  8e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.37 
 
 		 283 aa  163  3e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.209538  normal  0.040657 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.98 
 
 		 280 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 		 300 aa  137  1e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.861172  normal  0.107005 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.78 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0547097  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1782  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.81 
 
 		 280 aa  128  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370358  normal  0.55049 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.88 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2775  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.83 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.565393 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0984  hypothetical protein  30.36 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.915194  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1046  hypothetical protein  30.36 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.79 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.11 
 
 		 283 aa  109  5e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1936  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.11 
 
 		 283 aa  108  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1200  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1336  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.05 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282172  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.38 
 
 		 287 aa  94.4  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0946501 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2278  hypothetical protein  28.91 
 
 		 279 aa  93.6  4e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3597  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 		 291 aa  93.6  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.33 
 
 		 291 aa  93.2  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1005  hypothetical protein  27.93 
 
 		 268 aa  92.4  7e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3533  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.81 
 
 		 291 aa  92  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1755  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.89 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2036  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.53 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.11 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.841243  normal  0.708537 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0024  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.49 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156484  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0339  hypothetical protein  29.45 
 
 		 298 aa  89.7  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2793  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 		 279 aa  89.7  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.71 
 
 		 291 aa  89.4  7e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3315  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.43 
 
 		 291 aa  89  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.454656  normal  0.502777 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0069  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 		 284 aa  89  8e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.656046  normal  0.384268 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0053  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 		 279 aa  89  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1385  hypothetical protein  29.29 
 
 		 279 aa  87  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0297  hypothetical protein  22.57 
 
 		 272 aa  86.7  4e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1096  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.35 
 
 		 275 aa  86.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95945 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0706  hypothetical protein  22.57 
 
 		 273 aa  86.3  6e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3291  hypothetical protein  34.52 
 
 		 290 aa  85.9  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0273  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.51 
 
 		 282 aa  83.6  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1818  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.180368  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4318  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.15 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.91 
 
 		 273 aa  81.6  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.221687 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.26 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403615 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.44 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.478902 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.3 
 
 		 281 aa  79.3  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.861168  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2893  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25 
 
 		 274 aa  78.2  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000508224 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 		 292 aa  77.4  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00341  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.89 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.37 
 
 		 281 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2647  hypothetical protein  30.19 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0032  hypothetical protein  30 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2932  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.05 
 
 		 301 aa  76.6  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.487981  normal  0.740729 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0540  hypothetical protein  29.41 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0978  hypothetical protein  35.23 
 
 		 283 aa  75.9  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479439  normal  0.119821 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  23 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.63 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0180719  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1708  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.97 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.847272  hitchhiker  0.0000000181781 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.5 
 
 		 287 aa  72.8  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.151733  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0823  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.91 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158805 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3378  hypothetical protein  27.63 
 
 		 308 aa  71.6  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.697299  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1723  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.1 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.88 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2341  hypothetical protein  31.66 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.908657 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  25.11 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.232249  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 		 283 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0507401  normal  0.496454 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41088  predicted protein  31.32 
 
 		 344 aa  70.1  0.00000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.309401  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.75 
 
 		 302 aa  70.1  0.00000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3683  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.55 
 
 		 291 aa  70.1  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.170441 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2651  hypothetical protein  28.97 
 
 		 287 aa  69.7  0.00000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.96 
 
 		 287 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00301  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  22.3 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.979033  normal  0.104273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.47 
 
 		 287 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.671139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0029  hypothetical protein  20.54 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.19 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0933785  normal  0.079613 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0222  hypothetical protein  29.85 
 
 		 288 aa  67  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.377327 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.65 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.108906  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2755  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.65 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000483985 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.39 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5421  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.53 
 
 		 293 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625366  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>