214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0880 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0880  hydratase/decarboxylase  100 
 
 
282 aa  558  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.777831 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2771  hydratase/decarboxylase  52.27 
 
 
300 aa  267  1e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.751299  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1712  hydratase/decarboxylase  43.75 
 
 
291 aa  194  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.376649  normal  0.38859 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1992  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  44.12 
 
 
291 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3417  hydratase/decarboxylase  43.22 
 
 
289 aa  181  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.375509  normal  0.976889 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4183  hydratase/decarboxylase  39.05 
 
 
285 aa  176  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1742  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  36.15 
 
 
304 aa  173  1.9999999999999998e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3947  hydratase/decarboxylase  38.34 
 
 
321 aa  168  8e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.536465  hitchhiker  0.00797291 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3897  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  37.94 
 
 
321 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01670  hydratase protein  39.25 
 
 
284 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.339156  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1671  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  39.92 
 
 
289 aa  142  8e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.444038  normal  0.899188 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0828  hydratase/decarboxylase  39.08 
 
 
279 aa  136  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.302369  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3091  2-oxopent-4-enoate hydratase  27.69 
 
 
260 aa  75.9  0.0000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.42559  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2774  hydratase/decarboxylase  27.42 
 
 
260 aa  75.1  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000469641  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5134  hydratase/decarboxylase  29.69 
 
 
263 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0285955 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0061  2-keto-4-pentenoate hydratase, putative  26.79 
 
 
259 aa  73.2  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.394693  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3512  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.61 
 
 
269 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5691  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.91 
 
 
260 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4620  2-oxopent-4-enoate hydratase  29.76 
 
 
260 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.275598  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3499  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  30.7 
 
 
266 aa  71.2  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00827858 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1477  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.46 
 
 
264 aa  70.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4066  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  29.46 
 
 
274 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.597772 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3544  2-oxopent-4-enoate hydratase  29.76 
 
 
260 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.127016  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2273  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.4 
 
 
261 aa  70.1  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4925  4-oxalocrotonate decarboxylase  33.86 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.624784  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3785  hydratase/decarboxylase  27.31 
 
 
260 aa  69.3  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0026227  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1790  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.31 
 
 
263 aa  69.3  0.00000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0308919  normal  0.205885 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1354  hydratase/decarboxylase  30.84 
 
 
262 aa  68.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000612409  decreased coverage  0.00000118865 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2077  2-oxopent-4-enoate hydratase  27.03 
 
 
261 aa  67.8  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.849096  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3343  2-oxopent-4-enoate hydratase  30.32 
 
 
260 aa  68.2  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1182  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  29.39 
 
 
262 aa  67.8  0.0000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2785  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.76 
 
 
261 aa  67.4  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.197083 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1186  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.55 
 
 
264 aa  67  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0763202  normal  0.362959 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0971  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  30.94 
 
 
260 aa  67.4  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.829684  normal  0.0126306 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0905  hydratase/decarboxylase  30.37 
 
 
263 aa  67  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0436706  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5928  hydratase/decarboxylase  27.06 
 
 
268 aa  67  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3527  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.17 
 
 
265 aa  66.6  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2890  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.22 
 
 
262 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1651  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.26 
 
 
275 aa  66.2  0.0000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.452701  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2055  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.52 
 
 
259 aa  65.9  0.0000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0304181  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2299  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.09 
 
 
261 aa  65.5  0.0000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3464  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.9 
 
 
266 aa  65.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4745  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.26 
 
 
270 aa  64.3  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0272  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.73 
 
 
262 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5499  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.93 
 
 
274 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1149  2-oxopent-4-enoate hydratase  28.64 
 
 
269 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.363401  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2111  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.6 
 
 
280 aa  64.7  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5436  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.73 
 
 
274 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.635895 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4085  2-oxopent-4-enoate hydratase  31.2 
 
 
267 aa  64.7  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000524317 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5833  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.73 
 
 
274 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3689  hydratase/decarboxylase  30.49 
 
 
266 aa  64.3  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2875  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.87 
 
 
268 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0367853 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3548  2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase (CmtF)  31.07 
 
 
262 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.107167 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2327  putative 2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase(MhpD)  30.41 
 
 
268 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1189  2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase (BphH)  29.09 
 
 
264 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7646  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.74 
 
 
274 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.573554 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1392  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.62 
 
 
263 aa  63.2  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3520  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.75 
 
 
263 aa  63.2  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0986627 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1466  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.44 
 
 
273 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30610  2-Hydroxypent-2,4-dienoate hydratase; LapE  27.16 
 
 
265 aa  62.8  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000960153  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0911  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.9 
 
 
277 aa  62.8  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.625128 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2578  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.24 
 
 
276 aa  62.8  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4445  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.81 
 
 
267 aa  62.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.549639  normal  0.132657 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2884  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.17 
 
 
288 aa  62.8  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3902  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.79 
 
 
265 aa  62.4  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.561065 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3129  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.01 
 
 
266 aa  61.6  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159572  normal  0.889794 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1476  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  29 
 
 
260 aa  62  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1321  hydratase/decarboxylase  26.47 
 
 
262 aa  62  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.404919 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4269  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.15 
 
 
282 aa  61.6  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.238552  normal  0.686193 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2410  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  30.13 
 
 
270 aa  61.6  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149257  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42150  2-hydroxypent-2,4-dienoate hydratase  30.39 
 
 
261 aa  61.6  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.293913  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1955  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  29.95 
 
 
267 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.504182  normal  0.0219036 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4537  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.22 
 
 
262 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2038  putative hydratase  31.94 
 
 
268 aa  61.2  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.450204  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5040  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  29.6 
 
 
260 aa  60.5  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.444899  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3612  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  30.04 
 
 
261 aa  60.5  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3885  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  30.3 
 
 
271 aa  60.8  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.294519  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2941  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioate hydratase  27.94 
 
 
268 aa  60.1  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1639  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.56 
 
 
259 aa  59.7  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.193054 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4279  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.51 
 
 
268 aa  59.7  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00917502  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4313  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  27.23 
 
 
268 aa  59.7  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5207  2-keto-4-pentenoate hydratase  30.77 
 
 
273 aa  59.7  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133138  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2118  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.19 
 
 
271 aa  59.7  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.609149  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4832  2-oxopent-4-enoate hydratase  28.71 
 
 
279 aa  59.7  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0838304  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0936  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.94 
 
 
268 aa  59.7  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  0.608159 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1982  2-keto-4-pentenoate hydratase  30.53 
 
 
264 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3242  hydratase/decarboxylase  30.69 
 
 
260 aa  59.3  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000968427  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3658  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  26.79 
 
 
267 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.504721 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1708  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.72 
 
 
268 aa  58.9  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.899066  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1627  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  27.4 
 
 
267 aa  58.9  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.72873 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1158  2-keto-4-pentenoate hydratase  27.07 
 
 
267 aa  58.5  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2125  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.21 
 
 
264 aa  58.9  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.740862  normal  0.868744 
 
 
-
 
NC_003296  RS01662  putative hydratase protein  27.4 
 
 
265 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.103932  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1135  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioate hydratase  28.17 
 
 
267 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2269  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.17 
 
 
267 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3589  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  27.42 
 
 
268 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.82541  normal  0.773607 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4130  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  26.67 
 
 
267 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0570046  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3281  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  26.67 
 
 
267 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0269586  normal  0.185525 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1508  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.17 
 
 
267 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.576593  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4369  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.22 
 
 
267 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.455554  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>