More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4885 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4829  precorrin-3B synthase  92.1 
 
 		 443 aa  768    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0669399  normal  0.5601 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4885  precorrin-3B synthase  100 
 
 		 443 aa  867    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4707  precorrin-3B synthase  92.47 
 
 		 438 aa  762    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.879568  normal  0.651544 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4619  precorrin-3B synthase  81.49 
 
 		 443 aa  655    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.376609 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0604  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  61.67 
 
 		 432 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.340906  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4877  cobalamin biosynthesis protein CobG, putative  57.3 
 
 		 476 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4417  ferredoxin--nitrite reductase  56.91 
 
 		 447 aa  418  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.45236 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2248  putative oxidoreductase  53.18 
 
 		 456 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26485  putative oxidoreductase  54.42 
 
 		 486 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00580317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1245  putative oxidoreductase  45.01 
 
 		 510 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347263  normal  0.358336 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4571  precorrin-3B synthase  50.82 
 
 		 469 aa  320  5e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5369  precorrin-3B synthase  42.57 
 
 		 507 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062725  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3143  precorrin-3B synthase  46.83 
 
 		 465 aa  292  6e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2398  nitrite/sulfite reductase domain-containing protein  46.41 
 
 		 479 aa  281  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.121766  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1568  precorrin-3B synthase  44.59 
 
 		 483 aa  280  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.279604  normal  0.0675664 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1899  precorrin-3B synthase  42.66 
 
 		 439 aa  274  3e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0826299  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4824  nitrite/sulfite reductase, hemoprotein beta subunit  46.92 
 
 		 478 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.110111 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1967  precorrin-3B synthase  45.81 
 
 		 482 aa  266  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0190248  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1592  precorrin-3B synthase  45.24 
 
 		 454 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.994403  normal  0.300855 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1950  precorrin-3B synthase  45.81 
 
 		 482 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0588771  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2113  precorrin-3B synthase  45.81 
 
 		 482 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.46756  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1161  nitrite/sulfite reductase domain-containing protein  45.81 
 
 		 482 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.326083  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0896  precorrin-3B synthase  45.81 
 
 		 482 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152709  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1602  nitrite/sulfite reductase domain-containing protein  45.81 
 
 		 482 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.036421  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0264  nitrite/sulfite reductase domain-containing protein  45.81 
 
 		 482 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.540499  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1574  precorrin-3B synthase  45.58 
 
 		 463 aa  259  6e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1194  precorrin-3B synthase  46.12 
 
 		 482 aa  256  7e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0317253  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1674  precorrin-3B synthase  46.12 
 
 		 516 aa  256  7e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0242876  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1286  nitrite reductase family protein  41.8 
 
 		 431 aa  255  9e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1647  precorrin-3B synthase  46.58 
 
 		 482 aa  253  7e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.690908  normal  0.296785 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1249  precorrin-3B synthase  41.04 
 
 		 409 aa  235  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0458561  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0121  precorrin-3B synthase  30.42 
 
 		 494 aa  187  3e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2866  precorrin-8X methylmutase  28.89 
 
 		 732 aa  171  3e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3747  ferredoxin-nitrite reductase  30.1 
 
 		 595 aa  159  9e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.718137  normal  0.0681902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2867  ferredoxin-nitrite reductase  29.6 
 
 		 595 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.483456  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5008  ferredoxin-nitrite reductase  29.35 
 
 		 596 aa  157  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.60308  normal  0.203418 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1785  ferredoxin-nitrite reductase  29.93 
 
 		 590 aa  157  4e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4231  ferredoxin-nitrite reductase  31.45 
 
 		 590 aa  156  7e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4137  ferredoxin-nitrite reductase  28.68 
 
 		 604 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.298676  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1754  ferredoxin-nitrite reductase  30.94 
 
 		 586 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.188302  decreased coverage  0.00588237 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2499  ferredoxin-nitrite reductase  30.1 
 
 		 586 aa  154  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4955  ferredoxin-nitrite reductase  28.86 
 
 		 596 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.463777  normal  0.237045 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4492  ferredoxin-nitrite reductase  28.86 
 
 		 601 aa  152  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.550136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2299  ferredoxin-nitrite reductase  29.1 
 
 		 605 aa  152  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.598587 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3508  precorrin-3B synthase  33.57 
 
 		 430 aa  146  6e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541497  normal  0.642272 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1851  ferredoxin--nitrite reductase  28.41 
 
 		 487 aa  144  2e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0665038  normal  0.171164 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2774  precorrin-3B synthase  30.79 
 
 		 599 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3055  precorrin-3B synthase  27.86 
 
 		 615 aa  141  3e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.71437  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3145  putative precorrin-3B synthase (cobG)  32.41 
 
 		 424 aa  137  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1737  ferredoxin-nitrite reductase  29.21 
 
 		 608 aa  136  6.0000000000000005e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1068  ferredoxin-nitrite reductase  27.58 
 
