182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01670 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS01670  hydratase protein  100 
 
 
284 aa  573  1.0000000000000001e-163  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.339156  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3417  hydratase/decarboxylase  42.28 
 
 
289 aa  183  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.375509  normal  0.976889 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1712  hydratase/decarboxylase  40.77 
 
 
291 aa  183  3e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.376649  normal  0.38859 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1992  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  41.18 
 
 
291 aa  182  6e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4183  hydratase/decarboxylase  39.58 
 
 
285 aa  181  9.000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0880  hydratase/decarboxylase  39.26 
 
 
282 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.777831 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1742  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  36.54 
 
 
304 aa  154  1e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3947  hydratase/decarboxylase  35.57 
 
 
321 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.536465  hitchhiker  0.00797291 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3897  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  36.78 
 
 
321 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2771  hydratase/decarboxylase  34.86 
 
 
300 aa  144  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.751299  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1671  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  34.18 
 
 
289 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.444038  normal  0.899188 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0828  hydratase/decarboxylase  32.84 
 
 
279 aa  106  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.302369  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0061  2-keto-4-pentenoate hydratase, putative  27.68 
 
 
259 aa  74.7  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.394693  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4832  2-oxopent-4-enoate hydratase  27.45 
 
 
279 aa  66.2  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0838304  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1321  hydratase/decarboxylase  25.85 
 
 
262 aa  64.7  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.404919 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2038  putative hydratase  30.05 
 
 
268 aa  64.3  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.450204  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3612  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  25.94 
 
 
261 aa  62.4  0.000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3464  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  26.29 
 
 
266 aa  61.6  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1392  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.09 
 
 
263 aa  61.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1520  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.6 
 
 
261 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4066  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  25.54 
 
 
274 aa  60.1  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.597772 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4067  hydratase/decarboxylase  29.71 
 
 
285 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3520  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.6 
 
 
263 aa  59.3  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0986627 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3457  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  24.5 
 
 
260 aa  58.9  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3524  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  25.73 
 
 
261 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1651  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.83 
 
 
275 aa  58.5  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.452701  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4661  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.15 
 
 
261 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.930854  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4749  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.15 
 
 
261 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0856703  normal  0.088822 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5236  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.69 
 
 
261 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.270652 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5044  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.52 
 
 
261 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13569  hydratase  26.21 
 
 
261 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000748615 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3499  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  26.67 
 
 
266 aa  57.4  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00827858 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0936  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.02 
 
 
268 aa  57  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  0.608159 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5436  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.09 
 
 
274 aa  57  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.635895 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5833  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.09 
 
 
274 aa  57  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0225  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.63 
 
 
262 aa  57  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1476  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  24.76 
 
 
260 aa  56.6  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4313  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  25.2 
 
 
268 aa  56.6  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1186  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.91 
 
 
264 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0763202  normal  0.362959 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2327  putative 2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase(MhpD)  25.12 
 
 
268 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4537  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.93 
 
 
262 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2039  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.25 
 
 
273 aa  55.8  0.0000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1477  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.9 
 
 
264 aa  55.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9115  2-oxopent-4-enoate hydratase  27.1 
 
 
265 aa  55.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5040  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  23.42 
 
 
260 aa  55.1  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.444899  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8638  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  23 
 
 
259 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.423963  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5499  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.31 
 
 
274 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0971  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  26.47 
 
 
260 aa  54.7  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.829684  normal  0.0126306 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1621  2-oxopent-4-enoate hydratase  26.24 
 
 
264 aa  54.3  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4445  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  25.79 
 
 
267 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.549639  normal  0.132657 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7646  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.79 
 
 
274 aa  53.9  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.573554 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4393  hydratase/decarboxylase  25.69 
 
 
283 aa  53.9  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2151  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.03 
 
 
271 aa  53.5  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20020  2-oxohept-3-enedioate hydratase  22.89 
 
 
261 aa  53.5  0.000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3091  2-oxopent-4-enoate hydratase  25.2 
 
 
260 aa  53.1  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.42559  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5134  hydratase/decarboxylase  23.72 
 
 
263 aa  53.1  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0285955 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4269  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  24.32 
 
 
282 aa  53.1  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.238552  normal  0.686193 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0909  2-oxopent-4-enoate hydratase  23.96 
 
 
262 aa  52.8  0.000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3343  2-oxopent-4-enoate hydratase  25.11 
 
 
260 aa  52.8  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0943  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  24.35 
 
 
267 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1354  hydratase/decarboxylase  27.19 
 
 
262 aa  52.4  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000612409  decreased coverage  0.00000118865 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3785  hydratase/decarboxylase  27.82 
 
 
260 aa  52.4  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0026227  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1149  2-oxopent-4-enoate hydratase  25.88 
 
 
269 aa  52.4  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.363401  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0905  hydratase/decarboxylase  27.19 
 
 
263 aa  52  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0436706  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0794  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.14 
 
 
261 aa  52  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1777  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.86 
 
 
257 aa  52  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5207  2-keto-4-pentenoate hydratase  25.56 
 
 
273 aa  51.6  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133138  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2299  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.61 
 
 
261 aa  52  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0534  2-oxopent-4-enoate hydratase  25 
 
 
267 aa  52  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2273  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.24 
 
 
261 aa  52  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2118  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.07 
 
 
271 aa  52  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.609149  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1135  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioate hydratase  24.35 
 
 
267 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3242  hydratase/decarboxylase  28.32 
 
 
260 aa  51.2  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000968427  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2269  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  24.35 
 
 
267 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1459  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.69 
 
 
260 aa  51.2  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.512129  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0105  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  24.35 
 
 
267 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.274919  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1028  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  24.35 
 
 
267 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1508  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  24.35 
 
 
267 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.576593  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2884  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.78 
 
 
288 aa  51.2  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1778  4-oxalocrotonate decarboxylase  23.4 
 
 
267 aa  50.4  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.110144 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3512  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.93 
 
 
269 aa  50.4  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4144  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.11 
 
 
260 aa  50.4  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.246439 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3854  hydratase/decarboxylase  26.13 
 
 
264 aa  50.4  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.595722  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0175  putative hydratase/decarboxylase  26.6 
 
 
261 aa  50.4  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293299  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0911  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.57 
 
 
277 aa  50.8  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.625128 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4369  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  24.07 
 
 
267 aa  50.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.455554  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3502  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  24.77 
 
 
267 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.328452  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1730  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  24.35 
 
 
267 aa  50.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1627  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  24.41 
 
 
267 aa  50.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.72873 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1790  4-oxalocrotonate decarboxylase  21.67 
 
 
263 aa  49.7  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0308919  normal  0.205885 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42150  2-hydroxypent-2,4-dienoate hydratase  27.27 
 
 
261 aa  49.7  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.293913  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2504  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  26.61 
 
 
266 aa  49.7  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3781  hydratase/decarboxylase  27.16 
 
 
262 aa  49.3  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0303669  decreased coverage  0.000202677 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0272  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.68 
 
 
262 aa  49.3  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3589  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  24.54 
 
 
268 aa  49.3  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.82541  normal  0.773607 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0381  2-keto-4-pentenoate hydratase  25 
 
 
269 aa  49.3  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.795138  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3689  hydratase/decarboxylase  28.7 
 
 
266 aa  49.3  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2578  4-oxalocrotonate decarboxylase  23.48 
 
 
276 aa  49.3  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04226  2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase  23.58 
 
 
267 aa  49.3  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04192  hypothetical protein  23.58 
 
 
273 aa  48.9  0.00008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>