135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2533 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2533  precorrin-3B synthase  100 
 
 		 387 aa  756    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.134816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2211  precorrin-3B synthase  49.47 
 
 		 386 aa  295  1e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2930  precorrin-3B synthase  39.48 
 
 		 380 aa  225  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.277025  hitchhiker  0.00312448 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5851  precorrin-3B synthase  41.27 
 
 		 434 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.316392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0341  precorrin-3B synthase  40.68 
 
 		 381 aa  191  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3508  precorrin-3B synthase  37.68 
 
 		 430 aa  188  1e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541497  normal  0.642272 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3145  putative precorrin-3B synthase (cobG)  34.48 
 
 		 424 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3267  precorrin-3B synthase  35.54 
 
 		 423 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0180034 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0801  precorrin-3B synthase  34.42 
 
 		 464 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0557903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1713  precorrin-3B synthase  33.59 
 
 		 428 aa  123  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00909167 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1899  precorrin-3B synthase  30.73 
 
 		 439 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0826299  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1438  precorrin-3B synthase  33.33 
 
 		 428 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1592  precorrin-3B synthase  29.72 
 
 		 454 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.994403  normal  0.300855 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1574  precorrin-3B synthase  30.72 
 
 		 463 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3116  precorrin-3B synthase  31.95 
 
 		 449 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.689244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3143  precorrin-3B synthase  30.97 
 
 		 465 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1435  precorrin-3B synthase  32.57 
 
 		 437 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.592884  normal  0.561041 
 
 
-
 
NC_004310  BR1286  nitrite reductase family protein  29.83 
 
 		 431 aa  110  5e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4829  precorrin-3B synthase  31.44 
 
 		 443 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0669399  normal  0.5601 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4707  precorrin-3B synthase  31.5 
 
 		 438 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.879568  normal  0.651544 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0604  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  30 
 
 		 432 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.340906  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4877  cobalamin biosynthesis protein CobG, putative  29.33 
 
 		 476 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1249  precorrin-3B synthase  29.65 
 
 		 409 aa  102  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0458561  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4571  precorrin-3B synthase  30.28 
 
 		 469 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4885  precorrin-3B synthase  31.3 
 
 		 443 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1647  precorrin-3B synthase  29.79 
 
 		 482 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.690908  normal  0.296785 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4417  ferredoxin--nitrite reductase  29.85 
 
 		 447 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.45236 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0318  cobalamin biosynthesis protein CobG, precorrin-3B synthase  25.46 
 
 		 439 aa  92.4  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2494  nitrite/sulfite reductase hemoprotein subnit beta ferrodoxin domain-containing protein  30.32 
 
 		 367 aa  90.5  4e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.149164 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3106  precorrin-3B synthase  31.27 
 
 		 372 aa  90.1  5e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.312418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4619  precorrin-3B synthase  30.08 
 
 		 443 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.376609 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2499  ferredoxin-nitrite reductase  27.68 
 
 		 586 aa  84  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3429  precorrin-3B synthase  30.13 
 
 		 372 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506257  normal  0.446466 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2774  precorrin-3B synthase  26.73 
 
 		 599 aa  82  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1194  precorrin-3B synthase  38.17 
 
 		 482 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0317253  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1674  precorrin-3B synthase  38.17 
 
 		 516 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0242876  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3285  precorrin-3B synthase  30.24 
 
 		 438 aa  80.1  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1568  precorrin-3B synthase  38.17 
 
 		 483 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.279604  normal  0.0675664 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12100  cobalamin biosynthesis protein cobG  28.53 
 
 		 363 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00940846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2818  precorrin-3B synthase  30.1 
 
 		 443 aa  79  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.68389 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2439  nitrite/sulfite reductase hemoprotein beta subunit  44.33 
 
 		 423 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341511  normal  0.0829631 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2150  nitrite/sulfite reductase hemoprotein beta-component ferrodoxin domain protein  38.78 
 
 		 478 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0291416  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0121  precorrin-3B synthase  23.58 
 
 		 494 aa  75.5  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7174  precorrin-3B synthase  31.99 
 
 		 460 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.104242 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4824  nitrite/sulfite reductase, hemoprotein beta subunit  36.43 
 
 		 478 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.110111 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3747  ferredoxin-nitrite reductase  27.34 
 
 		 595 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.718137  normal  0.0681902 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6019  precorrin-3B synthase  30.81 
 
 		 452 aa  73.6  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0172666  normal  0.33411 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1754  ferredoxin-nitrite reductase  27.85 
 
 		 586 aa  73.2  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.188302  decreased coverage  0.00588237 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2867  ferredoxin-nitrite reductase  27.67 
 
 		 595 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.483456  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1785  ferredoxin-nitrite reductase  27.88 
 
 		 590 aa  73.2  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2192  precorrin-3B synthase  29.28 
 
 		 351 aa  72.8  0.000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1851  ferredoxin--nitrite reductase  23.32 
 
 		 487 aa  70.9  0.00000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0665038  normal  0.171164 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0151  nitrite/sulfite reductase hemoprotein beta- component ferrodoxin domain protein  30.18 
 
