More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2776 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2776  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
487 aa  936    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.425171 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.33 
 
 
483 aa  204  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.81 
 
 
511 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  33.05 
 
 
511 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.54 
 
 
509 aa  191  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.05 
 
 
486 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.37 
 
 
501 aa  188  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.67 
 
 
490 aa  188  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.62 
 
 
487 aa  187  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.4 
 
 
489 aa  186  7e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.2 
 
 
518 aa  186  7e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.43 
 
 
504 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.55 
 
 
525 aa  184  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5642  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.88 
 
 
481 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20764  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.67 
 
 
460 aa  182  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.06 
 
 
483 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  29.37 
 
 
503 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  28.95 
 
 
518 aa  180  4e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.96 
 
 
483 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  31.3 
 
 
479 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.35 
 
 
470 aa  180  5.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.76 
 
 
486 aa  179  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.96 
 
 
497 aa  178  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.93 
 
 
473 aa  178  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3299  outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
487 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  29.22 
 
 
547 aa  177  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.18 
 
 
483 aa  176  6e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.95 
 
 
485 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.55 
 
 
486 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.88 
 
 
504 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.17 
 
 
465 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  34.73 
 
 
499 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.97 
 
 
484 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.66 
 
 
496 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.66 
 
 
496 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.37 
 
 
477 aa  171  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.48 
 
 
462 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.5 
 
 
477 aa  172  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  31.16 
 
 
479 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.97 
 
 
484 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  28.85 
 
 
520 aa  170  5e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  32.55 
 
 
470 aa  169  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.43 
 
 
502 aa  169  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.25 
 
 
482 aa  169  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  29.85 
 
 
483 aa  168  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.17 
 
 
482 aa  168  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.11 
 
 
532 aa  168  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.05 
 
 
473 aa  167  4e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.72 
 
 
501 aa  167  5e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.33 
 
 
457 aa  166  5.9999999999999996e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6576  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.43 
 
 
486 aa  166  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.189309  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3306  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.57 
 
 
474 aa  165  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.32 
 
 
477 aa  164  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30 
 
 
496 aa  164  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3549  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.96 
 
 
486 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.504224  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  29.29 
 
 
470 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.81 
 
 
495 aa  164  5.0000000000000005e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.47 
 
 
495 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2191  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.72 
 
 
490 aa  163  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204067  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  29.45 
 
 
479 aa  163  6e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  26.87 
 
 
569 aa  163  8.000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.27 
 
 
486 aa  162  9e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  28.22 
 
 
520 aa  162  1e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  31.77 
 
 
520 aa  161  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.95 
 
 
500 aa  162  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  31.4 
 
 
486 aa  161  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3318  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.72 
 
 
492 aa  161  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.44 
 
 
516 aa  161  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  28.22 
 
 
520 aa  160  5e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.81 
 
 
486 aa  160  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.81 
 
 
471 aa  160  6e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.96 
 
 
459 aa  159  9e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  31.16 
 
 
465 aa  159  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1164  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.08 
 
 
473 aa  159  1e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000188172  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.69 
 
 
481 aa  159  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.61 
 
 
533 aa  158  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.02 
 
 
475 aa  158  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2564  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.22 
 
 
495 aa  159  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.248386  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.65 
 
 
495 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0808  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.58 
 
 
467 aa  157  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.85 
 
 
541 aa  157  3e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.36 
 
 
514 aa  157  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.21 
 
 
496 aa  157  4e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00901  multidrug resistance efflux pump protein  32.9 
 
 
495 aa  157  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.707111 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6290  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.06 
 
 
486 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00975739 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.07 
 
 
500 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.67 
 
 
504 aa  156  6e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  28.78 
 
 
486 aa  156  8e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.66 
 
 
517 aa  156  8e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.53 
 
 
470 aa  156  9e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.31 
 
 
512 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.64 
 
 
521 aa  155  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.66 
 
 
517 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.45 
 
 
477 aa  155  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.73 
 
 
493 aa  155  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.98 
 
 
495 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.68 
 
 
560 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5135  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.74 
 
 
493 aa  155  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.29 
 
 
515 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0955  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.11 
 
 
472 aa  154  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>