184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3298 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 305 aa  608  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.95 
 
 		 313 aa  358  7e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.33 
 
 		 318 aa  356  1.9999999999999998e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.67 
 
 		 307 aa  356  2.9999999999999997e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64 
 
 		 318 aa  355  5.999999999999999e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.97 
 
 		 315 aa  352  4e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.343169  hitchhiker  0.00472002 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3203  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.48 
 
 		 310 aa  346  3e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.345502 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2193  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.59 
 
 		 313 aa  325  8.000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169967  normal  0.952388 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1765  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.28 
 
 		 358 aa  295  6e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1128  putative oxidoreductase protein  58.25 
 
 		 302 aa  287  1e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799427  normal  0.114242 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0667  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.51 
 
 		 322 aa  287  2e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3723  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.64 
 
 		 291 aa  285  5.999999999999999e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51364  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.02 
 
 		 302 aa  283  2.0000000000000002e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.17 
 
 		 342 aa  277  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.67 
 
 		 332 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303852  hitchhiker  0.0000588283 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2433  putative oxidoreductase protein  52.19 
 
 		 341 aa  267  2e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.706626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1723  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.4 
 
 		 298 aa  261  6.999999999999999e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2721  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.86 
 
 		 325 aa  261  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2562  putative oxidoreductase protein  52.11 
 
 		 291 aa  261  1e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0793  hypothetical protein  48.14 
 
 		 361 aa  258  9e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1441  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.51 
 
 		 295 aa  254  9e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.32 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0280  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  52.46 
 
 		 296 aa  250  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.288428  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1965  hypothetical protein  49.23 
 
 		 362 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0794806  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0949  hypothetical protein  49.23 
 
 		 359 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0876  hypothetical protein  49.23 
 
 		 359 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000605644  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0272  hypothetical protein  49.23 
 
 		 359 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0481971  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1152  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.92 
 
 		 362 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0611519  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.92 
 
 		 359 aa  245  8e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0597  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.7 
 
 		 362 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.151892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2514  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.13 
 
 		 345 aa  242  6e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0992  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.3 
 
 		 359 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00471724  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2860  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.75 
 
 		 331 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.301254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.65 
 
 		 345 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.65 
 
 		 345 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.239653 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.92 
 
 		 345 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.480362  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2489  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.92 
 
 		 345 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0806  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.81 
 
 		 343 aa  235  7e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5821  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.06 
 
 		 345 aa  230  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0790099 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0830  hypothetical protein  47.09 
 
 		 341 aa  229  5e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.952788 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0540  hypothetical protein  45.36 
 
 		 313 aa  224  1e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0823  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.66 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158805 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2647  hypothetical protein  42.61 
 
 		 289 aa  210  3e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.56 
 
 		 291 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0024  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.34 
 
 		 289 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156484  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.93 
 
 		 281 aa  185  7e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.861168  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.22 
 
 		 281 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.96 
 
 		 292 aa  182  6e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.98 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.3 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.151733  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3315  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.77 
 
 		 291 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.454656  normal  0.502777 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.75 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0222  hypothetical protein  35.86 
 
 		 288 aa  116  5e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.377327 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1200  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1818  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.89 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.180368  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.63 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.478902 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2793  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.46 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3597  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.64 
 
 		 291 aa  103  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0273  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.93 
 
 		 282 aa  102  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.23 
 
 		 291 aa  102  7e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5421  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.25 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625366  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.17 
 
 		 327 aa  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0566866 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.9 
 
 		 287 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0946501 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3291  hypothetical protein  35.38 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.22 
 
 		 287 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.671139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2341  hypothetical protein  36.22 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.908657 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.1 
 
 		 283 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0507401  normal  0.496454 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00341  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.42 
 
 		 306 aa  97.1  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3378  hypothetical protein  31.63 
 
 		 308 aa  97.1  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.697299  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0053  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.96 
 
 		 279 aa  96.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1385  hypothetical protein  32.96 
 
 		 279 aa  96.3  6e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2661  hypothetical protein  34.98 
 
 		 289 aa  94  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3683  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.35 
 
 		 291 aa  93.2  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.170441 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.36 
 
 		 290 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.221687 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2224  hypothetical protein  25.87 
 
 		 280 aa  92.4  9e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2384  hypothetical protein  34.98 
 
 		 289 aa  92.4  9e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0313191  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2196  hypothetical protein  25.89 
 
 		 280 aa  92  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1336  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.93 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282172  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1356  NAD dependent epimerase/dehydratase  30.49 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4318  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0036  hypothetical protein  34.96 
 
 		 317 aa  89.7  5e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  30.08 
 
 		 298 aa  87  3e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.74 
 
 		 292 aa  85.5  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.54 
 
 		 285 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0955775  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2932  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.51 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.487981  normal  0.740729 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0984  hypothetical protein  29.81 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.915194  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3533  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.22 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00301  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.75 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.979033  normal  0.104273 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1046  hypothetical protein  29.17 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  27.4 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.232249  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00281  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.03 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.755474  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0029  hypothetical protein  26.57 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2489  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.68 
 
 		 286 aa  77  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0339  hypothetical protein  29.43 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0297  hypothetical protein  24.3 
 
 		 272 aa  76.6  0.0000000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0032  hypothetical protein  32.82 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0706  hypothetical protein  23.24 
 
 		 273 aa  74.3  0.000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1782  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.49 
 
 		 280 aa  74.3  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370358  normal  0.55049 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2045  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.96 
 
 		 277 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0978  hypothetical protein  36.32 
 
 		 283 aa  72.8  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479439  normal  0.119821 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>