More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0353 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0353  TonB system biopolymer transport component  100 
 
 
460 aa  929    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.899068  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03434  putative Tol protein  46.77 
 
 
454 aa  393  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.84 
 
 
469 aa  390  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297335  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3975  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  45.23 
 
 
457 aa  385  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.13 
 
 
451 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0356539  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2651  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.13 
 
 
451 aa  326  6e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12619  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3755  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  39.17 
 
 
449 aa  322  9.999999999999999e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2989  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.26 
 
 
450 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.347147  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1518  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.47 
 
 
451 aa  319  6e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.298092  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.47 
 
 
451 aa  311  2e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00264646  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2477  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.34 
 
 
451 aa  311  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373641  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2424  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.86 
 
 
450 aa  311  2e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00633842  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2533  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.12 
 
 
451 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0106655  unclonable  0.0000291193 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2463  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.39 
 
 
451 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00080951  hitchhiker  0.00000350745 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3078  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.13 
 
 
451 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00501831  hitchhiker  0.0000206592 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1825  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  41.83 
 
 
451 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.83 
 
 
451 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000348965  hitchhiker  0.00000191471 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1255  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  43.68 
 
 
451 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.429171  unclonable  0.0000153929 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1641  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.86 
 
 
451 aa  302  1e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0893157  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2717  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.29 
 
 
451 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0125203  decreased coverage  0.0000000188451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1663  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.29 
 
 
451 aa  302  1e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204687  normal  0.14505 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1626  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.86 
 
 
451 aa  301  2e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001857  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  37.34 
 
 
453 aa  296  5e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00636  biopolymer transport protein  37.74 
 
 
453 aa  292  1e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0607  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.3 
 
 
478 aa  289  7e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00882438  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3871  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.29 
 
 
449 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02813  TonB system biopolymer transport component  45.14 
 
 
343 aa  261  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000924577  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0869  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.39 
 
 
462 aa  246  6e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1153  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  31.49 
 
 
457 aa  211  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0112  biopolymer transport protein TolR  33.64 
 
 
451 aa  208  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0904  Biopolymer transport protein TolR  32.27 
 
 
453 aa  207  3e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06759  hypothetical protein  31.93 
 
 
455 aa  205  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0436  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  36.95 
 
 
403 aa  193  5e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0887055  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1616  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.44 
 
 
469 aa  187  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000847  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  32.24 
 
 
455 aa  182  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2153  transport protein TolQ-like  25.51 
 
 
474 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.337835  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1654  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.8 
 
 
480 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.759397  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  28.47 
 
 
465 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  41.91 
 
 
470 aa  117  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.22 
 
 
576 aa  114  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000125272  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2815  biopolymer transport proteins-like  35.71 
 
 
464 aa  97.4  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00525326  hitchhiker  0.00000294383 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2157  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.45 
 
 
488 aa  96.7  8e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0485  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  36.69 
 
 
206 aa  90.9  5e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18294  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0645  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.69 
 
 
206 aa  90.9  5e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557109  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.29 
 
 
253 aa  90.1  7e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.58 
 
 
206 aa  89  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.38 
 
 
218 aa  87  7e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.17 
 
 
214 aa  82.4  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.28 
 
 
209 aa  81.6  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3524  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25.05 
 
 
469 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0631  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  31.94 
 
 
204 aa  81.3  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2178  putative tolQ-type transport protein  36.11 
 
 
211 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25490  putative tolQ-type transport protein  36.11 
 
 
211 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0178753  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1737  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.16 
 
 
201 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0638355  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.1 
 
 
208 aa  79.7  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1510  exbB-like biopolymer transport  36.76 
 
 
201 aa  78.2  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.232406  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2528  biopolymer transport EXBB-like transmembrane protein  36.9 
 
 
206 aa  76.3  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0033963  normal  0.0481325 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1248  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.14 
 
 
210 aa  76.3  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1731  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.53 
 
 
207 aa  75.1  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2399  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.31 
 
 
206 aa  73.6  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0433367  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2391  biopolymer transport protein  28.71 
 
 
234 aa  73.6  0.000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1505  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  33.85 
 
 
206 aa  73.2  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000130364  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0351  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.25 
 
 
220 aa  72  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0387  biopolymer transport protein  31.25 
 
 
220 aa  72  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0536  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.45 
 
 
209 aa  71.6  0.00000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.75 
 
 
208 aa  71.2  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4455  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25.96 
 
 
226 aa  71.2  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0242  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.8 
 
 
218 aa  71.2  0.00000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.246943  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2154  biopolymer transport protein (ExbB)-like  42.7 
 
 
208 aa  70.5  0.00000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0539  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.72 
 
 
222 aa  70.5  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.977509  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2805  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.71 
 
 
206 aa  70.5  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00166663  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0595  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.79 
 
 
231 aa  69.7  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225479  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3217  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.06 
 
 
202 aa  69.3  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.581955  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2483  putative biopolymer transport exbB-like transmembrane protein  33.33 
 
 
213 aa  68.6  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0658113  normal  0.425168 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1029  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.43 
 
 
203 aa  68.6  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000146441  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2553  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.66 
 
 
192 aa  68.2  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00158299 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0580  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.5 
 
 
235 aa  68.2  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00547042  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0349  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.15 
 
 
226 aa  68.2  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.931428  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06758  hypothetical protein  31.01 
 
 
184 aa  67.8  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1396  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.74 
 
 
220 aa  67.8  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.739677  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0633  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.36 
 
 
248 aa  67  0.0000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11810  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.51 
 
 
216 aa  67  0.0000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1963  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.45 
 
 
248 aa  66.6  0.0000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.075566  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0603  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.45 
 
 
248 aa  66.6  0.0000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0290  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.93 
 
 
252 aa  66.6  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.225424  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1152  TonB system transport protein ExbB2  35.65 
 
 
180 aa  66.6  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2279  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.3 
 
 
233 aa  66.6  0.0000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0525667  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0279  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.93 
 
 
252 aa  66.6  0.0000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0172  TonB system transport protein ExbB  38.83 
 
 
253 aa  66.2  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4090  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.71 
 
 
280 aa  66.2  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0268  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.93 
 
 
252 aa  66.6  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4089  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.13 
 
 
236 aa  66.2  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.369389  normal  0.337836 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06640  putative biopolymer transport protein  28.96 
 
 
228 aa  65.9  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.304214  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0537  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.19 
 
 
206 aa  66.2  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000013307  unclonable  0.0000000588107 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4430  protein TolQ  27.22 
 
 
232 aa  66.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.46646 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4465  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.4 
 
 
224 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.163965  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00590  biopolymer transport protein  42.11 
 
 
220 aa  65.9  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.421222  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.99 
 
 
210 aa  65.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0594941  decreased coverage  0.0034613 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4310  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.4 
 
 
224 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0752  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.95 
 
 
268 aa  65.5  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00339966  normal  0.664237 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>