More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2157 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2157  MotA/TolQ/ExbB proton channel  100 
 
 
488 aa  977    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2815  biopolymer transport proteins-like  37.33 
 
 
464 aa  236  8e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00525326  hitchhiker  0.00000294383 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0607  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35 
 
 
478 aa  121  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00882438  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06759  hypothetical protein  35.22 
 
 
455 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.82 
 
 
576 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000125272  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1654  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.78 
 
 
480 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.759397  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1616  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.44 
 
 
469 aa  110  7.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2153  transport protein TolQ-like  34.33 
 
 
474 aa  109  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.337835  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001857  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  38.25 
 
 
453 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0112  biopolymer transport protein TolR  27.96 
 
 
451 aa  108  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0904  Biopolymer transport protein TolR  32.42 
 
 
453 aa  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  29.21 
 
 
465 aa  105  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2154  biopolymer transport protein (ExbB)-like  29.33 
 
 
208 aa  103  9e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00636  biopolymer transport protein  39.07 
 
 
453 aa  103  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1153  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  33.06 
 
 
457 aa  101  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000847  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  34.4 
 
 
455 aa  100  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.7 
 
 
208 aa  99.4  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03434  putative Tol protein  31.71 
 
 
454 aa  99.4  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.52 
 
 
469 aa  98.2  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297335  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0353  TonB system biopolymer transport component  31.45 
 
 
460 aa  96.3  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.899068  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.04 
 
 
209 aa  94  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1737  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.03 
 
 
201 aa  93.6  7e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0638355  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3975  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  31.43 
 
 
457 aa  93.6  8e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  31.89 
 
 
470 aa  93.6  8e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0869  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.5 
 
 
462 aa  93.6  8e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.65 
 
 
218 aa  92  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0436  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  32.61 
 
 
403 aa  90.5  7e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0887055  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3755  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  28.82 
 
 
449 aa  87.8  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3871  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.1 
 
 
449 aa  86.7  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1396  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.06 
 
 
220 aa  86.3  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.739677  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0580  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.06 
 
 
235 aa  85.9  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00547042  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1518  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.81 
 
 
451 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.298092  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0387  biopolymer transport protein  35.57 
 
 
220 aa  84.7  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0351  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.57 
 
 
220 aa  84.7  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.1 
 
 
208 aa  83.2  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1255  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  42.71 
 
 
451 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.429171  unclonable  0.0000153929 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1655  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.86 
 
 
218 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.393099  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0899  biopolymer MotA/TolQ/ExbB proton channel family transporter  44.21 
 
 
214 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197081  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4594  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.16 
 
 
215 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2424  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.2 
 
 
450 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00633842  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2651  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.67 
 
 
451 aa  80.1  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12619  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.3 
 
 
451 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0356539  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.24 
 
 
451 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000348965  hitchhiker  0.00000191471 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2717  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.24 
 
 
451 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0125203  decreased coverage  0.0000000188451 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.22 
 
 
451 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00264646  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.2 
 
 
214 aa  79.7  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2533  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.24 
 
 
451 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0106655  unclonable  0.0000291193 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2463  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.24 
 
 
451 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00080951  hitchhiker  0.00000350745 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1626  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.24 
 
 
451 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.24 
 
 
206 aa  79  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1641  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.24 
 
 
451 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0893157  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1663  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.24 
 
 
451 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204687  normal  0.14505 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0268  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.35 
 
 
252 aa  79  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25490  putative tolQ-type transport protein  43.14 
 
 
211 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0178753  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0279  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.35 
 
 
252 aa  79  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2178  putative tolQ-type transport protein  43.14 
 
 
211 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0290  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.35 
 
 
252 aa  79  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.225424  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2477  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.62 
 
 
451 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373641  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3078  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.62 
 
 
451 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00501831  hitchhiker  0.0000206592 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00590  biopolymer transport protein  39.13 
 
 
220 aa  78.2  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.421222  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0226  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.57 
 
 
240 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2391  biopolymer transport protein  37.93 
 
 
234 aa  77.4  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1825  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  40.62 
 
 
451 aa  77  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0485  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  38.98 
 
 
206 aa  77  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18294  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25.97 
 
 
253 aa  77  0.0000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0645  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.98 
 
 
206 aa  77  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557109  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1248  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.43 
 
 
210 aa  77  0.0000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0595  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.46 
 
 
235 aa  76.3  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0911  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  41 
 
 
253 aa  75.9  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3524  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.17 
 
 
469 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0595  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.41 
 
 
231 aa  74.3  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225479  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0537  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.73 
 
 
206 aa  74.3  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000013307  unclonable  0.0000000588107 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0809  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.19 
 
 
227 aa  73.6  0.000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1048  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40 
 
 
254 aa  73.6  0.000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0669  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  31.85 
 
 
218 aa  72.8  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0608  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.5 
 
 
174 aa  72.8  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00236146  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0290  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.86 
 
 
255 aa  73.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0673  TonB system transport protein ExbB  36.51 
 
 
230 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.649257  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4481  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.21 
 
 
230 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1521  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.73 
 
 
238 aa  72  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.565129  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2399  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.42 
 
 
206 aa  71.2  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0433367  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0149  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.54 
 
 
251 aa  71.2  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000197157  hitchhiker  0.00713803 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4648  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.68 
 
 
218 aa  70.9  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.388023  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0561  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.05 
 
 
199 aa  70.1  0.00000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.305166 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02500  transport protein ExbB  28.5 
 
 
239 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102562  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0280  transport protein ExbB  28.5 
 
 
239 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4430  protein TolQ  29.94 
 
 
232 aa  69.3  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.46646 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0296  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.53 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0686936 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3534  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
238 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0125924  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1510  exbB-like biopolymer transport  31.66 
 
 
201 aa  68.9  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.232406  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1559  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.06 
 
 
244 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.413379  hitchhiker  0.000693318 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5226  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.02 
 
 
239 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3985  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
238 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.912211  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3217  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.15 
 
 
202 aa  68.6  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.581955  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0442  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  31.17 
 
 
218 aa  68.2  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.256552  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2288  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.17 
 
 
255 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.018697  decreased coverage  0.0000321635 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2978  TolQ protein  27.37 
 
 
223 aa  68.2  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11810  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.24 
 
 
216 aa  68.6  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2604  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.72 
 
 
238 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2805  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.76 
 
 
206 aa  68.6  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00166663  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>