More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3871 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3871  MotA/TolQ/ExbB proton channel  100 
 
 
449 aa  863    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3755  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  38.94 
 
 
449 aa  332  7.000000000000001e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1518  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.59 
 
 
451 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.298092  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2651  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.06 
 
 
451 aa  316  6e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12619  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.23 
 
 
451 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0356539  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2989  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.86 
 
 
450 aa  308  9e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.347147  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.53 
 
 
469 aa  308  9e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297335  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0607  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.21 
 
 
478 aa  308  2.0000000000000002e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00882438  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1641  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.4 
 
 
451 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0893157  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1663  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.86 
 
 
451 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204687  normal  0.14505 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2717  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.86 
 
 
451 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0125203  decreased coverage  0.0000000188451 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1626  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.4 
 
 
451 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3975  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  41.28 
 
 
457 aa  304  2.0000000000000002e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1825  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  42.99 
 
 
451 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001857  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  43.17 
 
 
453 aa  303  3.0000000000000004e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.72 
 
 
451 aa  301  2e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000348965  hitchhiker  0.00000191471 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2463  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.5 
 
 
451 aa  300  3e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00080951  hitchhiker  0.00000350745 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2533  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.27 
 
 
451 aa  299  7e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0106655  unclonable  0.0000291193 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03434  putative Tol protein  40.13 
 
 
454 aa  299  9e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3078  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.48 
 
 
451 aa  298  1e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00501831  hitchhiker  0.0000206592 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00636  biopolymer transport protein  43.41 
 
 
453 aa  297  3e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2477  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.69 
 
 
451 aa  294  2e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373641  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.37 
 
 
451 aa  293  4e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00264646  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1255  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  41.89 
 
 
451 aa  293  5e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.429171  unclonable  0.0000153929 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0353  TonB system biopolymer transport component  38.6 
 
 
460 aa  280  4e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.899068  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2424  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.46 
 
 
450 aa  278  2e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00633842  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0904  Biopolymer transport protein TolR  37.27 
 
 
453 aa  266  5e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1153  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  38.24 
 
 
457 aa  266  5.999999999999999e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06759  hypothetical protein  39.76 
 
 
455 aa  265  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0112  biopolymer transport protein TolR  39.14 
 
 
451 aa  265  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02813  TonB system biopolymer transport component  43.07 
 
 
343 aa  263  4e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000924577  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0869  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.4 
 
 
462 aa  261  1e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000847  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  41.88 
 
 
455 aa  259  8e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1616  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.82 
 
 
469 aa  248  2e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0436  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  41.62 
 
 
403 aa  208  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0887055  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2153  transport protein TolQ-like  33.76 
 
 
474 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.337835  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  32.22 
 
 
470 aa  160  3e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  32.03 
 
 
465 aa  157  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.15 
 
 
576 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000125272  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1654  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.12 
 
 
480 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.759397  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3524  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.3 
 
 
469 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2815  biopolymer transport proteins-like  37.02 
 
 
464 aa  107  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00525326  hitchhiker  0.00000294383 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2157  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.4 
 
 
488 aa  100  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.08 
 
 
208 aa  96.7  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.22 
 
 
209 aa  89.4  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1737  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.04 
 
 
201 aa  89  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0638355  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0580  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.41 
 
 
235 aa  87  6e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00547042  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.07 
 
 
218 aa  85.1  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3563  ATPase  31.22 
 
 
220 aa  84  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.363023  normal  0.586206 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2178  putative tolQ-type transport protein  37.5 
 
 
211 aa  84  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25490  putative tolQ-type transport protein  37.5 
 
 
211 aa  84  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0178753  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0539  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.85 
 
 
222 aa  83.6  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.977509  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2154  biopolymer transport protein (ExbB)-like  53.57 
 
 
208 aa  83.6  0.000000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2957  biopolymer transport proteins-like  30.58 
 
 
242 aa  82.8  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000846  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  33.54 
 
 
184 aa  80.5  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.03 
 
 
253 aa  80.1  0.00000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0561  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.52 
 
 
199 aa  79.7  0.00000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.305166 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.22 
 
 
206 aa  79.7  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4465  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.73 
 
 
224 aa  79  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.163965  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4310  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.73 
 
 
224 aa  79  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4446  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.73 
 
 
224 aa  79  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4455  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.32 
 
 
226 aa  78.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0242  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.98 
 
 
218 aa  78.6  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.246943  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.86 
 
 
214 aa  78.2  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0485  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  36.09 
 
 
206 aa  77.4  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18294  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0645  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.09 
 
 
206 aa  77.4  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557109  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1152  TonB system transport protein ExbB2  46.51 
 
 
180 aa  77  0.0000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1087  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.56 
 
 
598 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000962589  normal  0.110672 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.68 
 
 
208 aa  76.3  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3073  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.73 
 
 
211 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1248  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34 
 
 
210 aa  75.9  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2391  biopolymer transport protein  38.33 
 
 
234 aa  75.1  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06758  hypothetical protein  32.32 
 
 
184 aa  74.3  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0809  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.13 
 
 
227 aa  74.3  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1396  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.39 
 
 
220 aa  73.2  0.000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.739677  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0442  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.83 
 
 
211 aa  73.2  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2992  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.71 
 
 
655 aa  73.6  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0423324 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1521  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.14 
 
 
238 aa  73.2  0.000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.565129  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1510  exbB-like biopolymer transport  37.59 
 
 
201 aa  73.2  0.000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.232406  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2238  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  37.5 
 
 
607 aa  72.4  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.363335  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0262  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.43 
 
 
243 aa  71.6  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0861801  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2404  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39 
 
 
555 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1598  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.9 
 
 
221 aa  70.9  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506582  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1721  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.46 
 
 
241 aa  70.9  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0001524  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2920  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.81 
 
 
680 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0287  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.23 
 
 
216 aa  70.5  0.00000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0754216  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0226  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.61 
 
 
240 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1810  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.47 
 
 
235 aa  70.1  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.894281  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1226  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.03 
 
 
217 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0387  biopolymer transport protein  42.05 
 
 
220 aa  69.7  0.00000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0351  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.05 
 
 
220 aa  69.7  0.00000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02770  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  29.17 
 
 
246 aa  69.7  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0631  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  41.49 
 
 
204 aa  69.3  0.0000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.372688 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00590  biopolymer transport protein  43.9 
 
 
220 aa  69.3  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.421222  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2347  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.95 
 
 
221 aa  69.3  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.11073  normal  0.0518868 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0268  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.08 
 
 
252 aa  69.7  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2220  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.81 
 
 
671 aa  69.7  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.350798  normal  0.274856 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2018  biopolymer transport protein  42.86 
 
 
275 aa  68.9  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3697  tonB-system energizer ExbB  38.46 
 
 
316 aa  68.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0290  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.23 
 
 
252 aa  68.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.225424  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>