More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4571 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4571  precorrin-3B synthase  100 
 
 		 469 aa  915    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0604  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  53.72 
 
 		 432 aa  396  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.340906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26485  putative oxidoreductase  57.08 
 
 		 486 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00580317  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4877  cobalamin biosynthesis protein CobG, putative  54.78 
 
 		 476 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4417  ferredoxin--nitrite reductase  54.78 
 
 		 447 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.45236 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2248  putative oxidoreductase  57.31 
 
 		 456 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1245  putative oxidoreductase  48.72 
 
 		 510 aa  344  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347263  normal  0.358336 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4619  precorrin-3B synthase  52.11 
 
 		 443 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.376609 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4707  precorrin-3B synthase  51.05 
 
 		 438 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.879568  normal  0.651544 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4829  precorrin-3B synthase  51.17 
 
 		 443 aa  336  5e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0669399  normal  0.5601 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4885  precorrin-3B synthase  50.12 
 
 		 443 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5369  precorrin-3B synthase  47.01 
 
 		 507 aa  320  5e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062725  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4824  nitrite/sulfite reductase, hemoprotein beta subunit  47.94 
 
 		 478 aa  295  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.110111 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3143  precorrin-3B synthase  48.18 
 
 		 465 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1568  precorrin-3B synthase  46.71 
 
 		 483 aa  292  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.279604  normal  0.0675664 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1674  precorrin-3B synthase  47.26 
 
 		 516 aa  282  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0242876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1592  precorrin-3B synthase  47.75 
 
 		 454 aa  280  4e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.994403  normal  0.300855 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1574  precorrin-3B synthase  47.12 
 
 		 463 aa  277  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1194  precorrin-3B synthase  48.24 
 
 		 482 aa  276  4e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0317253  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1647  precorrin-3B synthase  48.01 
 
 		 482 aa  273  7e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.690908  normal  0.296785 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1899  precorrin-3B synthase  41.26 
 
 		 439 aa  269  7e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0826299  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1967  precorrin-3B synthase  45.73 
 
 		 482 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0190248  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2398  nitrite/sulfite reductase domain-containing protein  46.09 
 
 		 479 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.121766  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0896  precorrin-3B synthase  46.17 
 
 		 482 aa  266  5e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152709  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1161  nitrite/sulfite reductase domain-containing protein  46.17 
 
 		 482 aa  266  5e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.326083  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0264  nitrite/sulfite reductase domain-containing protein  46.17 
 
 		 482 aa  266  5e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.540499  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1602  nitrite/sulfite reductase domain-containing protein  46.17 
 
 		 482 aa  266  5e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.036421  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2113  precorrin-3B synthase  45.95 
 
 		 482 aa  264  3e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.46756  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1950  precorrin-3B synthase  45.95 
 
 		 482 aa  263  4e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0588771  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1286  nitrite reductase family protein  39.91 
 
 		 431 aa  253  7e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1249  precorrin-3B synthase  39.1 
 
 		 409 aa  237  4e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0458561  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2866  precorrin-8X methylmutase  32.67 
 
 		 732 aa  207  3e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0121  precorrin-3B synthase  30.13 
 
 		 494 aa  199  1.0000000000000001e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1754  ferredoxin-nitrite reductase  31.76 
 
 		 586 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.188302  decreased coverage  0.00588237 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3747  ferredoxin-nitrite reductase  30.69 
 
 		 595 aa  183  7e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.718137  normal  0.0681902 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2774  precorrin-3B synthase  34.61 
 
 		 599 aa  182  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1737  ferredoxin-nitrite reductase  31.34 
 
 		 608 aa  180  4e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2499  ferredoxin-nitrite reductase  29.95 
 
 		 586 aa  181  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2867  ferredoxin-nitrite reductase  30.2 
 
 		 595 aa  180  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.483456  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4137  ferredoxin-nitrite reductase  28.5 
 
 		 604 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.298676  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2299  ferredoxin-nitrite reductase  27.94 
 
 		 605 aa  172  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.598587 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1851  ferredoxin--nitrite reductase  28.6 
 
 		 487 aa  168  2e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0665038  normal  0.171164 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4231  ferredoxin-nitrite reductase  30.28 
 
 		 590 aa  166  9e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5008  ferredoxin-nitrite reductase  27.03 
 
 		 596 aa  164  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.60308  normal  0.203418 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4492  ferredoxin-nitrite reductase  28.26 
 
 		 601 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.550136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4955  ferredoxin-nitrite reductase  28.01 
 
 		 596 aa  162  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.463777  normal  0.237045 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3055  precorrin-3B synthase  30.1 
 
 		 615 aa  160  3e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.71437  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3508  precorrin-3B synthase  32.34 
 
 		 430 aa  161  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541497  normal  0.642272 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3145  putative precorrin-3B synthase (cobG)  32.33 
 
 		 424 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1785  ferredoxin-nitrite reductase  26.77 
 
