187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2211 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2211  precorrin-3B synthase  100 
 
 		 386 aa  761    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2533  precorrin-3B synthase  49.33 
 
 		 387 aa  291  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.134816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0341  precorrin-3B synthase  45.95 
 
 		 381 aa  243  3.9999999999999997e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2930  precorrin-3B synthase  41.73 
 
 		 380 aa  239  5e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.277025  hitchhiker  0.00312448 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5851  precorrin-3B synthase  42.53 
 
 		 434 aa  235  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.316392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3508  precorrin-3B synthase  36.69 
 
 		 430 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541497  normal  0.642272 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3267  precorrin-3B synthase  36.78 
 
 		 423 aa  155  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0180034 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3145  putative precorrin-3B synthase (cobG)  35.47 
 
 		 424 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0801  precorrin-3B synthase  34.76 
 
 		 464 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0557903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3116  precorrin-3B synthase  34.73 
 
 		 449 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.689244  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1713  precorrin-3B synthase  35.43 
 
 		 428 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00909167 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1438  precorrin-3B synthase  34.92 
 
 		 428 aa  123  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2439  nitrite/sulfite reductase hemoprotein beta subunit  34.56 
 
 		 423 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341511  normal  0.0829631 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1899  precorrin-3B synthase  30.15 
 
 		 439 aa  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0826299  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2818  precorrin-3B synthase  30.7 
 
 		 443 aa  112  9e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.68389 
 
 
-
 
NC_004310  BR1286  nitrite reductase family protein  30.11 
 
 		 431 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4877  cobalamin biosynthesis protein CobG, putative  30.92 
 
 		 476 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0604  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  29.44 
 
 		 432 aa  106  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.340906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1245  putative oxidoreductase  29.35 
 
 		 510 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347263  normal  0.358336 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0121  precorrin-3B synthase  26.03 
 
 		 494 aa  102  9e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1249  precorrin-3B synthase  29.67 
 
 		 409 aa  102  9e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0458561  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3106  precorrin-3B synthase  30.68 
 
 		 372 aa  99  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.312418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12100  cobalamin biosynthesis protein cobG  29.7 
 
 		 363 aa  99.4  1e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00940846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1568  precorrin-3B synthase  29.22 
 
 		 483 aa  99  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.279604  normal  0.0675664 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3429  precorrin-3B synthase  30.83 
 
 		 372 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506257  normal  0.446466 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7174  precorrin-3B synthase  34.26 
 
 		 460 aa  97.8  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.104242 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4571  precorrin-3B synthase  29.87 
 
 		 469 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4417  ferredoxin--nitrite reductase  31.08 
 
 		 447 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.45236 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2866  precorrin-8X methylmutase  24.65 
 
 		 732 aa  93.6  6e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0318  cobalamin biosynthesis protein CobG, precorrin-3B synthase  26.38 
 
 		 439 aa  91.3  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6019  precorrin-3B synthase  33.33 
 
 		 452 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0172666  normal  0.33411 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3143  precorrin-3B synthase  27.8 
 
 		 465 aa  89.7  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3285  precorrin-3B synthase  32.17 
 
 		 438 aa  89.4  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0151  nitrite/sulfite reductase hemoprotein beta- component ferrodoxin domain protein  28.8 
 
 		 408 aa  88.6  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2192  precorrin-3B synthase  31.52 
 
 		 351 aa  88.2  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1592  precorrin-3B synthase  28.3 
 
 		 454 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.994403  normal  0.300855 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5592  Sulfite reductase beta subunit (hemoprotein)- like protein  30.23 
 
 		 473 aa  84.7  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.527879  normal  0.675914 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1435  precorrin-3B synthase  37.67 
 
 		 437 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.592884  normal  0.561041 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2774  precorrin-3B synthase  29.01 
 
 		 599 aa  83.2  0.000000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2494  nitrite/sulfite reductase hemoprotein subnit beta ferrodoxin domain-containing protein  29.14 
 
 		 367 aa  82.4  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.149164 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4539  ferredoxin-nitrite reductase  23.11 
 
 		 536 aa  80.9  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0963  ferredoxin--nitrite reductase  25.06 
 
 		 551 aa  80.5  0.00000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0963842  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4573  ferredoxin-nitrite reductase  24.45 
 
 		 521 aa  80.5  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2150  nitrite/sulfite reductase hemoprotein beta-component ferrodoxin domain protein  54.05 
 
 		 478 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0291416  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5369  precorrin-3B synthase  27.65 
 
 		 507 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062725  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2398  nitrite/sulfite reductase domain-containing protein  27.1 
 
 		 479 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.121766  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1068  ferredoxin-nitrite reductase  23.96 
 
 		 510 aa  79  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4885  precorrin-3B synthase  29.2 
 
 		 443 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4619  precorrin-3B synthase  28.43 
 
 		 443 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.376609 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3641  ferredoxin-nitrite reductase  23.34 
 
