More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2220 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2220  MotA/TolQ/ExbB proton channel  100 
 
 		 671 aa  1333    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.350798  normal  0.274856 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2920  MotA/TolQ/ExbB proton channel  63.78 
 
 		 680 aa  825    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2992  MotA/TolQ/ExbB proton channel  60.49 
 
 		 655 aa  735    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0423324 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1087  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.73 
 
 		 598 aa  558  1e-157  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000962589  normal  0.110672 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2105  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.69 
 
 		 585 aa  484  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.794323 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2498  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.75 
 
 		 599 aa  437  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.855406 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55360  transport protein ExbB2  43.2 
 
 		 615 aa  438  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0512673  normal  0.0265066 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2199  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.98 
 
 		 594 aa  433  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4817  transport protein ExbB2  42.4 
 
 		 608 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.966305  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2404  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.13 
 
 		 555 aa  421  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2238  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  40.31 
 
 		 607 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.363335  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1459  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.26 
 
 		 603 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2609  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.9 
 
 		 598 aa  389  1e-107  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2570  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.71 
 
 		 551 aa  363  6e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0357  putative transport protein ExbB2  47.12 
 
 		 555 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0867857 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0752  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25.86 
 
 		 268 aa  94.4  6e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00339966  normal  0.664237 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0856  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.56 
 
 		 225 aa  94.4  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.339673  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0923  protein TolQ  32.52 
 
 		 248 aa  94.4  7e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130209 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1761  TolQ protein  30.23 
 
 		 237 aa  93.6  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0413  TolQ  30.23 
 
 		 237 aa  93.6  1e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0635098  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0841  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.31 
 
 		 311 aa  92.4  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3059  Tol-Pal system TolQ  31.78 
 
 		 274 aa  91.7  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0421006  normal  0.170634 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3629  tolQ protein  32.05 
 
 		 228 aa  91.3  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3325  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.25 
 
 		 234 aa  89  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.642372 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1907  ExbB/TolQ family protein  32.52 
 
 		 220 aa  89.4  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2364  protein TolQ  32.89 
 
 		 231 aa  89  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.501441 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1215  Tol-Pal system TolQ  31.34 
 
 		 236 aa  88.6  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.21017  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2902  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.36 
 
 		 238 aa  87.8  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0078158  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1308  protein TolQ  31.05 
 
 		 236 aa  88.2  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3174  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.09 
 
 		 243 aa  87.8  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0147  protein TolQ  31.47 
 
 		 235 aa  87.8  6e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0206  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.63 
 
 		 224 aa  87.8  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000366729  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0273  protein TolQ  30.53 
 
 		 241 aa  87.4  7e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.673317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6884  TolQ protein  29.77 
 
 		 237 aa  86.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0859687  normal  0.084864 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0282  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.91 
 
 		 230 aa  86.3  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.235807  hitchhiker  0.000672493 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0065  protein TolQ  31.02 
 
 		 233 aa  86.3  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.566643  normal  0.905632 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.14 
 
 		 227 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00529693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1239  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.86 
 
 		 223 aa  86.3  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1642  protein TolQ  32.13 
 
 		 236 aa  85.9  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528905  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0064  TolQ protein  31.02 
 
 		 233 aa  86.3  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0296877  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3326  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.86 
 
 		 223 aa  85.1  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.589276  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2630  Tol-Pal system TolQ  36.05 
 
 		 239 aa  85.5  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2720  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.3 
 
 		 237 aa  85.1  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2978  TolQ protein  36.42 
 
 		 223 aa  85.5  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1809  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.14 
 
 		 237 aa  85.5  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.280539  normal  0.488626 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3515  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.3 
 
 		 237 aa  85.5  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0208141  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1700  tolQ protein  32.11 
 
 		 236 aa  85.1  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0595  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.38 
 
 		 235 aa  85.1  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1459  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.55 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4754  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.77 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0862  protein TolQ  30.04 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000829474  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5112  hypothetical protein  27.59 
 