 		 590 aa  157  3e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2373  nitrite/sulfite reductase, hemoprotein beta-component, ferrodoxin-like  29.59 
 
 		 567 aa  153  7e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1068  ferredoxin-nitrite reductase  27.99 
 
 		 510 aa  148  2.0000000000000003e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4573  ferredoxin-nitrite reductase  29.19 
 
 		 521 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1333  Ferredoxin--nitrite reductase  27.87 
 
 		 542 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3641  ferredoxin-nitrite reductase  28.18 
 
 		 513 aa  139  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0139334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2468  ferredoxin-nitrite reductase  28.18 
 
 		 513 aa  139  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4539  ferredoxin-nitrite reductase  27.1 
 
 		 536 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1240  ferredoxin-nitrite reductase  29.4 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.678631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1683  ferredoxin-nitrite reductase  25.56 
 
 		 516 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.282722 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0318  cobalamin biosynthesis protein CobG, precorrin-3B synthase  28.32 
 
 		 439 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1746  ferredoxin--nitrite reductase  28.17 
 
 		 553 aa  121  3e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2284  ferredoxin-nitrite reductase  28.35 
 
 		 513 aa  120  7e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_50765  predicted protein  25.82 
 
 		 633 aa  119  9e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0523138  normal  0.66186 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0048  hypothetical protein  24.4 
 
 		 480 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000197587  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5592  Sulfite reductase beta subunit (hemoprotein)- like protein  33.52 
 
 		 473 aa  119  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.527879  normal  0.675914 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0801  precorrin-3B synthase  30.39 
 
 		 464 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0557903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2818  precorrin-3B synthase  30.23 
 
 		 443 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.68389 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3039  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  28.01 
 
 		 805 aa  117  3e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3106  precorrin-3B synthase  32.59 
 
 		 372 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.312418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_27757  predicted protein  26 
 
 		 621 aa  115  2.0000000000000002e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0151  nitrite/sulfite reductase hemoprotein beta- component ferrodoxin domain protein  31.73 
 
 		 408 aa  114  3e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3267  precorrin-3B synthase  30.81 
 
 		 423 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0180034 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0410  Ferredoxin--nitrite reductase  23.5 
 
 		 541 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29861  ferredoxin-nitrite reductase  28.09 
 
 		 542 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0963  ferredoxin--nitrite reductase  25.91 
 
 		 551 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0963842  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2494  nitrite/sulfite reductase hemoprotein subnit beta ferrodoxin domain-containing protein  32.75 
 
 		 367 aa  110  5e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.149164 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2656  ferredoxin-nitrite reductase  26.44 
 
 		 513 aa  110  8.000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0143878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3704  nitrite/sulfite reductase hemoprotein beta subunit  28.46 
 
 		 569 aa  108  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2333  ferredoxin--nitrite reductase  27.97 
 
 		 492 aa  107  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1713  precorrin-3B synthase  32.61 
 
 		 428 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00909167 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1146  ferredoxin--nitrite reductase  23.64 
 
 		 540 aa  106  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.661644  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21711  ferredoxin-nitrite reductase  24.17 
 
 		 553 aa  106  1e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.524731  normal  0.247056 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2211  precorrin-3B synthase  30.38 
 
 		 386 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1298  ferredoxin-nitrite reductase  24.17 
 
 		 553 aa  105  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.948489  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3429  precorrin-3B synthase  31 
 
 		 372 aa  105  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506257  normal  0.446466 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1788  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  25.62 
 
 		 550 aa  104  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0430793  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1306  ferredoxin-nitrite reductase  23.58 
 
 		 540 aa  104  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4085  sulfite reductase (ferredoxin)  28.21 
 
 		 569 aa  104  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.546103  normal  0.0427555 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2820  Sulfite reductase (ferredoxin)  27.03 
 
 		 581 aa  103  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000237044 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1479  putative sulfite reductase  24.03 
 
 		 540 aa  103  6e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3125  ferredoxin--nitrite reductase  27.76 
 
 		 581 aa  103  7e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.375111  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2855  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  25.79 
 
 		 592 aa  102  1e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0176  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  26.35 
 
 		 793 aa  102  1e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.9868  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1407  ferredoxin--nitrite reductase  26.1 
 
 		 521 aa  102  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.89894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3865  putative sulfite reductase  23.64 
 
 		 540 aa  102  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000861869 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3793  assimilatory nitrite reductase (ferredoxin) precursor  25.69 
 
 		 648 aa  103  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0515701  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1601  Ferredoxin--nitrite reductase  25.79 
 
 		 591 aa  102  2e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0385812  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1347  ferredoxin--nitrite reductase  23.92 
 
 		 540 aa  102  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2533  precorrin-3B synthase  29.26 
 
 		 387 aa  102  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.134816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1239  Sulfite reductase (ferredoxin)  27.16 
 
 		 570 aa  101  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000946493  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>