 		 408 aa  70.9  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5592  Sulfite reductase beta subunit (hemoprotein)- like protein  28.99 
 
 		 473 aa  70.1  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.527879  normal  0.675914 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2299  ferredoxin-nitrite reductase  26.23 
 
 		 605 aa  69.7  0.00000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.598587 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4231  ferredoxin-nitrite reductase  27.11 
 
 		 590 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1519  nitrite/sulfite reductase, hemoprotein beta-component, ferrodoxin-like  26.26 
 
 		 481 aa  67  0.0000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0825166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2333  ferredoxin--nitrite reductase  24.82 
 
 		 492 aa  67  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2866  precorrin-8X methylmutase  31.58 
 
 		 732 aa  67  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1626  nitrite/sulfite reductase hemoprotein beta-component ferrodoxin domain protein  36.3 
 
 		 335 aa  67  0.0000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.470677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7370  Sulfite reductase (ferredoxin)  25.5 
 
 		 569 aa  66.2  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1737  ferredoxin-nitrite reductase  25.55 
 
 		 608 aa  65.5  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1245  putative oxidoreductase  32.32 
 
 		 510 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347263  normal  0.358336 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0048  hypothetical protein  22.54 
 
 		 480 aa  64.7  0.000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000197587  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2894  nitrite/sulfite reductase hemoprotein beta subunit  26.33 
 
 		 282 aa  64.3  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.804468  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2284  ferredoxin-nitrite reductase  26.23 
 
 		 513 aa  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5008  ferredoxin-nitrite reductase  25.41 
 
 		 596 aa  63.2  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.60308  normal  0.203418 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5369  precorrin-3B synthase  33.33 
 
 		 507 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062725  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4492  ferredoxin-nitrite reductase  25.42 
 
 		 601 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.550136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4955  ferredoxin-nitrite reductase  24.71 
 
 		 596 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.463777  normal  0.237045 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3055  precorrin-3B synthase  34.68 
 
 		 615 aa  61.6  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.71437  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1783  hypothetical protein  38.95 
 
 		 345 aa  60.5  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234501  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2489  precorrin-3B synthase  29.41 
 
 		 373 aa  59.7  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.333591  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2534  precorrin-3B synthase  29.41 
 
 		 373 aa  59.7  0.00000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.35067  normal  0.464947 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2526  precorrin-3B synthase  29.41 
 
 		 373 aa  59.7  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.299244 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1294  Sulfite reductase (NADPH)  23.84 
 
 		 546 aa  58.5  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1746  ferredoxin--nitrite reductase  24.42 
 
 		 553 aa  58.2  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1161  nitrite/sulfite reductase domain-containing protein  40.54 
 
 		 482 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.326083  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2656  ferredoxin-nitrite reductase  25.54 
 
 		 513 aa  57.8  0.0000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0143878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1602  nitrite/sulfite reductase domain-containing protein  40.54 
 
 		 482 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.036421  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0264  nitrite/sulfite reductase domain-containing protein  40.54 
 
 		 482 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.540499  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0896  precorrin-3B synthase  40.54 
 
 		 482 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152709  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1967  precorrin-3B synthase  40.54 
 
 		 482 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0190248  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2113  precorrin-3B synthase  40.54 
 
 		 482 aa  56.2  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.46756  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1950  precorrin-3B synthase  40.54 
 
 		 482 aa  56.2  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0588771  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2527  nitrite/sulfite reductase domain-containing protein  35.25 
 
 		 433 aa  55.1  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0879547  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2398  nitrite/sulfite reductase domain-containing protein  37.84 
 
 		 479 aa  55.1  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.121766  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5167  Sulfite reductase (ferredoxin)  25.06 
 
 		 568 aa  55.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17650  sulfite reductase, beta subunit (hemoprotein)  31.85 
 
 		 292 aa  55.1  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0220438  normal  0.761775 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09960  sulfite reductase, beta subunit (hemoprotein)  25.06 
 
 		 571 aa  54.3  0.000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4573  ferredoxin-nitrite reductase  23.96 
 
 		 521 aa  53.9  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1333  Ferredoxin--nitrite reductase  23.85 
 
 		 542 aa  53.5  0.000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4432  ferredoxin--nitrite reductase  31.71 
 
 		 607 aa  53.1  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0963  ferredoxin--nitrite reductase  24.34 
 
 		 551 aa  53.1  0.000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0963842  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1068  ferredoxin-nitrite reductase  27.34 
 
 		 510 aa  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1788  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  31.93 
 
 		 550 aa  51.6  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0430793  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4137  ferredoxin-nitrite reductase  26.04 
 
 		 604 aa  51.6  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.298676  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6695  nitrite/sulfite reductase, hemoprotein beta- component, ferrodoxin-like protein  24.28 
 
 		 560 aa  50.4  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.341665 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0662  Sulfite reductase (ferredoxin)  23.2 
 
 		 567 aa  50.4  0.00006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0223437 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1767  sulfite reductase, beta subunit (hemoprotein)  24.51 
 
 		 433 aa  49.7  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.670459  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>