 		 376 aa  84.3  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.690635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0747  protein TolQ  35.77 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.958202 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0136  protein TolQ  26.99 
 
 		 232 aa  84  0.000000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3390  protein TolQ  35.57 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.431246  normal  0.281119 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0259  biopolymer transport protein  30.29 
 
 		 227 aa  84  0.000000000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0316714  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2214  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30 
 
 		 232 aa  84  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1532  hypothetical protein  26.61 
 
 		 224 aa  82  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1451  hypothetical protein  26.61 
 
 		 224 aa  82  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3618  protein TolQ  38.58 
 
 		 239 aa  82  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2532  peptidase A8, signal peptidase II  29.11 
 
 		 231 aa  82  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00489789  normal  0.411252 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0468  TonB system transport protein ExbB  45.88 
 
 		 143 aa  81.6  0.00000000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1854  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.07 
 
 		 229 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0235502  normal  0.794171 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0559  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.94 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.794955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4763  protein TolQ  37.4 
 
 		 238 aa  80.5  0.00000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3204  protein TolQ  46.6 
 
 		 239 aa  80.5  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.129492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0585  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.08 
 
 		 263 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.127539  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5230  protein TolQ  37.4 
 
 		 238 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.811663  normal  0.0703567 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3499  protein TolQ  45.63 
 
 		 239 aa  79.7  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.130049 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5305  protein TolQ  37.4 
 
 		 238 aa  80.5  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.442812  normal  0.461474 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1214  protein TolQ  32.38 
 
 		 238 aa  79.7  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0245  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.09 
 
 		 235 aa  80.1  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0269  hypothetical protein  23.16 
 
 		 756 aa  79  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0292  hypothetical protein  23.16 
 
 		 756 aa  79  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0902  hypothetical protein  23.16 
 
 		 756 aa  79  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3473  protein TolQ  27.1 
 
 		 227 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.110028  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2941  protein TolQ  32.02 
 
 		 236 aa  78.6  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3975  tolQ protein  30.84 
 
 		 231 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0234616  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1412  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.84 
 
 		 231 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0108204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0672  biopolymer transport protein, TolQ  33.94 
 
 		 232 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00353274  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4433  protein TolQ  41.58 
 
 		 238 aa  79  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0339426  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2325  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.94 
 
 		 232 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.928005  normal  0.316985 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3579  protein TolQ  27.83 
 
 		 224 aa  78.6  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0683  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.96 
 
 		 231 aa  78.6  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.303112  normal  0.112554 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1588  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.97 
 
 		 243 aa  78.2  0.0000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.16518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36670  TolQ proton channel  30.28 
 
 		 231 aa  78.2  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0994349  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3510  protein TolQ  27.83 
 
 		 224 aa  77.8  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0310094  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4405  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.44 
 
 		 221 aa  77.4  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0344768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0563  protein TolQ  28 
 
 		 230 aa  77.8  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.533269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0697  protein TolQ  25.88 
 
 		 257 aa  77.4  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.553708  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0696  protein TolQ  25.88 
 
 		 257 aa  77.4  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3165  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.45 
 
 		 229 aa  77  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2734  protein TolQ  27.51 
 
 		 229 aa  77  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.252045  hitchhiker  0.000106629 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0662  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25.88 
 
 		 247 aa  76.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.391375  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2463  protein TolQ  30.3 
 
 		 234 aa  76.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0263661  normal  0.458025 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0725  protein TolQ  32.71 
 
 		 230 aa  76.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.750364  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1524  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.75 
 
 		 229 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0123133  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0390  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.14 
 
 		 227 aa  76.3  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2191  Tol-Pal system TolQ  27.78 
 
 		 226 aa  76.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000779627  normal  0.358656 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1274  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.37 
 
 		 231 aa  76.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232758  normal  0.304845 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>