 		 510 aa  134  1.9999999999999998e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0801  precorrin-3B synthase  32.35 
 
 		 464 aa  126  7e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0557903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1240  ferredoxin-nitrite reductase  29.2 
 
 		 512 aa  126  8.000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.678631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0318  cobalamin biosynthesis protein CobG, precorrin-3B synthase  29.03 
 
 		 439 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1746  ferredoxin--nitrite reductase  29.26 
 
 		 553 aa  121  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3267  precorrin-3B synthase  30.88 
 
 		 423 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0180034 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2468  ferredoxin-nitrite reductase  26.89 
 
 		 513 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3641  ferredoxin-nitrite reductase  26.89 
 
 		 513 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0139334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1239  Sulfite reductase (ferredoxin)  30.45 
 
 		 570 aa  118  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000946493  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_27757  predicted protein  26.24 
 
 		 621 aa  116  1.0000000000000001e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4539  ferredoxin-nitrite reductase  27.87 
 
 		 536 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3106  precorrin-3B synthase  31.18 
 
 		 372 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.312418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4573  ferredoxin-nitrite reductase  26.95 
 
 		 521 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4000  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  28.9 
 
 		 435 aa  111  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000175217  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2373  nitrite/sulfite reductase, hemoprotein beta-component, ferrodoxin-like  26.56 
 
 		 567 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1767  sulfite reductase, beta subunit (hemoprotein)  29.17 
 
 		 433 aa  107  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.670459  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0410  Ferredoxin--nitrite reductase  25.87 
 
 		 541 aa  107  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6105  sulfite reductase (ferredoxin)  28.68 
 
 		 586 aa  107  5e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0267627 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5167  Sulfite reductase (ferredoxin)  29.33 
 
 		 568 aa  107  6e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1407  ferredoxin--nitrite reductase  28.12 
 
 		 521 aa  106  8e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.89894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0048  hypothetical protein  23.32 
 
 		 480 aa  105  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000197587  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3429  precorrin-3B synthase  32.26 
 
 		 372 aa  106  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506257  normal  0.446466 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2494  nitrite/sulfite reductase hemoprotein subnit beta ferrodoxin domain-containing protein  31.87 
 
 		 367 aa  105  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.149164 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2355  Ferredoxin--nitrite reductase  25.93 
 
 		 643 aa  104  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12830  sulfite reductase, beta subunit (hemoprotein)  28.35 
 
 		 560 aa  104  3e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_50765  predicted protein  26.95 
 
 		 633 aa  103  5e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0523138  normal  0.66186 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3116  precorrin-3B synthase  32.04 
 
 		 449 aa  103  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.689244  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1333  Ferredoxin--nitrite reductase  28.15 
 
 		 542 aa  103  7e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2244  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  28.91 
 
 		 562 aa  103  8e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0181791 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1298  ferredoxin-nitrite reductase  24.66 
 
 		 553 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.948489  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6695  nitrite/sulfite reductase, hemoprotein beta- component, ferrodoxin-like protein  27.75 
 
 		 560 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.341665 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21711  ferredoxin-nitrite reductase  25.13 
 
 		 553 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.524731  normal  0.247056 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2284  ferredoxin-nitrite reductase  26.63 
 
 		 513 aa  102  2e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3487  ferredoxin--nitrite reductase  25.13 
 
 		 560 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0176  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  27.25 
 
 		 793 aa  101  2e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.9868  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4381  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  25.53 
 
 		 592 aa  100  4e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3857  ferredoxin--nitrite reductase  25.13 
 
 		 560 aa  100  5e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.916931  normal  0.0674078 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3474  ferredoxin--nitrite reductase  24.87 
 
 		 560 aa  100  5e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437391  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3537  ferredoxin--nitrite reductase  24.87 
 
 		 560 aa  100  5e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0760969  normal  0.976843 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1146  ferredoxin--nitrite reductase  25.71 
 
 		 540 aa  99.8  9e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.661644  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1683  ferredoxin-nitrite reductase  25.42 
 
 		 516 aa  99.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.282722 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29861  ferredoxin-nitrite reductase  26.79 
 
 		 542 aa  98.6  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1788  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  26.29 
 
 		 550 aa  99  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0430793  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1547  nitrite reductase  24.22 
 
 		 540 aa  98.2  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1333  nitrite reductase  24.22 
 
 		 540 aa  98.2  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1307  ferredoxin-nitrite reductase  24.22 
 
 		 540 aa  97.8  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1443  nitrite reductase  24.22 
 
 		 540 aa  98.2  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5592  Sulfite reductase beta subunit (hemoprotein)- like protein  31.83 
 
 		 473 aa  97.8  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.527879  normal  0.675914 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2055  ferredoxin--nitrite reductase  28.23 
 
 		 639 aa  98.2  3e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1739  Sulfite reductase (ferredoxin)  27.3 
 
 		 556 aa  97.4  4e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.159601 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>