 		 513 aa  77.4  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0139334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2468  ferredoxin-nitrite reductase  23.34 
 
 		 513 aa  77.4  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2489  precorrin-3B synthase  27.25 
 
 		 373 aa  76.6  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.333591  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2534  precorrin-3B synthase  27.25 
 
 		 373 aa  76.6  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.35067  normal  0.464947 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2526  precorrin-3B synthase  27.25 
 
 		 373 aa  76.6  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.299244 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1783  hypothetical protein  27.38 
 
 		 345 aa  77  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234501  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2299  ferredoxin-nitrite reductase  25.86 
 
 		 605 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.598587 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1333  Ferredoxin--nitrite reductase  24.44 
 
 		 542 aa  76.6  0.0000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4829  precorrin-3B synthase  28.08 
 
 		 443 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0669399  normal  0.5601 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4707  precorrin-3B synthase  28.33 
 
 		 438 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.879568  normal  0.651544 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2499  ferredoxin-nitrite reductase  27.54 
 
 		 586 aa  74.7  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1851  ferredoxin--nitrite reductase  23.4 
 
 		 487 aa  73.9  0.000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0665038  normal  0.171164 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1626  nitrite/sulfite reductase hemoprotein beta-component ferrodoxin domain protein  31.32 
 
 		 335 aa  73.2  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.470677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2481  precorrin-3B synthase  28.61 
 
 		 378 aa  73.2  0.000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0547656  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3055  precorrin-3B synthase  26.55 
 
 		 615 aa  70.9  0.00000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.71437  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1754  ferredoxin-nitrite reductase  25.58 
 
 		 586 aa  71.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.188302  decreased coverage  0.00588237 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5167  Sulfite reductase (ferredoxin)  26.04 
 
 		 568 aa  70.5  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2333  ferredoxin--nitrite reductase  24.33 
 
 		 492 aa  70.5  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2867  ferredoxin-nitrite reductase  26.57 
 
 		 595 aa  69.7  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.483456  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3747  ferredoxin-nitrite reductase  26.18 
 
 		 595 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.718137  normal  0.0681902 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4231  ferredoxin-nitrite reductase  27.55 
 
 		 590 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1785  ferredoxin-nitrite reductase  24.5 
 
 		 590 aa  68.2  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1479  putative sulfite reductase  22.28 
 
 		 540 aa  67  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1333  nitrite reductase  22 
 
 		 540 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1307  ferredoxin-nitrite reductase  22 
 
 		 540 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1443  nitrite reductase  22 
 
 		 540 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1515  putative sulfite reductase  22 
 
 		 540 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000207248 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1585  putative sulfite reductase  22 
 
 		 540 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0165344  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2894  nitrite/sulfite reductase hemoprotein beta subunit  34.72 
 
 		 282 aa  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.804468  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3865  putative sulfite reductase  22.03 
 
 		 540 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000861869 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1519  nitrite/sulfite reductase, hemoprotein beta-component, ferrodoxin-like  30.81 
 
 		 481 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0825166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17650  sulfite reductase, beta subunit (hemoprotein)  33.58 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0220438  normal  0.761775 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1306  ferredoxin-nitrite reductase  21.27 
 
 		 540 aa  64.7  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2055  ferredoxin--nitrite reductase  23.89 
 
 		 639 aa  64.3  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5008  ferredoxin-nitrite reductase  24.56 
 
 		 596 aa  63.5  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.60308  normal  0.203418 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1737  ferredoxin-nitrite reductase  27.16 
 
 		 608 aa  63.5  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2373  nitrite/sulfite reductase, hemoprotein beta-component, ferrodoxin-like  34.45 
 
 		 567 aa  63.2  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4137  ferredoxin-nitrite reductase  26.7 
 
 		 604 aa  63.2  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.298676  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1547  nitrite reductase  22.42 
 
 		 540 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4492  ferredoxin-nitrite reductase  25 
 
 		 601 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.550136  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2527  nitrite/sulfite reductase domain-containing protein  25.77 
 
 		 433 aa  62  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0879547  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2520  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  24.68 
 
 		 435 aa  62  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000248775  normal  0.264719 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1683  ferredoxin-nitrite reductase  27.1 
 
 		 516 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.282722 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4955  ferredoxin-nitrite reductase  24.75 
 
 		 596 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.463777  normal  0.237045 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1146  ferredoxin--nitrite reductase  21.66 
 
 		 540 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.661644  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_27757  predicted protein  21.22 
 
 		 621 aa  61.2  0.00000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2284  ferredoxin-nitrite reductase  34.74 
 
 		 513 aa  60.5  0.00000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2656  ferredoxin-nitrite reductase  23.95 
 
 		 513 aa  60.5  0.00000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0143878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0241  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  22.91 
 
 		 569 aa  58.5  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1347  ferredoxin--nitrite reductase  22 
 
 		 540 aa  57.8  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09960  sulfite reductase, beta subunit (hemoprotein)  25.26 
 
 		 571 aa  57.4  0.0000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>