More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2477 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1825  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  77.28 
 
 
451 aa  691    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2463  MotA/TolQ/ExbB proton channel  80.85 
 
 
451 aa  720    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00080951  hitchhiker  0.00000350745 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  80.62 
 
 
451 aa  719    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000348965  hitchhiker  0.00000191471 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1663  MotA/TolQ/ExbB proton channel  80.62 
 
 
451 aa  719    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204687  normal  0.14505 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1641  MotA/TolQ/ExbB proton channel  79.96 
 
 
451 aa  718    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0893157  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2477  MotA/TolQ/ExbB proton channel  100 
 
 
451 aa  903    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373641  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1255  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  79.73 
 
 
451 aa  699    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.429171  unclonable  0.0000153929 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1518  MotA/TolQ/ExbB proton channel  81.07 
 
 
451 aa  748    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.298092  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1626  MotA/TolQ/ExbB proton channel  79.96 
 
 
451 aa  716    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2533  MotA/TolQ/ExbB proton channel  81.07 
 
 
451 aa  722    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0106655  unclonable  0.0000291193 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  79.73 
 
 
451 aa  709    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00264646  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  85.81 
 
 
451 aa  785    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0356539  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2424  MotA/TolQ/ExbB proton channel  80.62 
 
 
450 aa  706    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00633842  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3078  MotA/TolQ/ExbB proton channel  88.91 
 
 
451 aa  779    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00501831  hitchhiker  0.0000206592 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2651  MotA/TolQ/ExbB proton channel  83.81 
 
 
451 aa  766    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12619  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2717  MotA/TolQ/ExbB proton channel  80.62 
 
 
451 aa  718    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0125203  decreased coverage  0.0000000188451 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3755  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  49 
 
 
449 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2989  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.01 
 
 
450 aa  409  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.347147  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001857  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  44.62 
 
 
453 aa  383  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00636  biopolymer transport protein  44.39 
 
 
453 aa  375  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0607  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.28 
 
 
478 aa  360  2e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00882438  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03434  putative Tol protein  42.79 
 
 
454 aa  353  5e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3975  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  41.16 
 
 
457 aa  345  7e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02813  TonB system biopolymer transport component  50.73 
 
 
343 aa  336  5.999999999999999e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000924577  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0869  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.27 
 
 
462 aa  330  3e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0353  TonB system biopolymer transport component  41.34 
 
 
460 aa  327  3e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.899068  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.72 
 
 
469 aa  323  6e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297335  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3871  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.57 
 
 
449 aa  298  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1153  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  40.32 
 
 
457 aa  284  3.0000000000000004e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06759  hypothetical protein  38.05 
 
 
455 aa  281  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0112  biopolymer transport protein TolR  40.1 
 
 
451 aa  265  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000847  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  39.07 
 
 
455 aa  261  1e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0904  Biopolymer transport protein TolR  37.44 
 
 
453 aa  253  4.0000000000000004e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1616  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.12 
 
 
469 aa  219  8.999999999999998e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0436  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  34.98 
 
 
403 aa  197  5.000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0887055  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2153  transport protein TolQ-like  27.72 
 
 
474 aa  150  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.337835  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.98 
 
 
576 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000125272  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  26.95 
 
 
470 aa  139  8.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  26.82 
 
 
465 aa  126  9e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1654  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.83 
 
 
480 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.759397  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2815  biopolymer transport proteins-like  32.38 
 
 
464 aa  94  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00525326  hitchhiker  0.00000294383 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1737  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.54 
 
 
201 aa  89.7  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0638355  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.34 
 
 
218 aa  87.8  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02770  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  31.41 
 
 
246 aa  86.7  8e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3524  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.25 
 
 
469 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.85 
 
 
209 aa  85.5  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.82 
 
 
253 aa  84  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2154  biopolymer transport protein (ExbB)-like  43.44 
 
 
208 aa  83.2  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0242  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.6 
 
 
218 aa  82.8  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.246943  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2157  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.74 
 
 
488 aa  82  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06758  hypothetical protein  34.38 
 
 
184 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2988  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.18 
 
 
174 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.649663  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1664  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.49 
 
 
175 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0648284  normal  0.131005 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1152  TonB system transport protein ExbB2  55.56 
 
 
180 aa  80.9  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0113  TonB system transport protein ExbB2  34.38 
 
 
169 aa  80.1  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3563  ATPase  28.57 
 
 
220 aa  79.7  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.363023  normal  0.586206 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2476  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.46 
 
 
175 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.428605  hitchhiker  0.0000502877 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2178  putative tolQ-type transport protein  31.09 
 
 
211 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2716  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.81 
 
 
175 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00531183  decreased coverage  0.0000000102251 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1627  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.81 
 
 
175 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.399285  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2650  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.11 
 
 
174 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.026005  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25490  putative tolQ-type transport protein  31.09 
 
 
211 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0178753  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3077  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.1 
 
 
175 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037771  hitchhiker  0.00001604 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.09 
 
 
208 aa  79  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000846  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  33.33 
 
 
184 aa  78.6  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1573  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.14 
 
 
174 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119512  hitchhiker  0.00360168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2532  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.81 
 
 
175 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0137546  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2624  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.81 
 
 
175 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00200443  hitchhiker  0.00000116003 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1826  TonB system transport protein ExbB2  34.46 
 
 
160 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2462  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.81 
 
 
175 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.055341  hitchhiker  0.00000243033 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1721  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.71 
 
 
241 aa  77  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0001524  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1519  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.14 
 
 
175 aa  77  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1642  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.14 
 
 
175 aa  77  0.0000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188502  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02812  TonB system biopolymer transport component  34.21 
 
 
174 aa  77  0.0000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00324688  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0608  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.09 
 
 
174 aa  76.6  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00236146  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0262  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28 
 
 
243 aa  76.3  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0861801  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.23 
 
 
206 aa  75.9  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0903  TonB system transport protein ExbB3  50.7 
 
 
177 aa  75.5  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0485  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  33.09 
 
 
206 aa  74.3  0.000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18294  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.15 
 
 
214 aa  74.3  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1510  exbB-like biopolymer transport  35.16 
 
 
201 aa  74.7  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.232406  normal  0.284557 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0645  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.09 
 
 
206 aa  74.3  0.000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557109  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2624  MotA/TolQ/ExbB proton channel  57.81 
 
 
175 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000822503  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2957  biopolymer transport proteins-like  33.6 
 
 
242 aa  73.9  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30 
 
 
208 aa  73.9  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2423  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
175 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00161058  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3754  biopolymer transport exbB protein  33.78 
 
 
174 aa  72.8  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0539  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25.84 
 
 
222 aa  73.2  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.977509  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1248  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.02 
 
 
210 aa  72.8  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0631  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  32.35 
 
 
204 aa  72  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1226  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.73 
 
 
217 aa  72  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1521  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.01 
 
 
238 aa  71.2  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.565129  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3217  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.14 
 
 
202 aa  71.2  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.581955  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0580  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.06 
 
 
235 aa  70.5  0.00000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00547042  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0349  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.89 
 
 
226 aa  69.3  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.931428  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2391  biopolymer transport protein  28.65 
 
 
234 aa  68.6  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0595  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.62 
 
 
231 aa  67.8  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225479  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1505  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  30.35 
 
 
206 aa  67.4  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000130364  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2890  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.8 
 
 
257 aa  67.4  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000981257 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0226  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.28 
 
 
240 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>