202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0828 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0828  hydratase/decarboxylase  100 
 
 		 279 aa  549  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.302369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3897  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  36.48 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3947  hydratase/decarboxylase  36.07 
 
 		 321 aa  146  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.536465  hitchhiker  0.00797291 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3417  hydratase/decarboxylase  39.06 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.375509  normal  0.976889 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2771  hydratase/decarboxylase  41.09 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.751299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0880  hydratase/decarboxylase  39.08 
 
 		 282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.777831 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1742  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  39.71 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1712  hydratase/decarboxylase  41.26 
 
 		 291 aa  135  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.376649  normal  0.38859 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4183  hydratase/decarboxylase  33.46 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1992  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  40.81 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1671  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  40.49 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.444038  normal  0.899188 
 
 
-
 
NC_003296  RS01670  hydratase protein  33.18 
 
 		 284 aa  92.8  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.339156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3520  4-oxalocrotonate decarboxylase  33.04 
 
 		 263 aa  74.3  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986627 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1651  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.04 
 
 		 275 aa  72.4  0.000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.452701  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0272  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.39 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0061  2-keto-4-pentenoate hydratase, putative  30.05 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.394693  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3512  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.84 
 
 		 269 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2111  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.86 
 
 		 280 aa  70.1  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0936  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.18 
 
 		 268 aa  69.7  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  0.608159 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1982  2-keto-4-pentenoate hydratase  28.08 
 
 		 264 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9115  2-oxopent-4-enoate hydratase  32.16 
 
 		 265 aa  67.4  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4925  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.96 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.624784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1354  hydratase/decarboxylase  29 
 
 		 262 aa  66.6  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000612409  decreased coverage  0.00000118865 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15110  2-keto-4-pentenoate hydratase  31.67 
 
 		 264 aa  66.2  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.473426  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2327  putative 2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase(MhpD)  32.8 
 
 		 268 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4393  hydratase/decarboxylase  27.13 
 
 		 283 aa  65.9  0.0000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0905  hydratase/decarboxylase  29.5 
 
 		 263 aa  65.5  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0436706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5499  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.41 
 
 		 274 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1477  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.52 
 
 		 264 aa  65.1  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1639  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.06 
 
 		 259 aa  65.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.193054 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2884  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.14 
 
 		 288 aa  64.3  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3242  hydratase/decarboxylase  29.91 
 
 		 260 aa  63.9  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000968427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1149  2-oxopent-4-enoate hydratase  30.73 
 
 		 269 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.363401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4569  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.41 
 
 		 264 aa  62  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147074 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4085  2-oxopent-4-enoate hydratase  28.28 
 
 		 267 aa  61.6  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000524317 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3902  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.48 
 
 		 265 aa  62  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.561065 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5207  2-keto-4-pentenoate hydratase  29.77 
 
 		 273 aa  61.6  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133138  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42150  2-hydroxypent-2,4-dienoate hydratase  32.82 
 
 		 261 aa  62  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.293913  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0381  2-keto-4-pentenoate hydratase  27.23 
 
 		 269 aa  62  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.795138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1621  2-oxopent-4-enoate hydratase  27.4 
 
 		 264 aa  62  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3854  hydratase/decarboxylase  32.51 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.595722  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00304  2-keto-4-pentenoate hydratase  27.23 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.503312  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0414  2-keto-4-pentenoate hydratase  27.23 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3256  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.23 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2158  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.61 
 
 		 262 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00308  hypothetical protein  27.23 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.527408  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0374  2-keto-4-pentenoate hydratase  27.23 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.832182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0425  2-keto-4-pentenoate hydratase  27.23 
 
 		 269 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3275  2-keto-4-pentenoate hydratase  27.23 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.235013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5513  putative hydratase/decarboxylase  29.2 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.560438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5134  hydratase/decarboxylase  27.05 
 
 		 263 aa  60.8  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0285955 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2038  putative hydratase  29.55 
 
 		 268 aa  60.8  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.450204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5220  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.06 
 
 		 264 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4832  2-oxopent-4-enoate hydratase  30.77 
 
 		 279 aa  59.3  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0838304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1466  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.83 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2296  2-oxopent-4-enoate hydratase  29.27 
 
 		 259 aa  58.9  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1392  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.3 
 
 		 263 aa  58.9  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1510  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.41 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0105  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  31.25 
 
 		 265 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0911  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.92 
 
 		 277 aa  58.9  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.625128 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1777  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.65 
 
 		 257 aa  57  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5210  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.35 
 
 		 254 aa  57  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.39218  normal  0.210604 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2039  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.44 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4537  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.47 
 
 		 262 aa  57  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3689  hydratase/decarboxylase  29.54 
 
 		 266 aa  57  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7646  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.46 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.573554 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0909  2-oxopent-4-enoate hydratase  27.75 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01662  putative hydratase protein  29.46 
 
 		 265 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.103932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3527  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.77 
 
 		 265 aa  56.2  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1459  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.38 
 
 		 260 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.512129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1904  hydratase/decarboxylase  28.03 
 
 		 270 aa  55.8  0.0000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0175  putative hydratase/decarboxylase  27.89 
 
 		 261 aa  55.8  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293299  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2774  hydratase/decarboxylase  26.6 
 
 		 260 aa  55.5  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000469641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1321  hydratase/decarboxylase  27.75 
 
 		 262 aa  55.5  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.404919 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2055  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.91 
 
 		 259 aa  55.5  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0304181  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4066  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  29.26 
 
 		 274 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.597772 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00080  conserved hypothetical protein  29.69 
 
 		 387 aa  54.3  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3785  hydratase/decarboxylase  24.88 
 
 		 260 aa  54.3  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0026227  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0794  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.24 
 
 		 261 aa  54.7  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30600  4-oxalocrotonate decarboxylase; LapH  28.81 
 
 		 267 aa  54.7  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000150281  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2578  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.74 
 
 		 276 aa  54.3  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3499  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  26.03 
 
 		 266 aa  53.9  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00827858 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0537  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.82 
 
 		 260 aa  53.9  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3044  2-keto-4-pentenoate hydratase, putative  27.31 
 
 		 260 aa  53.9  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.111412 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2299  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.6 
 
 		 261 aa  53.5  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2011  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.18 
 
 		 260 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2151  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.97 
 
 		 271 aa  53.1  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3612  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.12 
 
 		 261 aa  53.1  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2504  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  25.37 
 
 		 266 aa  53.1  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1480  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.23 
 
 		 254 aa  52.8  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0439  2-oxopent-4-enoate hydratase  30.77 
 
 		 263 aa  52.8  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3343  2-oxopent-4-enoate hydratase  28.06 
 
 		 260 aa  52.4  0.000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2055  2-keto-4-pentenoate hydratase  25.58 
 
 		 262 aa  52.4  0.000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.247079  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3091  2-oxopent-4-enoate hydratase  26.6 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.42559  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1186  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.12 
 
 		 264 aa  52  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0763202  normal  0.362959 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1469  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.37 
 
 		 257 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2405  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.78 
 
 		 267 aa  51.6  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1406  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.12 
 
 		 261 aa  52  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1790  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.26 
 
 		 263 aa  51.6  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0308919  normal  0.205885 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3324  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.05 
 
 		 264 aa  51.6  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>